基于NS1基因的亚洲型寨卡病毒qPCR检测方法的建立及B细胞表位的生物信息学研究

发布时间：2021-09-01 18:19

　　寨卡病毒（Zikavirus,ZIKV）是一种通过蚊虫叮咬传播的RNA病毒,于1947年在乌干达寨卡丛林的发热恒河猴体内首次被发现,根据基因型差异,可分为非洲型和亚洲型。虽然ZIKV很早被发现,但由于患者临床症状轻微,仅表现为皮疹、发热、关节疼痛、结膜炎等,因此尚未引起全球关注。直至2015年巴西地区的暴发流行,并逐渐呈现出许多相关联的严重并发症,包括新生儿小头畸形症、格林-巴利综合征等,随后世界卫生组织将寨卡病毒感染列为全球突发公共卫生事件。因此,建立和完善寨卡病毒早期检测和病原分型系统显得尤为重要。本研究首先通过分析亚洲型寨卡病毒全基因组核酸序列特征,用AlleleID 7.2软件设计型特异性探针和引物,建立亚洲型寨卡病毒的荧光定量PCR检测技术,构建标准曲线,通过特异性实验、敏感性实验以及重复性实验验证该方法的有效性。随后运用网络服务器及多种生物信息学分析软件,对寨卡病毒N S1蛋白B细胞表位进行系统性的生物信息学分析,运用蛋白质抗原理化性质、跨膜区及信号肽预测、二级结构、疏水性、抗原性、灵活性、表面可及性等多参数预测,筛选B细胞优势抗原表位。荧光定量PCR测试结果表明所设计的引... 

【文章来源】：南方医科大学广东省

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－３?Ｐｒｉｍｅｉ？软件分析探针各项参数??Ｆｉｇ．２－３?Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｐｒｏｂｅ?ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ?ｂｙ?Ｐｒｉｍｅｒ?Ｓｏｆｔｗａｒｅ??

??图２－６?Ｂｉｏｅｄｉｔ软件中下游引物所在位置??Ｆｉｇ．２－６?Ｌｏｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?Ｒｅｖｅｒｓｅ?Ｐｒｉｍｅｒ?ｉｎ?Ｂｉｏｅｄｉｔ?ｓｏｆｔｗａｒｅ??ｒｍ?■丨?ｔｉ「「■■■■——ｉｎｉ?ｉｉ???ｘｊ??Ｖ?Ｋ?Ｇ

录得到病毒的ＣＤＮＡ，以此为模板在冰上配置体系，应用本实验所设计的引物和??探针进行常规ＰＣＲ反应。所得产物经２％琼脂糖凝胶电泳鉴定后显示：目的片段??大小约为８０ｂｐ，与本实验所设计的理论目的片段７５ｂｐ大小一致，如图２－８。??图２－８琼脂糖凝胶电泳结果??Ｆｉｇ．２－８?Ｔｈｅ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?Ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ??注：泳道１为实验组，泳道２为阴性对照组，泳道３为ＤＬｌＯＯＯＤＮＡＭａｒｋｅｒ??将目的片段连入ＰＭＤ１８－Ｔ载体中，并通过化学转化法把带有目的片段的??质粒转化ＤＨ５ａ感受态细胞，于控温摇床中摇振荡培养，ｌｈ后涂板。将涂有菌??液的ＬＢ平板培养基倒置于细菌培养箱３７°Ｃ培养１２ｈ后挑取单菌落加入装有５??ｍＬＬＢ培养基的１５ｍＬ离心管中振荡培养，时间１２ｈ，转速２２００ｒ／ｍｉｎ，温度３??７°Ｃ。取４ｍＬ菌液提取质粒后将所获得质粒ＤＮＡ送至上海生工生物工程有限??公司进行基因测序，通过测序结果的比对确认质粒标准品制备成功（图２－９和??图２－１０）。提取到的质粒ＤＮＡ利用分光度测定浓度为１０４．２１ｎｇ／ｐＬ，ＯＤ２６０／ＯＤ??２８０＝１．８１，说明质粒的浓度和纯度较高。根据质粒


本文编号：3377457