大豆胞囊线虫病抗性相关AP2/EREBP转录因子生物信息学分析

发布时间：2024-01-31 04:52

　　AP2/EREBP转录因子家族在植物应对逆境胁迫时发挥重要作用,为进一步了解大豆胞囊线虫病3号生理小种抗性相关AP2/EREBP家族转录因子生物学功能,研究利用"东农L-10"转录组测序结果,筛选得到14个与抗性相关AP2/EREBP转录因子序列,并对其开展在线生物信息学预测和分析。结果表明,14个转录因子多数为酸性等电点,均属于亲水性蛋白;通过与拟南芥AP2/EREBP转录因子作多序列比对和系谱进化树分析可知,AP2/EREBP转录因子根据其保守结构域特点分为AP2、ERF和DREB等3个亚族,且可分为B3、B5、A2和A5亚类。亚细胞定位预测结果显示AP2/EREBP转录因子发挥重要作用的位置依次为细胞核、线粒体、叶绿体;蛋白质二级结构中氨基酸序列以无规则卷曲为主要组成,α-螺旋次之,β-折叠和β-转角则散布于蛋白质序列中,同一亚族蛋白质三级结构之间无明显差异,而不同亚族之间差异显著,表明大豆胞囊线虫病相关AP2/EREBP转录因子在遗传进化过程中高度保守,其结构和功能可能具有相似性。

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【部分图文】：

图3AP2/EREBP转录因子家族蛋白质二级结构预测

2.6.2蛋白质三级结构预测在3个亚家族中选取代表性序列，利用SWISS-MODEL预测蛋白质三级结构，AP2、ERF和DREB分别以AP2-3、ERF-1和DREB-1为代表，与拟南芥蛋白质三级结构预测模型比对，AP2亚族有两个相同AP2结构域，而ERF和DREB亚族含1个A....

图4AP2/EREBP转录因子家族蛋白质三级结构预测

在3个亚家族中选取代表性序列，利用SWISS-MODEL预测蛋白质三级结构，AP2、ERF和DREB分别以AP2-3、ERF-1和DREB-1为代表，与拟南芥蛋白质三级结构预测模型比对，AP2亚族有两个相同AP2结构域，而ERF和DREB亚族含1个AP2结构域。结果表明，大豆胞囊....

图1大豆胞囊线虫与拟南芥AP2/EREBP转录因子保守结构域比对

通过在线软件MEGA5.05和GeneDoc对大豆胞囊线虫14个AP2/EREBP转录因子和拟南芥结构域作序列比对。结果表明，两者存在差异，但以YRG元件、RAYD元件、WLG基序为核心的保守结构域保守性高（见图1）。序列ERF-2和DREB-1含有FIG元件，序列ERF-8和....

图2大豆胞囊线虫与拟南芥AP2/EREBP转录因子系统发生树

2.6蛋白质结构预测2.6.1蛋白质二级结构预测

本文编号：3890998