基于cpDNA与AFLP标记的越南槐群体遗传结构研究
发布时间：2021-09-23 07:22
越南槐（Sophora tonkinensis Gapnep）别名广豆根、苦豆根、山豆根、柔枝槐,是豆科多年生灌木植物,主要药效成分是生物碱,具有很高的经济价值,广西是越南槐的主要产区,目前越南槐的研究主要集中在药材鉴别和药理作用方面,对广西、贵州、云南等地越南槐种质资源遗传多样性缺乏系统性研究,导致对越南槐保育策略的选择存在盲目性。本研究以越南槐的叶片为材料,利用cpDNA（叶绿体基因组）分子标记及扩增片段长度多态性（AFLP）技术,对不同产地的越南槐进行遗传多样性分析,以期为越南槐亲缘关系研究提供分子生物学依据,为越南槐遗传保育奠定基础。主要研究结果如下:1、利用3种略有不同的DNA提取方法分别提取越南槐样品DNA，对比获得的DNA样品质量,结果表明利用样品预处理法提取的越南槐基因组DNA效果最好。2、筛选了 5对引物用于48份材料进行不同cpDNA标记的扩增。48份材料中扩增出cpDNA序列,变异位点为38个碱基,转换率14.01%,碱基颠换率21.02%，说明48份材料之间变异较大。通过对单倍型间分化指数Hd=0.826±0.040可将整个序列分为18个单倍型,从单倍型网络图中...
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－１琼脂糖凝胶的电泳检测??Ｆｉｇ．?３－１?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ＡＧＥ?（ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）??
ＯＤ２６０／２８０在正常范围，ＯＤ２６０／２３０接近２．０，浓度在１００－３００ｎｇ／ｍＬ，三者相比样品预??处理法提取效果最佳。??用１°／。的琼脂糖凝胶上样ｌｍＬ检测，部分样本跑胶检测如图３－１所示，检测结果表??明：酚－氯仿－异戊醇提取法提取的ＤＮＡ难以分辨主带，原因可能为提取过程中酚－氯仿－??异戊醇（２５：２４：１?）未将蛋白质除尽，以及后续核算中含有残留的酚类物质过多；高ＰＶＰ??和Ｐ－巯基乙醇提取法结果显示能提取条带单一的基因组ＤＮＡ，提取越南槐ＤＮＡ产量较??高，但仍存在多糖；样品预处理法提取的ＤＮＡ电泳结果显示条带清晰，单一，亮度高，??提取效果最好。??Ｍ?１?２?３?４?５?６?７?Ｓ?＾???图３－１琼脂糖凝胶的电泳检测??Ｆｉｇ．?３－１?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ＡＧＥ?（ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）??注：Ｍ：?ＤＬ１００００ＤＮＡ?Ｍａｒｋｅｒ；?１－３号泳道为酚－氯仿－异戊醇提取法获得的越南槐ＤＮＡ；?４－６号??泳道为高ＰＶＰ和Ｐ－巯基乙醇提取法获得的ＤＮＡ：?７－９号泳道为样品预处理法获得的ＤＮＡ。??Ｍ：?ＤＬ１００００?ＤＮＡ?Ｍａｒｋｅｒ；?ｌ－３１ａｎｅ：?ＤＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｂｙ?ｐｈｅｎｏｌ－ｃｈｌｏｒｏｆｏｒｍ－ｉｓｏａｍｙｌａｌｃｏｈｏｌ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ??ｍｅｔｈｏｄ；?４－６?ｌａｎｅ：?ＤＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｂｙ?ｈｉｇｈ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ＰＶＰ?ａｎｄ?ｐ－ＭＥ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ?ｍｅｔｈｏｄ；?７－９１ａｎｅ
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【参考文献】：
期刊论文
[1]柿属植物cpDNA分子标记开发及遗传变异研究[J]. 傅建敏,索玉静,张嘉嘉,谭晓风. 中南林业科技大学学报. 2017(06)
[2]黑藻cpDNA分子标记的筛选及其遗传多样性的初步研究[J]. 付春霖,戴小康,李小燕,刘星. 植物科学学报. 2017(01)
[3]基于烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记的烟属植物遗传多样性分析[J]. 曾建敏,陈学军,吴兴富,焦芳婵,肖炳光,李永平,童治军. 中国烟草学报. 2016(04)
