重庆市碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌分子流行病学及耐药机制研究

发布时间：2020-07-14 13:20

【摘要】：目的:初步探究碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)感染的危险因素、分子流行病学及主要耐药机制,为临床制定治疗CRE感染的方案提供理论依据。方法:收集2015年1月至2016年12月重庆市19家区县医院分离的85株CRE菌株。采用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multiple Locus Sequence Typing,MLST)两种经典的流行病学研究方法对实验菌株进行同源性分析;对碳青霉烯酶相关耐药基因、超广谱β-内酰胺酶(Extended spectrum β-lactamases,ESBLs)相关耐药基因、喹诺酮类相关耐药基因、氨基糖苷类相关基因进行PCR扩增,并对阳性产物进行测序检测以确定基因型别。此外,回顾性分析39株广泛耐药肺炎克雷伯菌(extensively drug-resistant Klebsiella pneumoniae,XDR-KP)感染患者的病例资料以进行感染危险因素研究。结果:1、体外药敏结果显示:85株CRE菌株对厄他培南(ETP)的均表现为耐药;对亚胺培南(IPM)的总体耐药率为82.3%;对美罗培南(MEM)的总体耐药率为89.4%;对三、四代头孢菌素耐药率分别为95.2%和61.2%;对喹诺酮类和氨基糖苷类抗生素的总体耐药率相对低于β-内酰胺类抗生素,分别为58.8%和52.9%。2、对相关耐药基因进行检测发现:85株CRE菌株中80株(94.1%)菌株携带碳青霉烯酶基因,其中32株携带blaNDM-1基因、13株携带blaNDM-5基因、1株携带blaIMP-8基因、5株携带blaIMP-4基因、38株携带blaKPC-2基因;76株(89.4%)菌株携带ESBLs基因,其中42株携带blaTEM基因、43株携带blaSHV基因、58株携带blaCTX-M基因;另外,有73株(85.9%)携带QRDs基因;有68株(80.0%)菌株携带ARDs基因。3、PFGE结果显示:48号、49号和50号菌株为相同克隆型别,且均来源于同一家医院,提示可能出现医院内感染的爆发流行。MLST结果显示:49株肺炎克雷伯菌分属10个ST型别,其中以ST11(73.4%)型别为主;16株阴沟肠杆菌分属8个ST型别,其中以ST51(37.5%)型别为主;15株大肠埃希菌分属8个ST型别,其中以ST167(40%)型别为主,其余ST型别较为分散。4、多因素logistic回归分析显示:入住ICU(OR:3.01,95%CI:1.12-8.07,P=0.029)、内置引流管(OR:3.24,95%CI:1.11-9.45,P=0.032)和碳青霉烯类抗生素使用(OR:5.08,95%CI:1.42-18.16,P=0.012)是导致XDR-KP感染的独立危险因素。结论:1、此次收集的重庆市CRE菌株整体呈现高水平耐药,部分菌株同时对多种不同类型的抗生素呈现耐药;2、此次收集的重庆市CRE菌株中有94.1%的菌株携带了具有水解碳青霉烯类抗生素能力的碳青酶烯酶耐药基因,推测产碳青酶烯酶可能为重庆市区县CRE菌株的主要耐药机制。另外,本次研究首次发现一株同时携带blaNDM-1、blaKPC-2和blaIMP-4三种耐药基因共表达的菌株;3、流行病学分析显示:重庆市产KPC-2酶的肺炎克雷伯菌主要以ST11型别流行为主;部分医院内部出现同源菌株克隆传播的现象,但并未发现跨区县爆发流行的同源菌株。4、目前XDR-KP感染形势严峻,加强ICU病房的监管和防控,减少相关侵入性操作及合理使用抗菌药物是防止广泛耐药菌株的产生与流行的有效措施。
【学位授予单位】：重庆医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R446.5
【图文】：

３．１菌株分布特征逡逑本次收集的重庆市ＣＲＥ菌株有８５株，其中以肺炎克雷伯菌、阴沟肠杆菌和逡逑大肠埃希菌为主。详见图１。逡逑匕邋｜逦：逡逑３０邋＾逡逑阴构肠杆ａ逦大肠埃希ａ邋Ｉ肺炎克雷伯菌｜弗氏柠檬酸杆菌沃氏柠檬酸杆菌逦产气肠杆菌逡逑｜邋■菌株数逦１６逦１５逦Ｉ逦４９逦｜逦３逦１逦１逡逑图１邋８５株ＣＲＥ菌株种类分布特征逡逑Ｆｉｇ．邋１邋Ｓｐｅｃｉｍｅｎ邋ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ邋ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋８５邋ＣＲＥ邋ｓｔｒａｉｎｓ逡逑３．２菌株体外药物敏感性特点逡逑体外药敏结果显示，８５株ＣＲＥ菌株对ＥＴＰ均表现为耐药，耐药率达１００％，逡逑对ＩＰＭ的总体耐药率为８２．３％，对ＭＥＭ的总体耐药率为８９．４％；通过Ｖｉｔｅｋ２逡逑ｃｏｍｐａｃｔ药敏检测系统对相关抗菌药物进行检测，结果显示：８５株ＣＲＥ菌株中共逡逑有８０株（９４．１％）菌株对三代头孢菌素（ＣＡＺ和ＣＲＯ）耐药，耐药率非常高。同逡逑时，四代头孢菌素（ＦＥＰ）的耐药率为６１．２％。另外，分别有５４株（６３．６％）和４６逡逑株（５４．１％）菌株对ＣＩＰ、ＬＥＶ耐药。有５６株（６５．８％）和３４邋（４０％）株菌对逡逑ＧＭ和ＴＯＢ表现为耐药，耐药率相对较低。另外，７６．５％的菌株表现为多重耐药逡逑（ＭＤＲ，对三种及以上不同类型的抗生素耐药），详见表１。逡逑１１逡逑

３．３携带不同耐药基因的ＣＲＥ空间分布逡逑携带不同耐药基因的ＣＲＥ菌株的地区分布有所不同，多种耐药基因合并表达逡逑的比例也较高，且地区分布情况差异较大，详见图２。逡逑Ｉ逡逑重庆市ＣＲＥ对药基因分布图逡逑ｉｉ

号和５０号菌株为相同克隆型别，菌株均来自相同的医院，提示可能出现医院内感逡逑染的爆发流行。其余菌株克隆型别较为分散，提示各地区间未出现感染暴发现象，逡逑详见图３。逡逑■逡逑２７逡逑

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本文编号：2755027