内蒙古高格斯台地区东北马鹿（Cervus elaphus xanthopygus）冬季肠道微生物菌群组成及其多样性研究

发布时间：2021-05-16 05:36

　　东北马鹿（Cervus elaphus xanthopygus）是一种大型的林栖有蹄类动物,在北方森林生态系统中发挥重要的生态作用,被列为国家Ⅱ级重点保护野生动物。由于马鹿肠道微生物参与宿主体内的物质循环、能量流动和信号传导等过程,对神经免疫系统调控有着重要影响。因此,开展肠道微生物菌群的组成及其多样性分析,不仅可以揭示马鹿肠道内微生态状况,评估野外种群健康状况,而且有助于制定马鹿种群保护及栖息地恢复对策。为此,作者于2018年12月—2019年3月在内蒙古高格斯台罕乌拉国家级自然保护区采集63份来自不同野生东北马鹿个体的粪便,运用高通量测序技术,分析其肠道微生物菌群的组成及其多样性,获得的主要研究结果如下:（1）通过高通量测序和聚类分析,获得有效序列1701000条,OTU 2472个。对97%相似水平的OTU代表序列进行分类学分析,结果显示,马鹿冬季肠道微生物分属22门34纲79目145科346属。肠道微生物菌群组成分布特征在门水平上,主要由厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）构成,二者约占马鹿肠道菌门的96%;在科水平上,主要由瘤胃菌科（Rum... 

【文章来源】：东北林业大学黑龙江省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：87 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 绪论
    1.1 肠道微生物概述
    1.2 肠道微生物功能
    1.3 影响肠道微生物菌群多样性的因素
        1.3.1 基因型
        1.3.2 食物
        1.3.3 年龄
        1.3.4 疾病
        1.3.5 栖息环境
        1.3.6 其他因素
    1.4 肠道微生物菌群研究技术
        1.4.1 分子生物学技术
        1.4.2 高通量测序技术
    1.5 有蹄类动物肠道微生物研究现状
    1.6 本论文研究对象及研究内容
        1.6.1 研究对象
        1.6.2 研究内容及意义
2 研究地区自然概况
    2.1 地形地貌
    2.2 水文特征
    2.3 土壤类型
    2.4 气候特征
    2.5 植被资源
    2.6 动物资源
    2.7 社会经济
3 材料与方法
    3.1 实验材料
        3.1.1 样本采集
        3.1.2 仪器设备
        3.1.3 主要试剂药品
    3.2 实验方法
        3.2.1 样本DNA的提取
        3.2.2 DNA浓度与纯度检测
        3.2.3 16S rRNA基因PCR扩增
        3.2.4 PCR扩增产物纯化、定量与测序
    3.3 马鹿粪便微生物信息分析
        3.3.1 数据质控
        3.3.2 OTU聚类分析
        3.3.3 统计分析
4 结果与分析
    4.1 粪便基因组DNA的提取
    4.2 PCR扩增
    4.3 高通量测序
    4.4 OTU分析和物种注释
    4.5 肠道菌群构成
        4.5.1 肠道菌群在门水平上的构成
        4.5.2 肠道菌群在纲水平上的构成
        4.5.3 肠道菌群在目水平上的构成
        4.5.4 肠道菌群在科水平上的构成
        4.5.5 肠道菌群在属水平上的构成
    4.6 Alpha多样性指数分析
    4.7 冬季不同时期肠道菌群差异分析
    4.8 性别与肠道菌群关系分析
5 讨论
    5.1 东北马鹿冬季肠道微生物组成分析
    5.2 冬季不同时期肠道微生物的差异
    5.3 不同性别东北马鹿肠道微生物的差异
结论
参考文献
攻读学位期间发表的学术论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性[J]. 李俊乐,高惠,滕丽微,刘振生.  野生动物学报. 2020(01)
[2]猎豹（Acinonyx jubatus）肠道微生物多样性及其性别差异研究（英文）[J]. 陈磊,刘咪,朱静,高迎,陈佳欣,沙未来.  微生物学报. 2019(09)
[3]饥饿与重摄食对河蟹肠道菌群结构的影响[J]. 王晨赫,周彦锋,方弟安,张希昭,张丽,刘剑羽,郑泽,尤洋.  水生生物学报. 2019(04)
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[5]黑龙江穆棱东北红豆杉自然保护区马鹿与狍冬季食性组成的比较[J]. 朱明月,杨淼,张玮琪,张明海.  东北林业大学学报. 2019(05)
[6]西北高海拔地区放养偶蹄类动物肠道微生物多样性的宏基因组比较研究[J]. 尚立强,薛世魁,王惜婧,张小丽.  安徽农业科学. 2019(07)
[7]基于16S rRNA测序的海南坡鹿肠道菌群结构分析[J]. 王悦,苏力,陈兴永,陈武,田秀华,杨锴斌.  野生动物学报. 2018(04)
[8]肠道微生态研究方法及应用研究进展[J]. 杨波,铁宝霞,蔡小玲,曾通旭,徐倩,哈小琴.  广西医学. 2018(10)
[9]动物肠道菌群与营养物质代谢的研究进展[J]. 陈双双,司华哲,李光玉,刘晗璐.  饲料工业. 2018(02)
[10]野生哺乳动物肠道微生物组研究进展与展望[J]. 丁赟,吴琦,胡义波,王潇,聂永刚,吴小平,魏辅文.  兽类学报. 2017(04)

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[10]牦牛和藏羚羊高海拔适应机制的趋同进化研究[D]. 王则夫.兰州大学 2016



本文编号：3189082