Bin标记和QTL对玉米大斑病全基因组选择预测精度的影响研究
发布时间：2022-01-10 22:23
玉米（Zea mays L.）是禾本科玉米属一年生植物,有很强的适应能力,引入中国时被作为“救荒植物”。玉米现在已经成为最重要的经济作物之一,在国际粮食市场上有很重要的地位。在我国玉米是重要的粮饲作物,种植面积广并且产量高,在生活生产等方面有着不可或缺的作用。近年来玉米大斑病（Northern Corn Leaf Blight,NCLB）频繁爆发,对玉米的产量影响严重。玉米大斑病是由斑刚毛座腔菌（Setosphaeria turcica）引起的玉米生长过程中主要病害之一,该性状由少数主效基因和大量微效基因控制。全基因组选择（Genomic Selection,GS）育种技术可以有效的对于微效多基因控制的复杂数量性状进行预测,作为有效的分子育种手段现已逐渐应用于植物育种中。全基因组选择的预测精度是田间测定的表型值和全基因组预测获得的基因组估计育种值的相关系数,为全基因组选择效率的衡量标准。本研究利用三个双单倍体群体,对玉米大斑病进行全基因组选择的精度研究,使用软件Icimapping对冗余标记进行删除,获得Bin标记。通过Bin标记构建遗传图谱进行玉米大斑病QTL定位,检测Bin标记的显...
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
三个双单倍体群体玉米大斑病的表型分布
沈阳农业大学硕士学位论文3.4 DH 群体玉米大斑病性状的 QTL 定位使用软件 QTL Icimapping 4.1 的 Bip 功能，根据 Bin 标记构建的遗传图谱进行 QTL定位。在 Pop1 群体中，检测到 2 个与性状相关的 QTL，分别位于 5 号和 8 号染色体上，且分别命名为 qD1nclb5-1 和 qD1nclb8-1。qD1nclb5-1 的表型贡献率为 14.97%，位置在230cM 处，左标记是 S5_70062311，右标记是 S5_70870437，LOD 值为 6.32，加性效应为 0.12， 说明对 玉米大斑病抗性起 作用的等位基因是 LA POSTA SEQ. C7F64-2-6-2-2-B-B-B 提供的，qD1nclb8-1 的表型贡献率为 12.88％，位置在 207cM 处，左标记是 S8_123055339，右标记是 S8_124465177，LOD 值为 5.62，加性效应为-0.11，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的。Pop1 群体的玉米大斑病抗性 QTL 定位结果如图 3.2。
第三章 结果与分析作用的等位基因是 DTPYC9-F46-1-2-1-2-B-B-B 提供的，qD2nclb2-1 解释了表型遗传变异的 8.31%，位置在 662cM 处，左标记是 S2_9353182，右标记是 S2_9011310，LOD 值为 3.10，加性效应为-0.083，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的，qD2nclb5-1 解释了表型遗传变异的 16.56%，位置在 230cM 处，左标记是S5_211682662，右标记是 S5_212613330，LOD 值为 5.98，加性效应为-0.12，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的，qD2nclb9-1 解释了表型遗传变异的 10.94%，位置在 93cM 处，左标记是 S9_147737386，右标记是 S9_147470512，LOD值为 4.27，加性效应为-0.095，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的。Pop2 群体的玉米大斑病抗性 QTL 定位结果如图 3.3。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高密度遗传图谱的玉米抗倒伏相关性状QTL分析[J]. 李鹏程,魏杰,陈敏珺,尹双义,杨天天,柳俊,潘婷,范莹莹,刘嘉欣,倪进然,徐辰武,杨泽峰. 分子植物育种. 2019(06)
