基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件

发布时间：2024-03-04 00:23

　　采用Illumina Hiseq^TM分别对黏虫取食的玉米叶片及对照组材料进行转录组测序,鉴定和分析响应黏虫取食基因的可变剪接事件。结果表明,对照组中鉴定出15 701个基因对应79 363个可变剪接事件,黏虫取食组中鉴定到11 791个基因的39 385个可变剪接事件。2组玉米基因组在不同的可变剪接类型中,均是以第1个外显子可变剪切、最后1个外显子可变剪切、单内含子滞留和可变5′或3′端剪切4种类型为主。对2组发生可变剪接事件的基因进行比对发现,黏虫处理组新增加了1 121个可变剪接基因,差异表达分析鉴定出177个表达显著差异的可变剪接基因。GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于氧化还原酶活性、转移酶活性、DNA结合、ATP结合、代谢过程、以DNA为模板的转录及调控相关的功能,表明这些可变剪接差异表达基因参与了玉米的抗虫响应过程。

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【部分图文】：

图1可变剪接事件的分类

使用HISAT2将质控后的测序序列与参考基因组进行比对,再运用Cufflinks软件[24-25]预测基因模型,使用ASprofile分析[26],并根据每个样本预测出来的基因模型,对可变剪切事件进行分类。ASprofile分析存在12种可变剪接事件类型(图1),即单外显子跳....

图2RNA凝胶电泳

在不同的可变剪接事件类型中,M0以TSS,TTS,IR,AE4种类型为主,数量分别为21148,18805,10252,8283,占所有可变剪接事件的26.65%,23.69%,12.92%,10.44%,其他的8种类型占比为1.2%～5.7%。在经黏虫取食后,M12....

图3M0与M12中各类型可变剪接事件所占比例

表1M0与M12基因组中鉴定的可变剪接事件Table1AlternativesplicingeventsidentifiedinM0andM12个组别AEIRMIRMSKIPSKIPTSSTTSXAEXIRXMIRXMSKIPXSKI....

图4M0和M12共有和特有发生可变剪接基因数量

2.4可变剪接基因GO注释及功能富集分析图5差异基因的聚类热图

本文编号：3918591