柑橘黄龙病菌亚洲种全基因组测序及遗传多样性研究

发布时间：2021-04-30 21:45

　　柑橘黄龙病（Citrus Huanglongbing,HLB）是一种全球性的柑橘生产上的毁灭性病害,目前已在亚洲、非洲、南美洲、北美洲及大洋洲的近50个国家/地区发生流行。尽管HLB病原迄今尚未实现体外培养,但有三种韧皮部杆菌属细菌与该病紧密相关,也被认为是该病的病原,分别为:柑橘黄龙病菌亚洲种（′Candidatus Liberibacter asiaticus′,Las）、柑橘黄龙病菌非洲种（′Ca.L.africanus′,Laf）和柑橘黄龙病菌美洲种（′Ca.L.americanus′,Lam）。其中,Las发生流行最为广泛,在我国发生流行的HLB病原也是该种细菌。我国HLB发生历史已有一个世纪,是该病的最早发生地之一,但其境内的Las并未完成过全基因组测序。因此本研究主要对我国的Las进行全基因组序列测定,并基于测定的基因组序列,挖掘多态性分子标记并对来自全球的Las进行遗传多样性研究。此外,基于遗传多样性研究中发现的一个长串联重复位点的序列特性,建立一种Las的高灵敏性分子检测技术。取得的主要结果如下:1.完成了首个中国Las（gxpsy分离物）全基因组序列的测定。该分离物... 

【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：144 页

【学位级别】：博士

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中文摘要
Abstract
缩略词与中英文对照表
第一章 文献综述
    1.1 柑橘黄龙病发生及分布
    1.2 柑橘黄龙病病原认识历程
    1.3 柑橘黄龙病病原生物学特性
        1.3.1 黄龙病症状
        1.3.2 寄主范围
        1.3.3 传播途径
        1.3.4 热敏感性
    1.4 柑橘黄龙病病原分子生物学
        1.4.1 基因组学
        1.4.2 致病机理
        1.4.3 遗传多样性
    1.5 柑橘黄龙病诊断方法
        1.5.1 田间鉴定
        1.5.2 电镜观察
        1.5.3 血清学检测
        1.5.4 生化指标鉴定和高光谱检测
        1.5.5 核酸检测
    1.6 柑橘黄龙病防控
        1.6.1 苗木脱毒
        1.6.2 抗生素治疗
        1.6.3 抗病育种
        1.6.4 综合防控
第二章 引言
第三章 柑橘黄龙病菌亚洲种gxpsy分离物全基因组测序与分析
    3.1 材料
        3.1.1 植物和木虱
        3.1.2 主要试剂和仪器
        3.1.3 主要缓冲液和培养基配制
        3.1.4 本章使用的引物和探针
    3.2 方法
        3.2.1 基因组DNA提取
        3.2.2 木虱体内黄龙病菌相对含量测定
        3.2.3 木虱基因组DNA扩增
        3.2.4 全基因组测序
        3.2.5 基因组数据拼接、注释及可视化
        3.2.6 基因组比较分析
        3.2.7 进化分析
        3.2.8 常规PCR、长距离PCR及基因组步行
        3.2.9 PCR产物纯化、克隆及测序
    3.3 结果与分析
        3.3.1 单头木虱中黄龙病菌相对含量
        3.3.2 基因组测序、序列组装及拼接
        3.3.3 柑橘黄龙病菌亚洲种gxpsy分离物基因组特征及比较分析
        3.3.4 进化分析
    3.4 讨论
    3.5 小结
第四章 柑橘黄龙病菌亚洲种多位点可变数量串联重复序列分析
    4.1 材料
        4.1.1 感菌植物和木虱
        4.1.2 主要试剂和仪器
        4.1.3 主要缓冲液和培养基配制
        4.1.4 本章使用的引物
    4.2 方法
        4.2.1 变性PAGE胶电泳及快速银染
        4.2.2 VNTR位点的筛选
        4.2.3 MLVA分析
        4.2.4 MLVAPCR稳定性测试
    4.3 结果与分析
        4.3.1 VNTR位点筛选
        4.3.2 MLVA分析
    4.4 讨论
    4.5 小结
第五章 基于两个大片段DNA插入缺失位点的柑橘黄龙病菌亚洲种遗传多样性分析
    5.1 材料
        5.1.1 柑橘黄龙病菌亚洲种分离物
        5.1.2 本章使用的引物
    5.2 方法
        5.2.1 LF-InDel位点鉴定
        5.2.2 LF-InDel位点扩增
        5.2.3 序列分析和数据统计
    5.3 结果和分析
        5.3.1 InDel位点鉴定
        5.3.2 LF-InDel-3位点插入缺失多态性
        5.3.3 LF-InDel-4位点插入缺失多态性
        5.3.4 LF-InDel-3位点和LF-InDel-4位点插入缺失连锁分析
    5.4 讨论
    5.5 小结
第六章 串联重复序列在柑橘黄龙病菌亚洲种高灵敏性检测中的应用
    6.1 材料
        6.1.1 植物材料
        6.1.2 主要试剂和仪器
        6.1.3 主要缓冲液和培养基配制
        6.1.4 本章使用的引物
    6.2 方法
        6.2.1 实时荧光定量PCR
        6.2.2 串联重复序列位点的筛选
        6.2.3 基于串联重复序列的聚合酶链式置换反应引物的设计
        6.2.4 基于串联重复序列的聚合酶链式置换反应
        6.2.5 扩增子克隆与测序
        6.2.6 质粒标准品模板制备
        6.2.7 检测灵敏度比较
        6.2.8 田间样品检测
    6.3 结果与分析
        6.3.1 基于串联重复序列的聚合酶链式置换反应引物的设计及验证
        6.3.2 灵敏度测定及比较
        6.3.3 田间样品检测
    6.4 讨论
    6.5 小结
第七章 主要结论、创新点及研究展望
    7.1 主要结论
        7.1.1 黄龙病菌亚洲种gxpsy分离物全基因组测序与分析
        7.1.2 黄龙病菌亚洲种多位点可变数量串联重复序列分析
        7.1.3 基于大片段DNA插入缺失位点的黄龙病菌亚洲种遗传多样性
        7.1.4 串联重复序列在黄龙病菌亚洲种高灵敏性检测中的应用
    7.2 创新点
    7.3 研究展望
参考文献
附录Ⅰ附表
致谢
攻读学位期间发表的论文、主持科研项目、专利申报及获奖情况


