泡桐属植物的系统发育研究
发布时间：2022-02-26 05:40
泡桐（Paulownia Sieb.et Zucc）为玄参科唯一落叶乔木,其自然分布区和栽培区覆盖我国各个地区,是一种重要的优质速生树材经济林木。由于泡桐多为异花授粉,均可通过种间杂交并产生可育后代,而且可以通过无性繁殖,形成和保留过渡类型,经过漫长的种间杂交和反复回交与自然选择,各个种的基因与基因组合,渗入杂交,使得泡桐属在植物学分类上属于困难属。传统意义上的形态学利用表型的重点差异结构将泡桐属归入玄参科或紫葳科,而随后发展的花粉形态学在对花粉形态的比对中发现显著差异而将泡桐属归入玄参科中,但人们对泡桐属及其近缘属之间的进化关系及其种间进化关系尚未进行相关报道。本实验通过对叶绿体基因组psb E-pet L、trn D-trn T两条序列及其联合序列数据集处理,旨在通过对泡桐属植物种内及与其相近科属的系统发育学分析,阐明属内进化关系及系统学地位,为泡桐属归科问题提供依据,同时也为更有效的收集种质资源和选育良种提供参考依据。主要实验结果如下:（1）提取植物基因组DNA并检测DNA的浓度与质量。通过对改良CTAB法和尿素法的比对和综合考虑,最终选择能提取出质量较好,适合基因组扩增需求的改...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：47 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
1 文献综述
1.1 分子系统学
1.1.1 分子系统学的形成
1.1.2 分子系统学的研究进展
1.1.2.1 分子系统发生学
1.1.2.2 系统基因组学
1.1.2.3 群体遗传学
1.1.2.4 系统地理学
1.1.2.5 DNA条形码
1.1.2.6 DNA分类学
1.2 分子系统学的研究方法
1.2.1 分类群的正确选择
1.2.2 目的基因的选择
1.2.3 基因序列数据的对比
1.2.4 基因树的构建方法
1.3 叶绿体基因组
1.3.1 叶绿体基因组的结构与功能
1.3.2 叶绿体基因组在植物系统发育研究中的应用及优势
1.4 泡桐属简介
1.4.1 泡桐属资源及特征
1.4.2 泡桐属种类
2 引言
3 材料与方法
3.1 材料与试剂
3.1.1 实验材料
3.1.2 实验所用试剂
3.1.2.1 提取植物基因组DNA所用试剂
3.1.2.2 反应体系所用试剂及所需仪器
3.2 试验方法
3.2.1 植物基因组DNA的提取
3.2.2 模板DNA质量检测及浓度检测
3.2.2.1 DNA的质量检测
3.2.2.2 DNA的浓度检测
3.2.3 cpDNA分子发育系统PCR体系的建立及优化
3.2.4 PCR体系和扩增引物的筛选
3.2.4.1 PCR体系和反应程序
3.2.4.2 PCR反应体系优化及引物筛选
3.3 数据处理与分析
3.3.1 序列编辑与比对
3.3.2 数据特征分析
4 结果与分析
4.1 植物总DNA的检测结果
4.2 PCR反应体系的优化
4.2.1 PCR反应体系单因子试验
4.2.1.1 不同DNA模板浓度对PCR体系的影响
4.2.1.2 不同引物浓度对PCR体系的影响
4.2.1.3 不同退火温度对PCR体系的影响
4.2.2 PR引物的筛选
4.3 PCR扩增和序列的测定
4.4 测序结果和分析
4.4.1 序列分析
4.4.2 序列特点
4.4.2.1 petL-psbE序列
4.4.2.2 trnD-trnT序列
4.4.2.3 petL-psbE和trnD-trnT结合序列
4.4.3 系统发育结果分析
4.4.3.1 基于petL-psbE序列数据集构建的最大简约树（MP）
4.4.3.2 基于trnD-trnT序列数据集构建的最大简约树（MP）
4.4.3.3 基于petL-psbE和trnD-trnT联合数据集构建的最大简约树（MP）
5 结论与讨论
5.1 改良CTAB法及尿素法提取基因组总DNA
5.2 优化建立PCR最佳反应体系
5.3 泡桐属植物及其近缘科植物的遗传距离
5.4 cpDNA序列信息揭示泡桐属植物系统进化关系
参考文献
英文摘要
【参考文献】：
期刊论文
[1]系统发育基因组学研究进展[J]. 王章群,解增言,蔡应繁,舒坤贤,黄飞飞. 遗传. 2014(07)
[2]泡桐ITS序列测定及特征分析[J]. 申响保,乔杰,李芳东,袁德义. 中南林业科技大学学报. 2013(10)
[3]生物DNA条形码:十年发展历程、研究尺度和功能[J]. 裴男才,陈步峰. 生物多样性. 2013(05)
[4]泡桐属植物ISSR-PCR反应体系的优化[J]. 卢妍妍,李海英,茹广欣,林彩丽,陈志涛,杨阳. 河南农业大学学报. 2013(03)
[5]生物资源的DNA条形码技术[J]. 陈士林,庞晓慧,罗焜,姚辉,韩建萍,宋经元. 生命科学. 2013(05)
[6]分子系统学研究进展[J]. 陈军,李琪,孔令锋. 生命科学. 2013(05)
[7]泡桐属植物亲缘关系的ISSR分析[J]. 莫文娟,傅建敏,乔杰,雷莉莉,李芳东,袁德义,邱乾栋. 林业科学. 2013(01)
[8]被子植物叶绿体基因组的结构变异研究进展[J]. 王玲,董文攀,周世良. 西北植物学报. 2012(06)
