基于SSR序列的江西省不同生态地区稻瘟病菌遗传多样性分析

发布时间：2024-05-31 05:15

　　为明确江西省稻瘟病菌Magnaporthe oryzae群体遗传结构及其多样性水平,选用13对SSR引物对分离自5个不同生态地理县(市)水稻穗颈瘟标样的稻瘟病菌单孢菌株的全基因组进行PCR扩增,利用最长距离法和POPGENE 32生物学软件对其进行聚类分析和群体遗传多样性分析。结果显示,共分离获得189株稻瘟病菌菌株,13对SSR引物对其均能扩增出1条大小相同且清晰的条带,多态性位点百分率高达100.00%。供试189株稻瘟病菌菌株在相似系数为0.74时可划分为15个遗传宗谱,其中宗谱JXL01包含71株菌株,占总菌株数的37.57%,为优势宗谱;宗谱JXL02、JXL14为亚优势宗谱,分别包含31、26株菌株,占总菌株数的16.40%和13.76%;宗谱JXL03、JXL08、JXL10为次要宗谱,包含10～17株菌株;其它9个宗谱为小宗谱,包含菌株都在5株以下。在群体水平上,来源于不同生态型地区的5个稻瘟病菌群体的Nei’s基因多样性指数为0.375,Shannon信息指数为0.558,具有丰富的遗传多样性,且群体间差异较大;这5个种群基于非加权配对平均法大多聚为一类,种群遗传谱系...

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【部分图文】：

图1引物KMS02、G5、FG02、FG03、A5、KMS20、D4、D5对部分稻瘟病菌菌株DNA的扩增结果

选用13对SSR引物对分离获得的189株稻瘟病菌菌株基因组DNA进行PCR扩增，每对引物均只能扩增出1个大小为250～350bp且清晰的特异性条带（图1）。13对SSR引物在供试189株稻瘟病菌菌株中的扩增效率存在差异。引物G5的扩增效率最高，为92.59%，引物FG02扩增的....

图2应用最长距离法构建不同SSR引物对稻瘟病菌扩增结果的聚类图

聚类分析结果显示，在相似系数为0.74时可将189株稻瘟病菌划分为15个遗传宗谱（图2）。其中宗谱JXL01包含71株菌株，占总菌株数的37.57%，为优势宗谱；宗谱JXL02、JXL14为亚优势宗谱，分别包含31株和26株菌株，占总菌株数的16.40%和13.76%；宗谱JXL....

图3江西省5个稻瘟病菌种群间的UPGMA聚类图

供试5个稻瘟病菌种群间的遗传距离为0.033～0.214，存在较大的差异（表6）。根据遗传距离构建5个稻瘟病菌种群的UPGMA系统树，在遗传距离为0.10时，5个不同生态型稻区的稻瘟病菌种群可以划分成2个类群，其中丰城种群、万安种群和井冈山种群构成一个类群，都昌种群与婺源种群构成....

本文编号：3985170