【参考文献】：
期刊论文
[1]广西近十年柑橘黄龙病综合防控成效与经验（英文）[J]. 邓崇岭,白先进,娄兵海.  南方园艺. 2016(03)
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[3]中国柑橘黄龙病病原菌两个原噬菌体超变异基因遗传多样性[J]. 谭锦,王雪峰,苏华楠,李中安,周常勇.  中国农业科学. 2013(18)
[4]柑橘黄龙病研究进展[J]. 程春振,曾继吾,钟云,闫化学,姜波,钟广炎.  园艺学报. 2013(09)
[5]柚喀木虱的形态、生物学特性及发生规律研究[J]. 郭俊,岑伊静,王自然,段惠芬,高俊燕.  华南农业大学学报. 2012(04)
[6]柑橘木虱的防治技术研究进展[J]. 杜丹超,鹿连明,张利平,胡秀荣,黄振东,陈国庆.  中国农学通报. 2011(25)
[7]中国不同地区亚洲韧皮杆菌遗传多样性分析[J]. 王中康,周彬彬,田圣超,石小刚,贤家旭,陈世伟,殷幼平.  植物病理学报. 2009(06)
[8]柑橘黄龙病田间快速检测技术研究(初报)[J]. 张利平,陈国庆,黄振东,鹿连明,胡秀荣,蒲占湑,张小亚.  浙江柑桔. 2009(03)
[9]吡蚜酮等13种农药防治柑桔木虱田间药效试验[J]. 邓明学,唐美欣,谭有龙,陈贵峰,唐明丽.  中国农学通报. 2009(08)
[10]中国柑橘黄龙病研究30年[J]. 范国成,刘波,吴如健,李韬,蔡子坚,柯冲.  福建农业学报. 2009(02)

博士论文
[1]韧皮部杆菌亚洲种简单重复序列（SSR）多态性及其侵染甜橙后转录组学研究[D]. 黄爱军.西南大学 2014
[2]柑橘宿主对黄龙病病原菌侵染的应答机制[D]. 樊晶.重庆大学 2010

硕士论文
[1]中国八省柑桔黄龙病病原菌种类和种内分化的初步研究[D]. 娄兵海.西南大学 2008



本文编号：3169530