小果油茶与普通油茶系统发育关系及果实大小分化的转录组分析
发布时间：2021-07-20 23:11
油茶是我国重点发展的木本油料作物。茶油被誉为“东方橄榄油”,是一种健康优质的食用植物油。大力发展油茶产业是我国油料作物产业发展战略之一,有助于满足不断增长的健康优质植物油需求。普通油茶（Camellia oleifera）是我国分布最广、产量最高的油茶物种,果实大、籽数多但果皮厚、出籽率低。小果油茶（C.meioc）arpa栽培面积、产量仅次于普通油茶,果小、籽数少而果皮薄、出籽率高。整合两者的优势,选育果大、皮薄、出籽率高的油茶,可以显著提高油茶产量。但小果油茶及普通油茶的系统发育关系存在争议,其果实大小等性状分化的分子机制尚不清楚,对其遗传资源挖掘与利用造成限制。本研究采用高通量测序技术对山茶属油茶组（包括普通油茶和小果油茶）、短柱茶组和红山茶组19个物种的叶绿体基因组进行了测序分析,组装了叶绿体全基因组。通过比较叶绿体基因组,分析了物种间的序列变异,特别是小果油茶与普通油茶间的差异。基于叶绿体基因组数据,构建了系统发育树,分析了小果油茶与普通油茶间的系统发育关系。此外,对小果油茶与普通油茶果实生长发育过程进行了观测。对果实生长发育关键阶段的果皮和种子样本进行了转录组测序,分析了不...
【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．２油茶及其近缘种叶绿体基因组密码子偏好性??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．２?Ｃｏｄｏｎ?ｐａｔｔｅｒｎ?ｕｓａｇｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ｃ．?ｏｌｅｉｆｅｒａ?ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｇｅｎｏｍｅｓ??２０??
ｉｄｅ?ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ．?Ｐｉ）以反映近缘种的叶绿体基因组不同??区域核苷酸多态性。结果发现油茶及其近缘种叶绿体基因组间的核苷酸多样性??指数相对较低均小于０．０１，且多态性较高的几个位点如／ｗＷＣ－／ｒｎＧ、??ｒｒｎＦ－Ｗ及；；ｐ／３２－／ｒｎＬ均为叶绿体基因组的非编码区，说明油茶及其近缘种的??叶绿体全基因组序列高度保守，差异位点多位于叶绿体基因组的非编码区；最??大多态性指数对应的区间位于的非编码序列区，多态性较高的４个基??因间隔区及尺／７基因可能是潜在的分子标记位点（图２．３）。??Ｊ?ｐｓｂＫ￣／ｎｉ（．ｊ??．．．Ｊ??ｐｃｆ＾－ｐｓｈＭ??ｙｃ．Ｐ??ｔｒｎＹ－ｍｉｈ］??ｋｒｐ／＾２－／ｒｎＬ?｜??ｉＪＬｉｉｙ＾ＪｊＷＬＬ??图２．３叶绿体基因组核苷酸多样性??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．３?Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ?ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ?ｏｆ?ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｇｅｎｏｍｅｓ??２．２．３油茶及其近缘种叶绿体基因组的重复序列分析??（１）重复序列??重复序列在叶绿体基因组的结构重组、重排及基因组扩张等事件中起着重??要的作用。根据重复序列的特征能将其分为两类，即串联重复序列与散在重复??序列。??本研究利用在线生物分析网站ＣＰＧＡＶＡＳ２中ＴＲＦ软件对重复单元大于３０??ｂｐ的重复序列进行分析。结果表明油茶及其近缘种的叶绿体基因组中串联重复??序列数量介于１８至２４个之间，主要的片段长度为１１－２０?ｂｐ?（６１．７％）；大部分的??串联重复序列位于基因组的非编码区；在编码基因中，中含有数量最多的重??２１??
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本文编号：3293793
【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．２油茶及其近缘种叶绿体基因组密码子偏好性??Ｆｉｇｕｒｅ．?２．２?Ｃｏｄｏｎ?ｐａｔｔｅｒｎ?ｕｓａｇｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ｃ．?ｏｌｅｉｆｅｒａ?ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ?ｇｅｎｏｍｅｓ??２０??
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