基于RNA-seq技术对狗獾肝脏和白色脂肪组织基因表达季节差异的研究

发布时间：2021-06-12 08:17

　　狗獾（Meles meles）属于鼬科（Mustelidae）,狗獾属（Meles）,为中小型穴居动物。该物种广泛分布于欧亚大陆,具有极强的环境适应能力。先前的研究已经表明了狗獾在野生环境和圈养环境下生理活动均存在明显的季节性差异。为了从基因表达层面了解圈养狗獾不同时期的差异,我们对夏季（8月）和冬季（2月）狗獾的肝脏和白色脂肪组织进行了转录组测序。主要结果如下:（1）我们使用RNA-seq技术对夏季和冬季各3只圈养狗獾的肝脏和白色脂肪组织进行了测序。在对原始数据进行过滤之后,每个样本得到了6.19Gb到8.63Gb的clean reads。我们对所有样品进行De nove组装,一共得到了254659条unigenes,N50和平均长度分别为2617bp和1115bp。之后对unigenes进行功能注释和分析,有117165个unigenes在Nr数据库中注释成功,占总unigenes数目的46%,有28428个（11.16%）unigenes在所有数据库中都得到了注释。GO注释结果显示,87358条unigenes被分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类中。KEGG分析结果显示6... 

【文章来源】：曲阜师范大学山东省

【文章页数】：61 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

狗獾（引自：李健[4]

RNA表达分析技术（引自：Chaussabeletal.,2010[52]

文库构建流程图

【参考文献】：
期刊论文
[1]EYA 3和TSH β在季节性发情和常年发情绵羊中的表达模式[J]. 夏青,张效生,刘秋月,王翔宇,贺小云,郭晓飞,胡文萍,张金龙,储明星,狄冉.  畜牧兽医学报. 2018(02)
[2]狗獾东北亚种冬眠期与非冬眠期血液生化指标的对比研究[J]. 冯成武,李彦东,王冬梅,邹爱红,刘玉堂.  野生动物学报. 2017(04)
[3]冬眠期和非冬眠期狗獾体内脂肪酸组成检测与比较[J]. 厉威池,王素,冯成武,施银,全莹莹,姜楠,刘玉堂.  黑龙江畜牧兽医. 2017(05)
[4]冬眠期狗獾油脂肪酸组成分析及安全性动物试验[J]. 施银,陈若晞,全莹莹,姜楠,厉威池,刘玉堂.  中国油脂. 2015(05)
[5]RNA测序的研究进展[J]. 王康宇,王义,孙春玉,蒋世翠,张美萍.  江苏农业科学. 2014(10)
[6]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌.  遗传. 2013(08)
[7]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民.  生物技术通报. 2012(12)
[8]基因表达系列分析技术在动物科学中的研究进展[J]. 田勇,卢立志.  生命科学. 2012(10)
[9]第三代测序基本原理[J]. 李明爽,赵敏.  现代生物医学进展. 2012(10)
[10]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒.  遗传. 2011(11)

博士论文
[1]基于转录组和蛋白组数据鉴定猪肌肉生长和脂肪沉积相关的基因[D]. 王志秀.中国农业大学 2017
[2]基于血液转录组分析的狼（Canis lupus）免疫系统和高原适应研究[D]. 刘广帅.东北林业大学 2017

硕士论文
[1]张广才岭狗獾食性的研究[D]. 陈耕.东北林业大学 2015
[2]引入狗獾（Meles meles）活动规律及行为的研究[D]. 崔勇勇.华东师范大学 2013
[3]张广才岭狗獾生境选择[D]. 杨会涛.东北林业大学 2010



本文编号：3226277