芸薹根肿菌全基因组测序及生物信息学分析

发布时间：2023-04-17 01:32

　　十字花科根肿病是由芸薹根肿菌引起的一种土传病害,对十字花科作物造成了严重的经济损失。芸薹根肿菌是一种专性寄生于寄主内的活体寄生菌,它属于原生动物界亚组有孔虫界。为了全面了解根肿菌的基因组特点,本研究对来自辽宁新民(LNXM-1)菌株进行PacBio三代测序,结合生物信息学分析法,对根肿菌基因组进行分析,使人们更深入的了解根肿菌,为控制根肿病提供准确的理论依据,主要取得结果如下:使用Williams生理小种鉴别体系对来自辽宁新民的菌株(LNXM-1)进行生理小种鉴定,发现菌株LNXM-1为4号生理小种。使用3种方法对辽宁新民(LNXM-1)根肿菌进行DNA提取,发现CTAB法提取的DNA易发生降解,试剂盒法提取的DNA不降解,但浓度达不到第三代测序的标准,最后使用尿素法对根肿菌提取DNA,并进行第三代全基因组测序,经过组装后的根肿菌基因组大小为25.25Mb,有28个scaffolds,GC含量比例为59.38%,共预测出13,036个编码基因。在整个根肿菌基因组中,共有234个重复序列,占整个基因组序列的0.08%,短散在重复序列共有68个,长散在重复序列共有129个,DNA elem...

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
前言
1 芸薹根肿菌及基因组测序研究进展
    1.1 芸薹根肿菌研究进展
        1.1.1 根肿菌的生物学特性
        1.1.2 芸薹根肿菌生理小种鉴定
        1.1.3 根肿菌基因组学研究进展
    1.2 测序技术在基因组学方面的应用
    1.3 微生物基因组学研究进展
    1.4 目的与意义
2 材料与方法
    2.1 材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 芸薹根肿菌
    2.2 芸薹根肿菌的扩繁及生理小种鉴定
        2.2.1 芸薹根肿菌的扩繁
        2.2.2 菌株LNXM-1 生理小种鉴定
    2.3 芸薹根肿菌孢子的提取
        2.3.1 根肿菌的处理方法
        2.3.2 根肿菌休眠孢子的提取
    2.4 芸薹根肿菌DNA的提取
        2.4.1 改良CTAB法提取DNA
        2.4.2 试剂盒法提取DNA
        2.4.3 尿素法提取DNA
        2.4.4 根肿菌DNA的检测
    2.5 芸薹根肿菌DNA三代测序
3 结果与分析
    3.1 根肿菌的扩繁及生理小种鉴定
    3.2 根肿菌DNA的检测
        3.2.1 改良CTAB法提取的DNA检测
        3.2.2 试剂盒法提取的DNA检测
        3.2.3 尿素法DNA检测
    3.3 三代测序结果统计
    3.4 基因组组分分析
        3.4.1 编码基因预测
        3.4.2 重复序列预测
        3.4.3 非编码RNA预测
        3.4.4 CRISPRs预测
    3.5 基因功能注释
        3.5.1 COG注释
        3.5.2 KEGG注释
        3.5.3 GO注释
        3.5.4 碳水化合物相关酶(CAZy)数据库注释
        3.5.5 分泌蛋白
        3.5.6 病原与宿主互作数据库(PHI)注释
4 讨论
5 结论
参考文献
致谢
攻读研究生期间发表论文



本文编号：3792293