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[6]9个野生中国樱桃群体叶绿体DNA trnQ-rps16序列变异及其遗传结构分析[J]. 陈涛,王小蓉,罗华,王春涛,张家志,罗明敏. 遗传. 2012(11)
[7]梨属叶绿体非编码区trnL-trnF和accD-psaI特征及其在系统发育研究中的应用价值[J]. 胡春云,郑小艳,滕元文. 园艺学报. 2011(12)
[8]山豆根及其常见混淆品的鉴别[J]. 张云方. 海峡药学. 2011(12)
[9]遗传标记的类型、作用与水稻遗传标记的研究现状[J]. 陶红剑,林璐,苏岩,黄大年. 中国稻米. 2011(05)
[10]广西广豆根药材基源植物资源调查研究[J]. 周雅琴,谭小明,吴庆华,凌征柱,余丽莹. 广西科学. 2010(03)
博士论文
[1]中国北方野生杜梨的遗传多样性和谱系地理研究[D]. 宗宇.浙江大学 2014
[2]中国豆梨与川梨的遗传多样性和群体遗传结构研究[D]. 刘晶.浙江大学 2013
硕士论文
[1]基于SSR标记及ITS、cpDNA序列的刺梨遗传多样性分析[D]. 张怀山.贵州大学 2017
[2]基于ITS和cpDNA分子标记的江西建兰野生居群遗传结构研究[D]. 李亚.南昌大学 2013
[3]基于ITS和cpDNA江西蕙兰野生居群遗传结构研究[D]. 龚黄莎.南昌大学 2013
[4]鹿蹄草遗传多样性的AFLP与SRAP分析[D]. 王威威.东北农业大学 2013
[5]基于cpDNA单倍型的银杏群体遗传与谱系分析[D]. 曾真.浙江大学 2008
[6]湖北海棠SRAP体系建立及其遗传多样性研究[D]. 郭大勇.华中农业大学 2007
[7]柿属植物DNA提取纯化检测技术体系的建立[D]. 易庆平.华中农业大学 2006
本文编号：3405287
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－１琼脂糖凝胶的电泳检测??Ｆｉｇ．?３－１?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ＡＧＥ?（ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）??
ＯＤ２６０／２８０在正常范围，ＯＤ２６０／２３０接近２．０，浓度在１００－３００ｎｇ／ｍＬ，三者相比样品预??处理法提取效果最佳。??用１°／。的琼脂糖凝胶上样ｌｍＬ检测，部分样本跑胶检测如图３－１所示，检测结果表??明：酚－氯仿－异戊醇提取法提取的ＤＮＡ难以分辨主带，原因可能为提取过程中酚－氯仿－??异戊醇（２５：２４：１?）未将蛋白质除尽，以及后续核算中含有残留的酚类物质过多；高ＰＶＰ??和Ｐ－巯基乙醇提取法结果显示能提取条带单一的基因组ＤＮＡ，提取越南槐ＤＮＡ产量较??高，但仍存在多糖；样品预处理法提取的ＤＮＡ电泳结果显示条带清晰，单一，亮度高，??提取效果最好。??Ｍ?１?２?３?４?５?６?７?Ｓ?＾???图３－１琼脂糖凝胶的电泳检测??Ｆｉｇ．?３－１?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ＡＧＥ?（ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）??注：Ｍ：?ＤＬ１００００ＤＮＡ?Ｍａｒｋｅｒ；?１－３号泳道为酚－氯仿－异戊醇提取法获得的越南槐ＤＮＡ；?４－６号??泳道为高ＰＶＰ和Ｐ－巯基乙醇提取法获得的ＤＮＡ：?７－９号泳道为样品预处理法获得的ＤＮＡ。??Ｍ：?ＤＬ１００００?ＤＮＡ?Ｍａｒｋｅｒ；?ｌ－３１ａｎｅ：?ＤＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｂｙ?ｐｈｅｎｏｌ－ｃｈｌｏｒｏｆｏｒｍ－ｉｓｏａｍｙｌａｌｃｏｈｏｌ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ??ｍｅｔｈｏｄ；?４－６?ｌａｎｅ：?ＤＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｂｙ?ｈｉｇｈ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ＰＶＰ?ａｎｄ?ｐ－ＭＥ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ?ｍｅｔｈｏｄ；?７－９１ａｎｅ
