基于转录组数据挖掘尿素调控少孢节丛孢捕器形成的基因
发布时间：2021-04-23 14:36
课题组前期报道了细菌在线虫捕食压力下,通过快速上调精氨酸酶产生尿素,诱导少孢节丛孢产生捕器来捕食线虫。本论文通过转录组测序和Real time PCR技术筛选尿素诱导少孢节丛孢产生捕器候选基因,初步挖掘尿素诱导少孢节丛孢产生捕器的基因。通过对尿素循环中精氨酸酶基因Arg1进行敲除及回复突变,鉴定该基因的功能。此外,本论文利用根癌农杆菌介导的遗传转化（ATMT）筛选了少孢节丛孢中的T-DNA随机插入突变体。研究结果如下:1.通过对尿素诱导捕器产生不同时期的转录组数据的分析,发现与菌丝萌发M期相比,粘性网形成TⅠ期和成熟TⅡ期的转录水平发生了非常显著的变化。利用DESeq软件进行粘性网与菌丝的差异基因筛选,粘性网形成T1期得到1970个差异基因,主要集中在RNA降解途径、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代谢及其他氨基酸和抗体的生物合成通路;粘性网形成T2期得到2665个差异基因,主要集中在氨基酸的生物合成途径、RNA降解及次级代谢产物途径。2.利用基因敲除技术敲除了少孢节丛孢中精氨酸酶基因Argl（AOL-s00083g426r）并对敲除基因进行回复突变,得到两个突变株△Arg1-26、△Arg1...
【文章来源】：云南大学云南省 211工程院校
【文章页数】：85 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1. 植物病原线虫的危害与防治
2. 捕食线虫真菌的研究
2.1 食线虫真菌的多样性
2.2 捕食线虫真菌捕器的多样性
3. 捕食线虫真菌产生捕器的诱导因子
3.1 非氮源相关因子
3.2 氮源相关因子
4. 本论文的选题依据和研究意义
第二章 尿素诱导少孢节丛孢产生捕器的转录组学研究
1. 前言
2. 实验材料和仪器
2.1 实验材料
2.2 实验培养基
2.3 实验试剂及仪器
3. 实验方法
3.1 诱导培养基,诱导浓度及诱导时间的确定
3.2 高通量测序样品的制备
3.3 RNA-Seq
3.4 荧光定量PCR
4. 实验结果与分析
4.1 诱导培养基及浓度的筛选
4.2 诱导时间的确定
4.3 RNA质量检测
4.4 转录组数据分析
4.5 荧光定量结果
5. 小结与讨论
第三章 少孢节丛孢中精氨酸酶基因功能的初步研究
1. 前言
2. 实验材料和方法
2.1 实验所用菌株和质粒
2.2 实验培养基及相关缓冲液
2.3 实验所需试剂及仪器
3. 实验方法
3.1 基因的序列分析
3.2 基因敲除技术路线
3.3 引物设计
3.4 少孢节丛孢全基因组DNA的提取
3.5 pCSN44质粒的提取
3.6 pRS426质粒的提取
3.7 少孢节丛孢尿素转运相关基因同源重组载体的构建
3.8 目的基因全长片段的制备
3.9 少孢节丛孢原生质体的制备及转化
3.10 少孢节丛孢相关基因的回复突变的研究
4. 实验结果
4.1 少孢节丛孢中相关基因的序列分析
4.2 基因同源重组载体的制备
4.3 转化子的筛选及PCR验证
4.4 回复突变的研究
5. 小结与讨论
第四章 少孢节丛孢突变体库的构建
1. 前言
2. 实验材料与仪器
2.1 实验菌株及质粒
2.2 实验培养基及相关缓冲液
2.3 实验所需试剂及仪器
3. 实验方法
3.1 少孢节丛孢的活化
3.2 引物设计
3.3 载体的构建
3.4 农杆菌的化学转化
3.5 突变体的筛选
3.6 共培养条件的筛选
4. 实验结果与分析
4.1 载体的构建
4.2 农杆菌的化学转化
4.3 突变体的筛选
4.4 转化子的PCR验证
5. 小结与讨论
第五章 少孢节丛孢野生型菌株与几株突变株的比较
1. 前言
2. 实验材料及仪器
2.1 实验菌株
2.2 主要培养基
2.3 实验药品
2.4 实验仪器
3. 实验方法
3.1 在不同培养基上生长速率的比较
3.2 抗逆性的比较
3.3 产孢数量及形态的比较
3.4 产捕器能力的比较
4. 实验结果
4.1 不同培养基上生长速率的比较
4.2 抗逆性的比较
4.3 产孢数量的比较
4.4 产生捕器能力的比较
5. 小结与讨论
5.1 突变株和野生株在生长速率、抗逆性方面的比较
5.2 产孢比较
5.3 产捕器的比较
全文总结
附录
参考文献
硕士研究生期间科研成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]食线虫真菌资源研究概况[J]. 张颖,李国红,张克勤. 菌物学报. 2011(06)
[2]氨基酸对少孢节丛孢菌（Arthrobotrys oligospora）捕食器产生的影响[J]. 邓长胜,王瑞,杨晓野,韩海宾,杨莲茹,刘珍莲,张晓东. 畜牧兽医学报. 2009(04)
[3]根癌农杆菌介导的轮枝镰孢菌遗传转化及T-DNA插入突变体的筛选[J]. 赵培宝,周庆新,任爱芝,李多川. 菌物学报. 2008(02)
[4]植物寄生线虫分子生物学和抗线虫基因工程策略的研究进展(综述)[J]. 韩生成,刘清利,孟颂东,杨怀义,田波. 农业生物技术学报. 1999(04)
