甘蔗鞭黑粉菌致病力差异菌株转录组分析

发布时间：2021-06-06 23:38

　　为探明甘蔗鞭黑粉菌不同致病力菌株在转录水平的差异,挖掘致病相关基因,采用Illumina测序技术对2个不同致病力菌株Ss16（强致病力）和Ss47（弱致病力）构建cDNA文库,进行转录组测序,通过质控后对其进行生物信息学分析。结果显示:共获得8.31G（Ss16）和9.88G（Ss47）的分析数据（clean reads）,Ss16和Ss47相比较共获得显著（P<0.05）差异表达基因649个,其中上调基因299个,下调基因350个。差异性表达基因的GO注释及KEGG通路富集分析结果表明,KEGG通路多与物质的蛋白合成、运输和代谢相关,富集最显著的前几条通路分别为:淀粉和蔗糖代谢（starch and sucrose metabolism）、ABC转运蛋白（ABC transporters）、芳香族化合物的降解（degradation of aromatic compounds）、代谢途径（metabolic pathways）和嘌呤代谢（purine metabolism）。 

【文章来源】：华中农业大学学报. 2020,39(03)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

甘蔗鞭黑粉菌Ss16、Ss47菌株的RNA电泳检测

使用DESeq对菌株Ss16和Ss47之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）进行分析，以Padj<0.05为标准筛选显著性DEGs，共获得649个显著DEGs，以log2（差异倍数）为横坐标，-log10(P值）为纵坐标，对显著的DEGs绘制火山图（图2），结果显示，在显著的DEGs中，其中299个基因上调表达，350个基因下调表达。2.4 差异表达基因的GO功能富集分析

将甘蔗鞭黑粉菌Ss16和Ss47菌株差异基因进行KEGG pathways富集分析，结果显示：差异表达基因被富集到蔗糖与淀粉代谢（starch and sucrose metabolism）、ABC转运蛋白（ABC transporters）、芳香化合物的降解（degradation of aromatic compounds）、蛋白质在内质网的加工（protein processing in endoplasmic reticulum）、代谢途径（metabolic pathways）、嘌呤代谢（purine metabolism）等差异基因富集显著通路（图4）。图4 甘蔗鞭黑粉菌Ss16和Ss47菌株差异表达基因的KEGG富集分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组的测序方法及应用研究概述[J]. 姚娜,刘秀明,董园园,王南,孟璐璐,李海燕.  北方园艺. 2017(12)
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[3]甘蔗黑穗病及其病原菌研究进展[J]. 沈万宽,姜子德,邓海华,刘睿.  热带作物学报. 2013(10)
[4]甘蔗黑穗病的研究[J]. 熊国如,张树珍.  农业灾害研究. 2012(04)
[5]我国甘蔗病害的发生现状与研究进展[J]. 王伯辉.  中国糖料. 2007(03)

博士论文
[1]黑腐皮壳侵染苹果的组织细胞学及转录组学研究[D]. 柯希望.西北农林科技大学 2013

硕士论文
[1]两个不同毒力小麦叶锈菌菌株的转录组分析[D]. 张河山.河北农业大学 2014



本文编号：3215378