玉米粗缩病抗性相关miRNA的筛选

发布时间：2021-09-25 05:36

　　水稻黑条矮缩病毒（Rice black streaked dwarf virus,RBSDV）引起的玉米粗缩病是我国玉米生产中的一类重要病害,严重威胁我国玉米生产。MicroRNA（miRNA）是一类内源的小分子非编码RNA,作为真核生物基因表达中的一类调控因子,在抵御病毒入侵方面起着非常重要的作用。本研究通过对不同抗性玉米品种人工接种RBSDV,构建茎秆及叶片miRNA文库共8个。利用高通量测序,共获得150个已知miRNA前体序列和474个新miRNA序列。miRNA差异表达分析表明,两品种间叶片组织中表达趋势相反的miRNA有17个,茎秆组织中表达趋势相反的miRNA有10个。对差异表达的miRNA进行靶基因预测,共得到1 870个靶标基因,通过KEGG和GO富集分析,得出差异表达miRNA的表达模式。本试验为玉米抗粗缩病分子机理研究奠定了基础。 

【文章来源】：山东农业科学. 2020,52(10)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

miRNA序列的长度分布

miRNA中不同位置具有碱基偏好性，图2为不同长度的miRNA 5"端首位碱基的出现频率。结果表明，长度18～22 nt和25 nt的miRNA 5"端碱基以U居多，长度23 nt和24 nt的miRNA 5"端碱基以A居多。2.3 miRNA注释与新miRNA预测

靶基因GO富集分析(图3)表明，差异表达miRNA靶基因的生物过程主要集中在生物转录、转录调控、DNA复制等;细胞组成主要涉及细胞核内过程、质膜运输、细胞质等;分子功能主要涉及DNA结合、ATP结合、蛋白结合等。靶基因KEGG通路分析(图4)表明，差异表达miRNA的靶基因主要富集在半胱氨酸和蛋氨酸代谢、氧化磷酸化、泛素介导的蛋白水解及苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成、维生素B6代谢、吞噬体等通路。


本文编号：3409196