芸薹根肿菌遗传多样性研究
发布时间：2021-01-23 21:33
目前,十字花科作物根肿病在国内以及全世界广泛蔓延,给十字花科作物生产带来了严重的危害。根肿病的致病菌为芸薹根肿菌,是十字花科作物根内的专性寄生菌,通过侵染寄主的根毛,引起植物根部的异常增生而形成肿瘤。根肿菌存在高度遗传分化和变异的特性,给根肿病的防治及抗病育种带来了难题。本研究使用Williams鉴别系统,对采集自国内不同根肿病发病区域内及1份韩国的共36份根肿病菌株材料进行了生理小种种群鉴定;从NCBI公共数据库中下载了根肿菌基因组全序列,利用SSRHunter软件对其进行SSR搜索及基因组SSR分布情况分析;通过SSR分子标记技术对40份不同地区的根肿菌进行基因组SSR引物的开发及筛选,进行了根肿菌遗传多样性的研究。主要研究结果如下:1.本试验采用Williams鉴别系统对从我国包括云南省、四川、重庆、安徽、辽宁、湖北省、陕西省、江苏省以及韩国等地区采集到的36份根肿病根瘤材料进行生理小种的鉴定,鉴定结果显示主要致病菌群是芸薹根肿菌4号生理小种,这与前人的研究结果相符。此外还鉴定出了2、7、11号生理小种。2.从根肿菌基因组中,共搜索到3174个SSR位点,SSR的平均间隔距离为7...
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
不同重复类型SSR的数目与SSR重复次数的关系
沈阳农业大学硕士学位论文菌的遗传多样性NA 提取结果基因组试剂盒对根肿菌 DNA 进行提取，其 DNA 呈乳白色。经对 DNA 样品进行检测。其结果显示，所提 DNA 在凝胶电泳上整齐一致，无弥散单一无杂质。表明所提 DNA 的纯度高，完整本试验的后续需要。如图 3-2，显示了部分根肿菌 DNA 的凝胶
3 结果与分析3.3.4 SSR 引物的 PCR 扩增结果本研究中芸薹根肿菌主要来自于中国的云南省、重庆市、四川省、湖北省、安徽省、江苏省和辽宁省等 40 个菌种。用 32 对 SSR 标记进行多态性分析，以区分不同的生理小种。从结果中可以看出，32 对引物在 40 种根肿菌 DNA 中均能扩增出清晰明显的条带，并且取得良好的扩增效果，多数样品均表现出明显的遗传多态性，共扩增出 98 条等位基因条带。不同引物扩增出可检测到的条带数不同，平均每对引物可检测到 3.06 个等位基因，其中最多的为 5 个，最少的可检测到 2 个。40 份病菌材料大多数都能扩增出多态性位点，且扩增出的条带清晰稳定，不同病根材料在不同引物下的扩增结果存在显著差异。
【参考文献】：
期刊论文
[1]河南省大白菜根肿病菌生理小种鉴定[J]. 原玉香,赵艳艳,魏小春,姚秋菊,蒋武生,王志勇,李扬,许茜,杨双娟,张晓伟. 河南农业科学. 2017(07)
[2]黄瓜霜霉病菌SSR遗传多样性分析[J]. 党悦嘉,白玲玲,张艳菊,周莹莹,陈政瑜,刘行风. 北方园艺. 2017(06)
[3]4个不同地区十字花科根肿病菌生理小种鉴定及甘蓝新组合的抗性鉴定[J]. 陈静,任雪松,宋洪元,李成琼,袁天成,司军. 西南大学学报(自然科学版). 2016(01)
[4]蔬菜主要病害2013年发生概况及2014年发生趋势[J]. 李宝聚. 中国蔬菜. 2014(02)
[5]我国8省市十字花科蔬菜根肿病菌生理小种的鉴定[J]. 丁云花,简元才,余阳俊,汪维红,耿丽华,康俊根. 中国蔬菜. 2013(16)
[6]东北地区大白菜根肿病菌生理小种鉴定[J]. 赵杨,白元俊,苗则彦,李颖,赵奎华. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2013(02)
[7]大型真菌中SSR分子标记的开发与应用进展[J]. 王东东,李良秋,马连营,陈爱枫,吴清平. 微生物学通报. 2013(04)
[8]湖南十字花科作物根肿病菌生理小种鉴定[J]. 彭沙莎,任佐华,黄小莉,刘敏捷,孙良菲,刘二明. 长江蔬菜. 2013(06)
[9]十字花科根肿病菌（Plasmodiophora brassicae）致病力分化研究方法[J]. 苗则彦,白元俊,李颖,赵杨,赵奎华. 东北农业大学学报. 2013(01)
