肠道微生物与急性肠道GVHD以及再生障碍性贫血的相关性研究

发布时间：2020-03-19 23:32

【摘要】：目的:本实验旨在研究异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation,allo-HSCT)术后肠道微生物的变化及其与肠道(gastrointestinal,GI)移植物抗宿主病(graft-versus-host disease,GVHD)的关系。同时也研究再生障碍性贫血(aplastic anemia,AA)患者肠道微生物的变化情况。方法:选取65例血液病患者,其中AA 48例(12例为初诊AA患者,36例为非初诊AA患者),其它血液病17例。收集全部患者移植前2周,移植后1个月及急性GI GVHD发生时的粪便样品;同时收集26例供者及10例健康人的粪便样品,作为对照组。提取粪便微生物中的16S rRNA并扩增其V4可变区,扩增产物在Illumina HiSeq 2500平台测序,测序结果进行对比分析,研究移植前后以及急性GI GVHD发生前后肠道微生物的变化。另外,将其中48例AA患者单独进行对比分析,研究其移植前后,即AA的免疫紊乱和造血功能衰竭被纠正前后其肠道微生物的差异。结果:1.移植前微生物多样性中位数为5.70,对照组为7.30,两组比较差异无统计学意义(P0.05);移植后多样性为3.88,低于对照组(P0.001)及移植前(P0.001)。移植后多样性在不发生GI GVHD的患者中为4.24,即将发生GI GVHD的患者中为2.90,两组比较差异无统计学意义(P0.05);GI GVHD发生时的患者中为2.13,低于不发生GI GVHD的患者(P0.05)。2.移植后肠道微生物发生一系列的变化,如拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目等相对丰度降低;变形菌门、丙型变形菌纲、肠杆菌目等相对丰度增高,其中拟杆菌门相对丰度的降低与GI GVHD相关。移植后拟杆菌门中位数在即将发生GI GVHD的患者中为0.80%,比不发生GI GVHD的患者中为18.00%降低(P0.05)。3.初诊组毛螺菌科中位数为6.91%,比对照组毛螺菌科为11.27%降低(P0.05)。非初诊组毛螺菌科为7.31%,也比对照组降低(P0.05);但与初诊组相比,差异无统计学意义(P0.05)。移植前组毛螺菌科为7.20%,也比对照组降低(P0.05)。移植后组毛螺菌科为9.39%,与移植前组相比,有明显上升趋势,但差异尚无统计学意义(P0.05);与对照组相比,差异也无统计学意义(P0.05)。4.共观察6例AA患者移植术后血象与毛螺菌科的动态变化过程,其中4例患者血象恢复正常,毛螺菌科水平整体呈上升趋势;2例患者移植术后1个月血象恢复正常,毛螺菌科水平较移植前升高,但之后血象全面下降,毛螺菌科水平也明显降低。结论:1.Allo-HSCT术后肠道微生物多样性降低,并与GI GVHD相关,在急性GI GVHD发生时微生物多样性降低更加明显。2.Allo-HSCT术后肠道微生物发生一系列的变化,如拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目等相对丰度降低;变形菌门、丙型变形菌纲、肠杆菌目等相对丰度增高,其中拟杆菌门相对丰度降低,并与即将发生的GI GVHD相关。3.毛螺菌科相对丰度的降低可能与AA相关,allo-HSCT术后AA的免疫紊乱和骨髓衰竭基本被纠正时,毛螺菌科水平整体呈上升趋势,并且毛螺菌科的变化与移植后血象的动态变化情况相一致。
【图文】：

肠道微生物,免疫功能,硕士学位论文,医科大学

肠道微生物的免疫功能[9]

工作流程图,工作流程图

图 2. 工作流程图1.2.2.5 DNA 测序分析方法1.2.2.5.1 数据统计在进行数据处理过滤时，，使用内部撰写的程序对原始的测序数据进行如下处理，获得Clean Data，具体步骤如下：1）采取按窗口去除低质量的方法，具体操作如下：设置30 bp为窗口长度，如果窗口平均质量值低于20 bp，从窗口开始截除read末端序列，移除最终read长度低于原始read长度75%的reads;2）去除接头污染reads（默认adapter序列与read序列有15 bp的overlap，设置为15 bp，允许错配数为3 bp）；
【学位授予单位】：广州医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R457.7;R556.5

【参考文献】