褐飞虱和小菜蛾的长链非编码RNA预测及特征分析

发布时间：2021-10-27 05:15

　　长链非编码RNA（Longnon-codingRNA,lncRNA）是一类长度大于200nt的不编码蛋白质的RNA。最近几年关于lncRNA的研究和报道如雨后春笋般,不断涌现,成为当前研究的热点。LncRNA参与了基因组印记、X染色体沉默、染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输以及生长发育等多种重要的调控过程。随着高通量测序数据的不断积累,转录组拼接算法的不断改进,预测流程的不断完善,果蝇（Drosophila melanogaster）、蜜蜂（Apis mellifera）等10多种昆虫的lncRNA被相继预测和发现。本文构建和优化了昆虫lncRNA的预测流程,对褐飞虱（Nilaparvata lugens）和小菜蛾（Plutella xylostella）的lncRNA进行了预测和特征分析。主要结果如下:1.褐飞虱长链非编码RNA的发现及和特征分析在前期已经分析12个褐飞虱转录组的基础上,进一步收集NCBISRA数据库中的4个褐飞虱转录组,包括杭州种群,台湾地区种群,雌性唾液腺,三龄若虫翅芽组织等,利用最新的有参拼接软件HISAT2和StringTie拼接转录组,构建新的生物信息... 

【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－３选择性剪接类型分类［７４］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｓｐｌｉｃｉｎｇ［７４】??注：蓝色条块表示组成型外显子，紫色条块表示选择性外显子

ＣＳａＳ?ＣＳＺｉｌｌ］?ｆ?土：土，Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｐｒｏｍｏｔｅｒｓ???ｊＳＳＳ３?Ｊ２２Ｊ３?Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｐｏｌｙ（Ａ）??图１－３选择性剪接类型分类［７４］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｓｐｌｉｃｉｎｇ［７４】??注：蓝色条块表示组成型外显子，紫色条块表示选择性外显子。??Ｎｏｔｅ：?Ｔｈｅ?ｂｌｕｅ?ｂａｒ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｖｅ?ｅｘｏｎ，?ｐｕｒｐｌｅ?ｂａｒ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｅｘｏｎｓ．??目前大规模的选择性剪接研究主要集中在对人类和模式生物的研究上，如Ｇａｎ等??人利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术分析果蝇精巢和卵巢选择性剪接调控的动态变化，发现许多基??因在性腺中有性别特异的转录本？。在农业昆虫领域中，主要有针对家蚕和蜜蜂的大??６??

图２－２?ＩｎｃＲＮＡ预测结果??Ｆｉｇｕｒｅ?２－２?ＬｎｃＲＮＡ?ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ??如图２－２，将杭州地区，台中（台湾）地区，雌性唾液腺，三龄若虫的翅芽组织４??个不同的转录组ｒｅａｄｓ经Ｈ１ＳＡＴ２比对，ＳｔｒｉｎｇＴｉｅ拼接后，共获得６９，６０８条多外显子??转录本。如图２－５所示

【参考文献】：
期刊论文
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[2]长链非编码RNA（lncRNA）及其在昆虫学研究中的进展[J]. 朱斌,梁沛,高希武.  昆虫学报. 2016(11)
[3]水稻稻飞虱和稻苞虫的发生及防治[J]. 孙云.  吉林农业. 2015(15)
[4]温度对褐飞虱发育、存活和产卵影响的关系模型[J]. 石保坤,胡朝兴,黄建利,侯茂林.  生态学报. 2014(20)
[5]第三代测序技术及其应用[J]. 张得芳,马秋月,尹佟明,夏涛.  中国生物工程杂志. 2013(05)
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[8]2007年褐飞虱暴发成灾原因及综合防治策略[J]. 肖晓华.  植物医生. 2008(02)
[9]褐飞虱大发生特点与综合防治[J]. 刘爱红,陈良娣,陈良兴.  现代农业科技. 2008(05)
[10]人类基因组计划的回顾与展望[J]. 植瑞东,何夏怡.  卫生职业教育. 2004(05)

博士论文
[1]五种昆虫非编码RNA基因发现及miR-14的功能研究[D]. 肖花美.南京农业大学 2015

硕士论文
[1]不同剪接频率外显子的组成特征分析[D]. 宋士芹.中国科学技术大学 2009



本文编号：3460945