ＯＤ２６０／２８０在正常范围，ＯＤ２６０／２３０接近２．０，浓度在１００－３００ｎｇ／ｍＬ，三者相比样品预??处理法提取效果最佳。??用１°／。的琼脂糖凝胶上样ｌｍＬ检测，部分样本跑胶检测如图３－１所示，检测结果表??明：酚－氯仿－异戊醇提取法提取的ＤＮＡ难以分辨主带，原因可能为提取过程中酚－氯仿－??异戊醇（２５：２４：１?）未将蛋白质除尽，以及后续核算中含有残留的酚类物质过多；高ＰＶＰ??和Ｐ－巯基乙醇提取法结果显示能提取条带单一的基因组ＤＮＡ，提取越南槐ＤＮＡ产量较??高，但仍存在多糖；样品预处理法提取的ＤＮＡ电泳结果显示条带清晰，单一，亮度高，??提取效果最好。??Ｍ?１?２?３?４?５?６?７?Ｓ?＾???图３－１琼脂糖凝胶的电泳检测??Ｆｉｇ．?３－１?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔ?ｏｆ?ＡＧＥ?（ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）??注：Ｍ：?ＤＬ１００００ＤＮＡ?Ｍａｒｋｅｒ；?１－３号泳道为酚－氯仿－异戊醇提取法获得的越南槐ＤＮＡ；?４－６号??泳道为高ＰＶＰ和Ｐ－巯基乙醇提取法获得的ＤＮＡ：?７－９号泳道为样品预处理法获得的ＤＮＡ。??Ｍ：?ＤＬ１００００?ＤＮＡ?Ｍａｒｋｅｒ；?ｌ－３１ａｎｅ：?ＤＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｂｙ?ｐｈｅｎｏｌ－ｃｈｌｏｒｏｆｏｒｍ－ｉｓｏａｍｙｌａｌｃｏｈｏｌ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ??ｍｅｔｈｏｄ；?４－６?ｌａｎｅ：?ＤＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｂｙ?ｈｉｇｈ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?ＰＶＰ?ａｎｄ?ｐ－ＭＥ?ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ?ｍｅｔｈｏｄ；?７－９１ａｎｅ
【参考文献】：
期刊论文
[1]柿属植物cpDNA分子标记开发及遗传变异研究[J]. 傅建敏,索玉静,张嘉嘉,谭晓风. 中南林业科技大学学报. 2017(06)
[2]黑藻cpDNA分子标记的筛选及其遗传多样性的初步研究[J]. 付春霖,戴小康,李小燕,刘星. 植物科学学报. 2017(01)
[3]基于烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记的烟属植物遗传多样性分析[J]. 曾建敏,陈学军,吴兴富,焦芳婵,肖炳光,李永平,童治军. 中国烟草学报. 2016(04)
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[5]芒属植物叶绿体InDel标记的开发与应用[J]. 薛宏,易自力,肖亮,丁力,彭思佳,蒋建雄. 现代农业科技. 2015(07)
[6]9个野生中国樱桃群体叶绿体DNA trnQ-rps16序列变异及其遗传结构分析[J]. 陈涛,王小蓉,罗华,王春涛,张家志,罗明敏. 遗传. 2012(11)
[7]梨属叶绿体非编码区trnL-trnF和accD-psaI特征及其在系统发育研究中的应用价值[J]. 胡春云,郑小艳,滕元文. 园艺学报. 2011(12)
[8]山豆根及其常见混淆品的鉴别[J]. 张云方. 海峡药学. 2011(12)
[9]遗传标记的类型、作用与水稻遗传标记的研究现状[J]. 陶红剑,林璐,苏岩,黄大年. 中国稻米. 2011(05)
[10]广西广豆根药材基源植物资源调查研究[J]. 周雅琴,谭小明,吴庆华,凌征柱,余丽莹. 广西科学. 2010(03)
博士论文
[1]中国北方野生杜梨的遗传多样性和谱系地理研究[D]. 宗宇.浙江大学 2014
[2]中国豆梨与川梨的遗传多样性和群体遗传结构研究[D]. 刘晶.浙江大学 2013
硕士论文
[1]基于SSR标记及ITS、cpDNA序列的刺梨遗传多样性分析[D]. 张怀山.贵州大学 2017
[2]基于ITS和cpDNA分子标记的江西建兰野生居群遗传结构研究[D]. 李亚.南昌大学 2013
[3]基于ITS和cpDNA江西蕙兰野生居群遗传结构研究[D]. 龚黄莎.南昌大学 2013
[4]鹿蹄草遗传多样性的AFLP与SRAP分析[D]. 王威威.东北农业大学 2013
[5]基于cpDNA单倍型的银杏群体遗传与谱系分析[D]. 曾真.浙江大学 2008
[6]湖北海棠SRAP体系建立及其遗传多样性研究[D]. 郭大勇.华中农业大学 2007
[7]柿属植物DNA提取纯化检测技术体系的建立[D]. 易庆平.华中农业大学 2006
本文编号：3405287
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