[10]基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析[J]. 孙源文,陈钰辉,刘富中,张映,连勇. 中国蔬菜. 2012(22)
硕士论文
[1]湖北省十字花科根肿病菌生理小种鉴定及遗传多样性分析[D]. 吴健雄.华中农业大学 2013
[2]茶树菇农艺性状分析及EST-SSR标记的应用[D]. 王筱凡.南昌大学 2012
[3]基于茶树基因组信息的SSR分子标记的筛选及其初步应用[D]. 王磊.安徽农业大学 2012
本文编号：2995962
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
不同重复类型SSR的数目与SSR重复次数的关系
沈阳农业大学硕士学位论文菌的遗传多样性NA 提取结果基因组试剂盒对根肿菌 DNA 进行提取，其 DNA 呈乳白色。经对 DNA 样品进行检测。其结果显示，所提 DNA 在凝胶电泳上整齐一致，无弥散单一无杂质。表明所提 DNA 的纯度高，完整本试验的后续需要。如图 3-2，显示了部分根肿菌 DNA 的凝胶
3 结果与分析3.3.4 SSR 引物的 PCR 扩增结果本研究中芸薹根肿菌主要来自于中国的云南省、重庆市、四川省、湖北省、安徽省、江苏省和辽宁省等 40 个菌种。用 32 对 SSR 标记进行多态性分析，以区分不同的生理小种。从结果中可以看出，32 对引物在 40 种根肿菌 DNA 中均能扩增出清晰明显的条带，并且取得良好的扩增效果，多数样品均表现出明显的遗传多态性，共扩增出 98 条等位基因条带。不同引物扩增出可检测到的条带数不同，平均每对引物可检测到 3.06 个等位基因，其中最多的为 5 个，最少的可检测到 2 个。40 份病菌材料大多数都能扩增出多态性位点，且扩增出的条带清晰稳定，不同病根材料在不同引物下的扩增结果存在显著差异。
【参考文献】：
期刊论文
[1]河南省大白菜根肿病菌生理小种鉴定[J]. 原玉香,赵艳艳,魏小春,姚秋菊,蒋武生,王志勇,李扬,许茜,杨双娟,张晓伟. 河南农业科学. 2017(07)
[2]黄瓜霜霉病菌SSR遗传多样性分析[J]. 党悦嘉,白玲玲,张艳菊,周莹莹,陈政瑜,刘行风. 北方园艺. 2017(06)
[3]4个不同地区十字花科根肿病菌生理小种鉴定及甘蓝新组合的抗性鉴定[J]. 陈静,任雪松,宋洪元,李成琼,袁天成,司军. 西南大学学报(自然科学版). 2016(01)
[4]蔬菜主要病害2013年发生概况及2014年发生趋势[J]. 李宝聚. 中国蔬菜. 2014(02)
[5]我国8省市十字花科蔬菜根肿病菌生理小种的鉴定[J]. 丁云花,简元才,余阳俊,汪维红,耿丽华,康俊根. 中国蔬菜. 2013(16)
[6]东北地区大白菜根肿病菌生理小种鉴定[J]. 赵杨,白元俊,苗则彦,李颖,赵奎华. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2013(02)
[7]大型真菌中SSR分子标记的开发与应用进展[J]. 王东东,李良秋,马连营,陈爱枫,吴清平. 微生物学通报. 2013(04)
[8]湖南十字花科作物根肿病菌生理小种鉴定[J]. 彭沙莎,任佐华,黄小莉,刘敏捷,孙良菲,刘二明. 长江蔬菜. 2013(06)
[9]十字花科根肿病菌（Plasmodiophora brassicae）致病力分化研究方法[J]. 苗则彦,白元俊,李颖,赵杨,赵奎华. 东北农业大学学报. 2013(01)
[10]基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析[J]. 孙源文,陈钰辉,刘富中,张映,连勇. 中国蔬菜. 2012(22)
硕士论文
[1]湖北省十字花科根肿病菌生理小种鉴定及遗传多样性分析[D]. 吴健雄.华中农业大学 2013
[2]茶树菇农艺性状分析及EST-SSR标记的应用[D]. 王筱凡.南昌大学 2012
[3]基于茶树基因组信息的SSR分子标记的筛选及其初步应用[D]. 王磊.安徽农业大学 2012
本文编号：2995962
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