[5]中国的捕食线虫真菌Ⅳ.捕食蘑菇堆肥线虫的高效菌株筛选及其生物学特性[J]. 张克勤,何世川,薛旅,周薇. 贵州农学院学报. 1992(02)
博士论文
[1]细菌调控捕食线虫真菌捕杀线虫的分子机制[D]. 王芯.云南大学 2015
硕士论文
[1]氨基酸诱导寡孢节丛孢形成捕食器官的条件和机制初步研究[D]. 苏浩.云南大学 2015
[2]硝酸盐诱导寡孢节丛孢产生三维菌网机制研究[D]. 刘志恒.云南大学 2015
[3]球孢白僵菌T-DNA插入突变体Mu301的鉴定及分析[D]. 王芯.西南大学 2010
本文编号：3155506
【文章来源】：云南大学云南省 211工程院校
【文章页数】：85 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1. 植物病原线虫的危害与防治
2. 捕食线虫真菌的研究
2.1 食线虫真菌的多样性
2.2 捕食线虫真菌捕器的多样性
3. 捕食线虫真菌产生捕器的诱导因子
3.1 非氮源相关因子
3.2 氮源相关因子
4. 本论文的选题依据和研究意义
第二章 尿素诱导少孢节丛孢产生捕器的转录组学研究
1. 前言
2. 实验材料和仪器
2.1 实验材料
2.2 实验培养基
2.3 实验试剂及仪器
3. 实验方法
3.1 诱导培养基,诱导浓度及诱导时间的确定
3.2 高通量测序样品的制备
3.3 RNA-Seq
3.4 荧光定量PCR
4. 实验结果与分析
4.1 诱导培养基及浓度的筛选
4.2 诱导时间的确定
4.3 RNA质量检测
4.4 转录组数据分析
4.5 荧光定量结果
5. 小结与讨论
第三章 少孢节丛孢中精氨酸酶基因功能的初步研究
1. 前言
2. 实验材料和方法
2.1 实验所用菌株和质粒
2.2 实验培养基及相关缓冲液
2.3 实验所需试剂及仪器
3. 实验方法
3.1 基因的序列分析
3.2 基因敲除技术路线
3.3 引物设计
3.4 少孢节丛孢全基因组DNA的提取
3.5 pCSN44质粒的提取
3.6 pRS426质粒的提取
3.7 少孢节丛孢尿素转运相关基因同源重组载体的构建
3.8 目的基因全长片段的制备
3.9 少孢节丛孢原生质体的制备及转化
3.10 少孢节丛孢相关基因的回复突变的研究
4. 实验结果
4.1 少孢节丛孢中相关基因的序列分析
4.2 基因同源重组载体的制备
4.3 转化子的筛选及PCR验证
4.4 回复突变的研究
5. 小结与讨论
第四章 少孢节丛孢突变体库的构建
1. 前言
2. 实验材料与仪器
2.1 实验菌株及质粒
2.2 实验培养基及相关缓冲液
2.3 实验所需试剂及仪器
3. 实验方法
3.1 少孢节丛孢的活化
3.2 引物设计
3.3 载体的构建
3.4 农杆菌的化学转化
3.5 突变体的筛选
3.6 共培养条件的筛选
4. 实验结果与分析
4.1 载体的构建
4.2 农杆菌的化学转化
4.3 突变体的筛选
4.4 转化子的PCR验证
5. 小结与讨论
第五章 少孢节丛孢野生型菌株与几株突变株的比较
1. 前言
2. 实验材料及仪器
2.1 实验菌株
2.2 主要培养基
2.3 实验药品
2.4 实验仪器
3. 实验方法
3.1 在不同培养基上生长速率的比较
3.2 抗逆性的比较
3.3 产孢数量及形态的比较
3.4 产捕器能力的比较
4. 实验结果
4.1 不同培养基上生长速率的比较
4.2 抗逆性的比较
4.3 产孢数量的比较
4.4 产生捕器能力的比较
5. 小结与讨论
5.1 突变株和野生株在生长速率、抗逆性方面的比较
5.2 产孢比较
5.3 产捕器的比较
全文总结
附录
参考文献
硕士研究生期间科研成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]食线虫真菌资源研究概况[J]. 张颖,李国红,张克勤. 菌物学报. 2011(06)
[2]氨基酸对少孢节丛孢菌（Arthrobotrys oligospora）捕食器产生的影响[J]. 邓长胜,王瑞,杨晓野,韩海宾,杨莲茹,刘珍莲,张晓东. 畜牧兽医学报. 2009(04)
[3]根癌农杆菌介导的轮枝镰孢菌遗传转化及T-DNA插入突变体的筛选[J]. 赵培宝,周庆新,任爱芝,李多川. 菌物学报. 2008(02)
[4]植物寄生线虫分子生物学和抗线虫基因工程策略的研究进展(综述)[J]. 韩生成,刘清利,孟颂东,杨怀义,田波. 农业生物技术学报. 1999(04)
[5]中国的捕食线虫真菌Ⅳ.捕食蘑菇堆肥线虫的高效菌株筛选及其生物学特性[J]. 张克勤,何世川,薛旅,周薇. 贵州农学院学报. 1992(02)
博士论文
[1]细菌调控捕食线虫真菌捕杀线虫的分子机制[D]. 王芯.云南大学 2015
硕士论文
[1]氨基酸诱导寡孢节丛孢形成捕食器官的条件和机制初步研究[D]. 苏浩.云南大学 2015
[2]硝酸盐诱导寡孢节丛孢产生三维菌网机制研究[D]. 刘志恒.云南大学 2015
[3]球孢白僵菌T-DNA插入突变体Mu301的鉴定及分析[D]. 王芯.西南大学 2010
本文编号：3155506
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