低温诱导稻曲病菌菌核形成的转录组学分析

发布时间：2023-11-25 04:11

　　【目的】近40年来,稻曲病在世界各主要水稻栽培区均表现出发生规模不断扩大、严重程度不断增加的趋势,并逐渐发展成为水稻主要病害之一。前期对低温诱导初期的稻曲球进行切片,发现稻曲球内含有大量隐含菌核。本研究通过转录组高通量测序鉴定低温诱导稻曲病菌(Villosiclava virens)菌核形成的潜在调控基因,阐释菌核形成的分子机制,为揭示稻曲病发生规律及有效防治打下基础。【方法】利用高通量测序技术,对低温诱导处理的稻曲球进行转录组测序(对照组:TL911₁、TL911₂、TL911₃;低温处理组:FH1016₁、FH1016₂、FH1016₃)。以稻曲病菌基因组(UV-8b)作为参考基因组进行序列比对,利用FPKM法计算基因表达量,设定参数(|log2 fold change|≥1且q-value≤0.05)筛选差异表达基因。结合基因差异表达分析、基因家族分析和富集分析(Gene Ontology/KEGG Pathway),鉴定稻曲病菌菌核形成关键基因,并...

【文章页数】：13 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 建库测序
        1.2.2 转录组数据分析
        1.2.3 差异表达基因的q RT-PCR验证
2 结果
    2.1 测序数据质量分析
    2.2 GO富集分析
    2.3 KEGG代谢途径分析
    2.4 差异表达的基因家族分析
    2.5 与低温诱导菌核形成相关的差异表达基因
        2.5.1 氧化应激反应相关基因分析
        2.5.2 信号转导相关基因分析
        2.5.3 跨膜运输相关基因分析
        2.5.4 细胞形态相关基因分析
        2.5.5 生物合成基因相关分析
        2.5.6 生殖相关基因分析
    2.6 q RT-PCR验证基因表达
3 讨论
4 结论



本文编号：3867249