[2]基因组选择方法研究进展[J]. 王欣,孙辉,胡中立,徐辰武. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2018(01)
[3]作物分子标记辅助选择育种的现状与展望[J]. 王亚琦,孙子淇,郑峥,黄冰艳,董文召,汤丰收,张新友. 江苏农业科学. 2018(05)
[4]玉米自交系P178的大斑病抗性QTL定位和效应分析[J]. 田志强,艾堂顺,邓策,尤诗婷,史芹,马亚龙,李志敏,丁俊强. 河南农业科学. 2018(02)
[5]基于GBS构建玉米高密度遗传图谱及营养品质性状QTL定位[J]. 赖国荣,张静,刘函,董小妹,赖锦盛,黄亚群,陈景堂,郭晋杰. 农业生物技术学报. 2017(09)
[6]基因组选择及其在作物育种中的应用[J]. 陈雨,姜淑琴,孙炳蕊,潘大建,范芝兰,陈文丰,李晨. 广东农业科学. 2017(09)
[7]玉米大斑病的研究进展[J]. 王慧慧,张文忠,芦明,连培红,申海斌. 天津农业科学. 2016(12)
[8]基于育种值预测的基因组选择方法的比较(英文)[J]. 王欣,杨泽峰,徐辰武. Science Bulletin. 2015(10)
[9]玉米大斑病抗性基因研究进展[J]. 马骏,朱迎春,王延波,姜敏,刘欣芳,李明,张庆芳. 辽宁农业科学. 2014(03)
[10]基于温热BC1群体的农艺性状QTL定位[J]. 单娟,崔良国,韩志景,都森烈,曹冰,李翠兰,汪黎明,姚国旗. 玉米科学. 2013(03)
博士论文
[1]玉米产量相关性状的全基因组选择[D]. 刘小刚.中国农业科学院 2018
[2]玉米高密度重组图谱构建及耐旱相关性状的遗传解析[D]. 李春辉.中国农业科学院 2015
[3]玉米自交系大斑病抗性及出苗率的回交改良研究[D]. 乔善宝.四川农业大学 2009
硕士论文
[1]基于三个RIL群体的玉米穗柄长QTL定位分析[D]. 贺文姝.沈阳农业大学 2018
[2]大白菜高密度Bin-marker图谱构建及开花时间的QTL定位[D]. 刘静.中国农业科学院 2016
[3]玉米（Zea MaysL.）穗行数主效QTL定位及近等基因系构建[D]. ADA MENIE NELLY SANDRINE.华中农业大学 2015
[4]不同品种玉米植株在成熟过程中营养价值变化规律及青贮利用价值的研究[D]. 王洋.中国农业大学 2005
[5]玉米DH群体的遗传分析及QTL定位初探[D]. 宋炜.河北农业大学 2005
本文编号：3581527
【文章来源】：沈阳农业大学辽宁省
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
三个双单倍体群体玉米大斑病的表型分布
沈阳农业大学硕士学位论文3.4 DH 群体玉米大斑病性状的 QTL 定位使用软件 QTL Icimapping 4.1 的 Bip 功能，根据 Bin 标记构建的遗传图谱进行 QTL定位。在 Pop1 群体中，检测到 2 个与性状相关的 QTL，分别位于 5 号和 8 号染色体上，且分别命名为 qD1nclb5-1 和 qD1nclb8-1。qD1nclb5-1 的表型贡献率为 14.97%，位置在230cM 处，左标记是 S5_70062311，右标记是 S5_70870437，LOD 值为 6.32，加性效应为 0.12， 说明对 玉米大斑病抗性起 作用的等位基因是 LA POSTA SEQ. C7F64-2-6-2-2-B-B-B 提供的，qD1nclb8-1 的表型贡献率为 12.88％，位置在 207cM 处，左标记是 S8_123055339，右标记是 S8_124465177，LOD 值为 5.62，加性效应为-0.11，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的。Pop1 群体的玉米大斑病抗性 QTL 定位结果如图 3.2。
