薇甘菊萎蔫病毒侵染薇甘菊叶片不同时间的转录组分析

发布时间：2023-03-11 03:19

　　薇甘菊(Mikania micrantha H.B.K)是入侵我国华南地区的主要外来有害植物之一。目前,控制薇甘菊生物入侵的方法主要有人工清除、化学防治和生物防治。但这些方法成本高且使用范围小、将其真正应用到实践中仍需做大量深入的研究工作;随着近年来新一代高通量测序技术的发展,利用转录组测序技术研究不同条件或不同细胞类型样品中基因表达情况正成为重要的实验手段。本研究以外来入侵杂草薇甘菊为研究对象,通过摩擦接种薇甘菊萎蔫病毒(Mikania micrantha wilt virus,MMWV)侵染薇甘菊叶片不同时间的转录组测序分析,阐明薇甘菊对MMWV侵染的分子响应机制,揭示与MMWV致病相关的功能基因,为更深入地了解、利用和控制MMWV奠定基础,同时为利用MMWV研发防控薇甘菊入侵的新方法提供重要的理论依据。本研究主要研究结果如下:1.MMWV侵染薇甘菊不同时间测序文库构建及高通量测序和组装本研究将MMWV侵染薇甘菊分别15天、30天、正常对照(不侵染)处理后,以Illumina Hi Seq 2000为测序平台进行转录组测序分析,最终得到的C lean Reads约有1.39×108...

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

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摘要
abstract
1 前言
    1.1 薇甘菊研究进展
        1.1.1 薇甘菊的特性
        1.1.2 薇甘菊的分布、扩散、危害
        1.1.3 薇甘菊防治现状
    1.2 薇甘菊萎蔫病毒概述
    1.3 生物入侵的转录组学研究
        1.3.1 转录组学简介
        1.3.2 第二代测序技术在入侵生物转录组学的应用
    1.4 本研究的目的、内容及意义
2 薇甘菊萎蔫病毒侵染薇甘菊不同时间测序文库构建及高通量测序和组装
    2.1 实验材料
        2.1.1 材料采集和病毒毒源
        2.1.2 病毒接种
    2.2 实验方法
        2.2.1 薇甘菊个体总RNA的提取及检测
        2.2.2 文库构建和上机测序
        2.2.3 原始数据整理、过滤及质量评估
            2.2.3.1 下机数据统计
            2.2.3.2.原始数据的过滤及质量评估
        2.2.4 组装
        2.2.5 Unigene功能注释
        2.2.6 Unigene功能聚类分析
    2.3 结果与分析
        2.3.1 表型鉴定
        2.3.2 薇甘菊RNA质量检测
        2.3.3 薇甘菊原始数据整理、过滤及质量评估
        2.3.4 组装与评估
        2.3.5 编码蛋白框的预测
        2.3.6 薇甘菊unigene功能分类
    2.4 小结
3 薇甘菊感染薇甘菊萎蔫病毒不同时间段后基因差异表达特征分析
    3.1 实验材料
    3.2 实验方法
        3.2.1 薇甘菊Unigene的表达量及表达差异分析
        3.2.2 薇甘菊差异表达Unigene的富集分析
        3.2.3 实时定量荧光PCR分析
    3.3 结果与分析
        3.3.1 薇甘菊Unigene序列表达丰度分析
        3.3.2 薇甘菊感染MMWV不同时间段差异表达基因筛选
        3.3.3 薇甘菊差异表达基因聚类分析
        3.3.4 实时荧光定量PCR结果分析
    3.4 小结
4 结论
5 展望
致谢
参考文献
附录



本文编号：3759095