捕食线虫真菌Drechslerella brochopaga形成收缩环的转录组分析

发布时间：2023-04-02 21:29

　　本文利用RNA-seq技术对环捕德氏霉Drechslerella brochopaga受线虫提取物诱导三个关键时间点的RNA序列进行测序分析并计算差异基因,对差异基因进行聚类分析。D.brochopaga差异基因得到显著性上调表达功能模块。该模块包含了细胞分裂,细胞伸长、细胞壁合成、转录因子相关基因、枯草杆菌蛋白酶基因,这些基因共同上调表达,可能在捕食器官生成中发挥重要作用。通过对差异基因进行GO注释、KEGG注释、富集分析以及比对各大功能数据库(KOG、COG、PHI、CaZyme、Merops)推测,捕食器官形成过程与细胞过程、遗传信息过程、氧化还原过程、催化活性有关。受到线虫提取物诱导后,转录因子调控细胞分裂、细胞伸长、细胞壁合成相关基因例如含WSC结构域基因及含SUR7结构域基因、MAPK部分通路基因例如ste20、转运子MFS、ABC相关基因差异表达,控制收缩环形成过程,同时几丁质酶(db0206152)、丝氨酸蛋白酶(db0207758,db02002051,b0201690,db0207140,db0202319)、机械敏感性离子通道相关基因(MscS-likeprote...

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

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摘要
abstract
第一章 前言
    1.1 植物寄生线虫的农业危害
    1.2 防治植物寄生线虫
        1.2.1 化学防治
        1.2.2 生物防治
    1.3 食线虫真菌
        1.3.1 食线虫真菌
        1.3.2 捕食线虫真菌
    1.4 捕食线虫真菌的捕食器官
        1.4.1 捕食器官概述
        1.4.2 收缩环
        1.4.3 收缩环的超微结构
    1.5 RNA-seq技术
第二章 实验材料与方法
    2.1 实验部分
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 实验方法
    2.2 数据分析部分
        2.2.1 序列质控
        2.2.2 序列比对
        2.2.3 计算基因表达量
        2.2.4 基因差异表达分析
        2.2.5 功能注释
        2.2.6 富集分析
        2.2.7 与各数据库进行序列比对
        2.2.8 同源聚类分析
第三章 实验结果
    3.1 诱导形成捕食器官
        3.1.1 诱导D.brochopaga形成捕食器官
        3.1.2 Dactylella tenuis不产生任何捕食器官
    3.2 序列质控
    3.3 序列比对
    3.4 计算基因表达量
    3.5 基因差异表达分析
        3.5.1 计算差异表达基因
        3.5.2 连续变化的差异基因
        3.5.3 倍性变化(FoldChange)的top10基因分析
        3.5.4 差异基因聚类
    3.6 GO注释
        3.6.1 差异基因GO注释分析
        3.6.2 GO富集分析
    3.7 KEGG注释
        3.7.1 KEGG注释
        3.7.2 KEGG酶释
        3.7.3 KEGG富集分析
    3.8 COG/KOG比对
    3.9 D.brochopaga差异基因病源性分析
    3.10 D.brochopaga碳水化合物活性酶类差异表达功能分析
    3.11 D.brochopaga肽酶类差异表达功能分析
第四章 讨论
    4.1 收缩环的功能可能与机械感应有关
    4.2 收缩环的功能可能与NoxA基因有关
    4.3 收缩环识别线虫可能不依赖于表面凝集素
    4.4 收缩环的功能可能与细胞壁生成和酪氨酸代谢有关
    4.5 收缩环功能与酶有关
第五章 结论
附录
    附图
    附表
参考文献
攻读博士/硕士学位期间完成的科研成果
致谢



本文编号：3779993