基于高通量测序的烟草甲基因组调查分析

发布时间：2021-04-23 15:16

　　为更好破译烟草甲全基因组信息,基于Illumina高通量测序平台对烟草甲基因组进行了调查分析。预测了其基因组大小,同时分析了基因组的杂合度、重复序列、GC含量等基因组基本特征,并在此基础上对烟草甲基因组进行了初步组装。研究表明:①烟草甲预估基因组大小为242.25 Mb,杂合率为0.77%,重复序列比率为42.95%,GC含量为44.61%。②基因组组装后,得到418 693条scaffolds,拼接序列总长为211.10 Mb,N50为1 864 bp。通过基因组调查分析为后续的烟草甲全基因组测序提供了重要的理论依据。 

【文章来源】：烟草科技. 2020,53(11)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验材料
    1.2 实验方法
        1.2.1 DNA提取及检测
        1.2.2 建库测序
        1.2.3 K-mer分析
        1.2.4 GC含量分布及分析
        1.2.5 基因组初步组装
        1.2.6 基因预测及评估
2 结果与分析
    2.1 测序数据量及质量评估
    2.2 K-mer分析
    2.3 基因组初步组装
    2.4 GC含量分布分析
    2.5 基因预测及组装质量评估
    2.6 鞘翅目昆虫基因组比较
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]烟草甲虫为害损失调查[J]. 宋纪真,周汉平,奚家勤,杨军,杨述元,纪文章.  烟草科技. 2006(07)



本文编号：3155562