第三章 结果与分析作用的等位基因是 DTPYC9-F46-1-2-1-2-B-B-B 提供的，qD2nclb2-1 解释了表型遗传变异的 8.31%，位置在 662cM 处，左标记是 S2_9353182，右标记是 S2_9011310，LOD 值为 3.10，加性效应为-0.083，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的，qD2nclb5-1 解释了表型遗传变异的 16.56%，位置在 230cM 处，左标记是S5_211682662，右标记是 S5_212613330，LOD 值为 5.98，加性效应为-0.12，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的，qD2nclb9-1 解释了表型遗传变异的 10.94%，位置在 93cM 处，左标记是 S9_147737386，右标记是 S9_147470512，LOD值为 4.27，加性效应为-0.095，说明对玉米大斑病抗性起作用的等位基因是 CML-459 提供的。Pop2 群体的玉米大斑病抗性 QTL 定位结果如图 3.3。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高密度遗传图谱的玉米抗倒伏相关性状QTL分析[J]. 李鹏程,魏杰,陈敏珺,尹双义,杨天天,柳俊,潘婷,范莹莹,刘嘉欣,倪进然,徐辰武,杨泽峰. 分子植物育种. 2019(06)
[2]基因组选择方法研究进展[J]. 王欣,孙辉,胡中立,徐辰武. 扬州大学学报(农业与生命科学版). 2018(01)
[3]作物分子标记辅助选择育种的现状与展望[J]. 王亚琦,孙子淇,郑峥,黄冰艳,董文召,汤丰收,张新友. 江苏农业科学. 2018(05)
[4]玉米自交系P178的大斑病抗性QTL定位和效应分析[J]. 田志强,艾堂顺,邓策,尤诗婷,史芹,马亚龙,李志敏,丁俊强. 河南农业科学. 2018(02)
[5]基于GBS构建玉米高密度遗传图谱及营养品质性状QTL定位[J]. 赖国荣,张静,刘函,董小妹,赖锦盛,黄亚群,陈景堂,郭晋杰. 农业生物技术学报. 2017(09)
[6]基因组选择及其在作物育种中的应用[J]. 陈雨,姜淑琴,孙炳蕊,潘大建,范芝兰,陈文丰,李晨. 广东农业科学. 2017(09)
[7]玉米大斑病的研究进展[J]. 王慧慧,张文忠,芦明,连培红,申海斌. 天津农业科学. 2016(12)
[8]基于育种值预测的基因组选择方法的比较(英文)[J]. 王欣,杨泽峰,徐辰武. Science Bulletin. 2015(10)
[9]玉米大斑病抗性基因研究进展[J]. 马骏,朱迎春,王延波,姜敏,刘欣芳,李明,张庆芳. 辽宁农业科学. 2014(03)
[10]基于温热BC1群体的农艺性状QTL定位[J]. 单娟,崔良国,韩志景,都森烈,曹冰,李翠兰,汪黎明,姚国旗. 玉米科学. 2013(03)
博士论文
[1]玉米产量相关性状的全基因组选择[D]. 刘小刚.中国农业科学院 2018
[2]玉米高密度重组图谱构建及耐旱相关性状的遗传解析[D]. 李春辉.中国农业科学院 2015
[3]玉米自交系大斑病抗性及出苗率的回交改良研究[D]. 乔善宝.四川农业大学 2009
硕士论文
[1]基于三个RIL群体的玉米穗柄长QTL定位分析[D]. 贺文姝.沈阳农业大学 2018
[2]大白菜高密度Bin-marker图谱构建及开花时间的QTL定位[D]. 刘静.中国农业科学院 2016
[3]玉米（Zea MaysL.）穗行数主效QTL定位及近等基因系构建[D]. ADA MENIE NELLY SANDRINE.华中农业大学 2015
[4]不同品种玉米植株在成熟过程中营养价值变化规律及青贮利用价值的研究[D]. 王洋.中国农业大学 2005
[5]玉米DH群体的遗传分析及QTL定位初探[D]. 宋炜.河北农业大学 2005
本文编号：3581527
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/dzwbhlw/3581527.html
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