高通量RT-qPCR循环microRNA数据分析算法的构建与分析

发布时间：2021-10-07 21:42

　　目的本研究旨在探讨组织特异性指数（Tissue Specificity Index,TSI）在高通量RTq PCR循环micro RNA（miRNA）数据分析上的适用性,建立一种全局质量评估指标（Global Index of Quality Evaluation,GIQE）,比较分析GIQE与ge Norm、Norm Finder算法在内参选择分析上的作用模式,为高通量RT-q PCR循环miRNA数据分析提供一种新型的数据质量控制与内参选择分析策略。方法利用R统计与数据分析平台中GEOquery、mi Rbase.db、read.q PCR和Normq PCR等软件包进行高通量RT-q PCR循环miRNA数据集及其注释文件的下载、数据前处理以及计算每个数据集miRNAs在样本中的稳定性（稳定性由高至低的分布范围为“0-1”）。采用Kruskal-Wallis多组间非参数检验、ROC曲线、多因素线性回归检验GIQE在共表达与非共表达循环miRNA分类上的作用;采用相关分析检验在不同候选内参选择比例的条件下,检测样本中GIQE、ge Norm以及Norm Finder候选内参Ct平均... 

【文章来源】：华北理工大学河北省

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

高通量RT-qPCR循环miRNA质量评价的GIQE算法分析路线图

注：内参选择比例为 10%(右下)至 100%(左上)时，相关系数范围是 0.903 至 0.999。图 2.1 GSE79922 数据集 GIQE、geNorm、NormFinder 算法内参选择的相关分析Fig.2.1 Correlation analysis between average Ct values of reference candidates evaluated by GIQEgeNorm and NormFinder algorithm for GSE79922 dataset表 6.1 GSE79922 数据集 GIQE 与 geNorm、NormFinder 算法内参选择的相关分析

注：内参选择比例为 10%(右下)至 100%(左上)，相关系数变化范围是 0.970 至 0.998。图 2.2 GSE70318 数据集 GIQE、geNorm、NormFinder 算法内参选择的相关分析Fig.2.2 Correlation analysis between average Ct values of reference candidates evaluated by GIQEgeNorm and NormFinder algorithm for GSE70318 dataset表 6.2 GSE70318 数据集 GIQE、geNorm、NormFinder 算法内参选择的相关分析


本文编号：3422826