甘薯羽状斑驳病毒O株系和RC株系中国分离物全基因组序列分析及其遗传特征

发布时间：2024-07-06 01:42

　　【目的】对甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)O株系中国分离物(SPFMV-O-Ch1)和RC株系中国分离物(SPFMV-RC-Ch1)的基因组全序列进行克隆,明确SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的基因组结构特征及其遗传变异情况,为研究甘薯羽状斑驳病毒的致病机制打下基础。【方法】根据GenBank中登录的SPFMV基因组全序列设计2对简并引物和3对特异性引物,利用RT-PCR方法,从感染SPFMV的甘薯叶片中扩增SPFMV O株系和RC株系中国分离物的基因组全长序列,将目的片段分别克隆到pMD19-T载体上,经序列测定、分析和拼接,获得SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1的全序列,利用DNAMAN和MEGA7对SPFMV基因组全序列及不同编码区序列进行遗传变异和系统进化树分析,利用RDP软件分析SPFMV基因组重组情况。【结果】经序列测定和拼接,结果表明SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1基因组分别包含10 922和10 851 nt,均包含一个开放阅读框,分别由10 557和10 ...

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

图1O-Ch1和RC-Ch1分离物基因组不同片段RT-PCR产物

重组质粒经PCR鉴定为阳性，对阳性克隆进行序列测定，通过RACE试验获得了两个分离物的5′和3′末端序列，确保引物及重叠区域碱基无变异，拼接后获得了SPFMV-O和SPFMV-RC株系中国分离物的全基因组序列，分别命名为SPFMV-O-Ch1(GenBank登录号为KY29645....

图2SPFMV分离物多聚蛋白和P1蛋白核苷酸序列遗传进化分析

基于SPFMV多聚蛋白基因核苷酸序列构建的系统进化树分析表明，O-Ch1分离物与来自乌干达的O株系Ruk73分离物形成一个小分支，亲缘关系最近，与其他属于O株系的分离物在一个大分支上，而与来自秘鲁的EA株系Piu3分离物亲缘关系也较近。RC-Ch1分离物与来自韩国RC株系的IS9....

图3SPFMV分离物CI蛋白和CP蛋白核苷酸序列遗传进化分析

比较保守的CI蛋白核苷酸序列进化树分析结果显示，O-Ch1分离物与来自东帝汶的O株系TM66B分离物亲缘关系最近，RC-Ch1分离物与IS90分离物亲缘关系最近。对CP蛋白核苷酸序列构建进化树，结果与P1蛋白系统进化树相似，O-Ch1与O-Arg、10-O、Ordinary及17....

本文编号：4001868