林麝转录组开发微卫星位点及圈养林麝的亲缘关系分析

发布时间：2021-12-11 09:43

　　林麝（Moschus berezovskii）隶属偶蹄目（Artiodactyla）、反刍亚目（Ruminantia）、麝属（Moschus,）、麝种（Moschus berezovskii.）,是麝属中体型最小的动物,因成年雄性林麝分泌麝香而闻名。由于麝香有巨大的经济价值,导致林麝被大规模偷盗捕杀,林麝种群数量锐减,2002年,林麝被列为国家一级重点保护动物;在2008年的世界自然保护联盟（IUCN）濒危物种红色名录中,林麝被评为濒危物种。目前,人工养殖林麝是保护林麝种质资源和麝香获取的主要手段。但是由于单一追求林麝数量,盲目繁殖,导致林麝种群遗传多样减少,林麝个体体质下降。为充实林麝在遗传学方面的研究数据,对林麝养殖提供指导,丰富林麝的多态性位点,本文进行了以下研究:提取死亡林麝的骨髓细胞进行培养,并从中获取林麝的c DNA文库,进行转录组测序,获取林麝的微卫星位点;从中选取100个林麝微卫星位点进行验证,通过筛选最终获得林麝9个多态性微卫星位点,最后,我们利用这9个微卫星位点对凤县逢春林麝养殖场的15只林麝样本进行了遗传多样性分析和聚类分析。所得主要结果如下:1.从死亡林麝的股骨... 

【文章来源】：西北大学陕西省 211工程院校

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

林麝骨髓细胞（标尺：100μm）

西北大学硕士学位论文16图2-2Cleanreads组装后的序列长度分布Figure2-2ThesequencelengthdistributionafterCleanreadsassembly注：x轴表示序列大小，y轴表示在组装序列在该区域的数量Note:TheX-axisrepresentsthesequencesize,andtheY-axisrepresentsthenumberofassembledsequencesintheregion2.2.3林麝转录组微卫星位点的分布及频率将Transcripts序列根据序列相似性以及长度进行筛选，最终获得81553条Unigene（N50长度为1360bp），使用MISA软件对大于1kb以上的Unigene进行微卫星位点分析，结果如表2-1所示：共检测了12615个基因序列，其中检测到的微卫星位点总数为5777个，包含序列的微卫星位点数量为4,010，包含超过一个微卫星位点的序列数为1198个，以复合形式存在的微卫星位点数量333个；在这些微卫星位点中，单碱基重复的序列总数为3,228条，占比最大，为55.88%，二碱基重复序列总数为1,031条，占比17.85%，三碱基重复序列总数为1479，占比25.60%，四碱基重复序列总数为34，占比0.59%，五碱基序列重复总数为四，占比0.07%，六碱基序列重复总数最少，占比仅为0.02%。

西北大学硕士学位论文243.3结果3.3.1林麝样本DNA提取结果通过粪便提取DNA方法成功提取了43只林麝的DNA，通过林麝GAPDH扩增并通过琼脂糖凝胶电泳检测，其GAPDH基因条带明亮且清楚，部分结果如图3-1。图3-1：粪便提取DNA方法提取的部分林麝DNA电泳结果Figure3-1:DNAelectrophoresisresultsofsomeforestmuskdeerextractedbyfecalextractionmethod3.3.2引物设计结果根据转录组测得的微卫星位点的序列，共设计了100对微卫星引物。送至北京擎科生物技术有限公司进行合成。3.3.3林麝微卫星位点的特异性筛选通过将100对引物进行PCR和琼脂糖凝胶电泳检测，去除无条带及条带不明显的引物，结果总共筛选出49对特异性高且退火温度相近的引物，通常认为，退火温度高的条件下扩增出的产物条带特异性较高。如图3-2，引物29117在其预测Tm值附近选壤1℃；±2℃；±3℃进行引物最适温度的试验，最终选取条带清晰且退火温度较高的条带，此条带的退火温度即为引物29117最适退火温度。


本文编号：3534452