野生东北虎、豹肠道寄生虫及肠道微生物区系特征比较的研究

发布时间：2023-11-25 05:11

　　野生东北虎(Panthera tigris altaica)、东北豹(Panthera pardus orientalis)是我国珍贵濒危保护动物,寄生虫病是危害野生动物健康的常见疾病。本研究首先利用显微镜观察法对寄生虫虫卵的形态进行初步观察与鉴定,其次采用传统PCR方法扩增猫弓首蛔虫、狮弓蛔虫的ITS-1、5.8S部分基因序列及猫类圆线虫的18S部分基因序列,并进行系统进化树构建与分析。本研究同时利用宏基因组测序技术对野生东北虎、东北豹及圈养东北虎在不同寄生虫感染强度下的肠道微生物进行测定,进而比较区系特征。本试验结果表明,野生东北虎感染8种寄生虫,东北豹感染7种寄生虫。分子进化树的结果表明在猫科动物中,野生东北虎源猫弓首蛔虫与家猫源猫弓首蛔虫亲缘关系较远。狮弓蛔虫,本试验扩增出的序列与已知其他虎源的序列聚为一枝,说明虎源狮弓蛔虫间的亲缘关系较近。猫类圆线虫的进化树表明野生东北虎源的猫类圆线虫与貉源猫类圆线虫亲缘关系最近。此外,野生东北虎粪便中寄生虫感染份数及感染率最大的是猫弓首蛔虫(51/68,75%),其次是鞭虫(16/68,23.5%);野生东北豹粪便中感染份数最大的寄生虫是猫...

【文章页数】：58 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
1 绪论
    1.1 引言
    1.2 寄生虫病的简介
        1.2.1 线虫的特点
        1.2.2 绦虫的特点
        1.2.3 吸虫的特点
        1.2.4 原虫的特点
    1.3 肠道微生物与寄生虫相互关系的简介
        1.3.1 分子测序技术的发展
        1.3.2 肠道微生物与寄生虫关系的研究
    1.4 研究目的与意义
2 野生东北虎、东北豹粪便寄生虫的研究
    2.1 试验材料
        2.1.1 试验试剂
        2.1.2 主要仪器
        2.1.3 试验样品
    2.2 寄生虫形态学及分子鉴定试验方法
        2.2.1 虫卵的形态学观察
        2.2.2 虫卵核酸的提取
        2.2.3 PCR反应及条件
        2.2.4 胶回收
        2.2.5 感受态细胞的制备
        2.2.6 18S、ITS-1和5.8S基因与pMD-18T载体的连接
        2.2.7 连接产物的转化
    2.3 试验结果
        2.3.1 野生东北虎、东北豹肠道寄生虫虫卵种类统计与形态学观察
        2.3.2 野生东北虎粪便中寄生虫PCR反应结果
        2.3.3 野生东北虎粪便中寄生虫的测序结果
        2.3.4 基于部分18S、ITS-1及5.8S序列的同源性比较及进化分析
        2.3.5 野生东北虎、东北豹肠道寄生虫虫卵的平均感染强度及感染率
        2.3.6 讨论
3 野生东北虎、豹肠道寄生虫与肠道微生物区系特征研究
    3.1 试验材料
    3.2 肠道微生物样品的预处理
        3.2.1 核酸的提取
        3.2.2 PCR扩增
        3.2.3 DNA纯化回收
        3.2.4 定量混合
    3.3 数据的统计和分析方法
        3.3.1 测序数据预处理
        3.3.2 数据优化统计
        3.3.3 去除嵌合体及靶区域外序列
        3.3.4 操作分类单元(OTU)分类
        3.3.5 赋予物种分类单元
        3.3.6 主成分分析PCA
        3.3.7 非度量多维尺度分析NMDS
        3.3.8 Uni Frac分析
        3.3.9 基于Uni Frac的heatmap图
        3.3.10 相似性分析 (Anosim)
    3.4 试验结果
        3.4.1 测序基本数据分析
        3.4.2 OTU丰度等基本信息分析
        3.4.3 Alpha多样性分析
        3.4.4 细菌组成分析
            3.4.4.1 细菌门（Phylum）的组成与丰富度
            3.4.4.2 细菌门分类下纲（Class）的组成及丰富度
            3.4.4.3 细菌门分类下目（Order）的组成及丰富度
            3.4.4.4 细菌门分类下科（Family）的组成及丰富度
            3.4.4.5 细菌门分类下属（Genus）的组成及丰富度
        3.4.5 Beta多样性分析
            3.4.5.1 主成分分析（PCA）
            3.4.5.2 非度量多维尺度分析（NMDS）
            3.4.5.3 基于UniFrac分析样品距离矩阵及距离热图
        3.4.6 讨论
结论
参考文献
攻读学位期间发表的学术论文
致谢



本文编号：3867338