[9]利用DNA条形码技术识别植物物种[J]. 裴男才. 应用生态学报. 2012(05)
[10]正交设计优化柿属植物SSR-PCR反应体系[J]. 梁玉琴,李芳东,傅建敏,乌云塔娜,吴硕. 经济林研究. 2011(04)
博士论文
[1]中国广义蓼属植物及其近缘类群的分子系统学研究[D]. 闵运江.安徽大学 2013
[2]鹅掌楸属群体遗传结构及分子系统地理学研究[D]. 李康琴.南京林业大学 2013
[3]东亚特有濒危植物黄山梅的亲缘地理学与群体遗传学研究[D]. 孙逸.浙江大学 2012
[4]马褂木遗传多样性及系统地理学研究[D]. 惠利省.南京林业大学 2010
[5]杏属植物（Armeniaca Mill.）种质资源分子系统学研究[D]. 苑兆和.山东农业大学 2007
[6]罗汉松科、山茶科和红豆杉科植物内生拟盘多毛孢的多样性及拟盘多毛孢属分子系统学研究[D]. 韦继光.浙江大学 2004
硕士论文
[1]濒危植物太行菊属谱系地理学研究[D]. 韩夏.山西师范大学 2013
[2]中国野生秋子梨群体遗传学及形态变异研究[D]. 许靖诗.中南林业科技大学 2013
[3]基于Agt1序列及nSSR的黄精叶钩吻属亲缘地理学研究[D]. 方明.南昌大学 2012
[4]美丽桐属的分子系统学研究[D]. 刘国丽.华东师范大学 2011
本文编号：3644104
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：47 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
1 文献综述
1.1 分子系统学
1.1.1 分子系统学的形成
1.1.2 分子系统学的研究进展
1.1.2.1 分子系统发生学
1.1.2.2 系统基因组学
1.1.2.3 群体遗传学
1.1.2.4 系统地理学
1.1.2.5 DNA条形码
1.1.2.6 DNA分类学
1.2 分子系统学的研究方法
1.2.1 分类群的正确选择
1.2.2 目的基因的选择
1.2.3 基因序列数据的对比
1.2.4 基因树的构建方法
1.3 叶绿体基因组
1.3.1 叶绿体基因组的结构与功能
1.3.2 叶绿体基因组在植物系统发育研究中的应用及优势
1.4 泡桐属简介
1.4.1 泡桐属资源及特征
1.4.2 泡桐属种类
2 引言
3 材料与方法
3.1 材料与试剂
3.1.1 实验材料
3.1.2 实验所用试剂
3.1.2.1 提取植物基因组DNA所用试剂
3.1.2.2 反应体系所用试剂及所需仪器
3.2 试验方法
3.2.1 植物基因组DNA的提取
3.2.2 模板DNA质量检测及浓度检测
3.2.2.1 DNA的质量检测
3.2.2.2 DNA的浓度检测
3.2.3 cpDNA分子发育系统PCR体系的建立及优化
3.2.4 PCR体系和扩增引物的筛选
3.2.4.1 PCR体系和反应程序
3.2.4.2 PCR反应体系优化及引物筛选
3.3 数据处理与分析
3.3.1 序列编辑与比对
3.3.2 数据特征分析
4 结果与分析
4.1 植物总DNA的检测结果
4.2 PCR反应体系的优化
4.2.1 PCR反应体系单因子试验
4.2.1.1 不同DNA模板浓度对PCR体系的影响
4.2.1.2 不同引物浓度对PCR体系的影响
4.2.1.3 不同退火温度对PCR体系的影响
4.2.2 PR引物的筛选
4.3 PCR扩增和序列的测定
4.4 测序结果和分析
4.4.1 序列分析
4.4.2 序列特点
4.4.2.1 petL-psbE序列
4.4.2.2 trnD-trnT序列
4.4.2.3 petL-psbE和trnD-trnT结合序列
4.4.3 系统发育结果分析
4.4.3.1 基于petL-psbE序列数据集构建的最大简约树（MP）
4.4.3.2 基于trnD-trnT序列数据集构建的最大简约树（MP）
4.4.3.3 基于petL-psbE和trnD-trnT联合数据集构建的最大简约树（MP）
5 结论与讨论
5.1 改良CTAB法及尿素法提取基因组总DNA
5.2 优化建立PCR最佳反应体系
5.3 泡桐属植物及其近缘科植物的遗传距离
5.4 cpDNA序列信息揭示泡桐属植物系统进化关系
参考文献
英文摘要
【参考文献】：
期刊论文
[1]系统发育基因组学研究进展[J]. 王章群,解增言,蔡应繁,舒坤贤,黄飞飞. 遗传. 2014(07)
[2]泡桐ITS序列测定及特征分析[J]. 申响保,乔杰,李芳东,袁德义. 中南林业科技大学学报. 2013(10)
[3]生物DNA条形码:十年发展历程、研究尺度和功能[J]. 裴男才,陈步峰. 生物多样性. 2013(05)
[4]泡桐属植物ISSR-PCR反应体系的优化[J]. 卢妍妍,李海英,茹广欣,林彩丽,陈志涛,杨阳. 河南农业大学学报. 2013(03)
[5]生物资源的DNA条形码技术[J]. 陈士林,庞晓慧,罗焜,姚辉,韩建萍,宋经元. 生命科学. 2013(05)
[6]分子系统学研究进展[J]. 陈军,李琪,孔令锋. 生命科学. 2013(05)
[7]泡桐属植物亲缘关系的ISSR分析[J]. 莫文娟,傅建敏,乔杰,雷莉莉,李芳东,袁德义,邱乾栋. 林业科学. 2013(01)
[8]被子植物叶绿体基因组的结构变异研究进展[J]. 王玲,董文攀,周世良. 西北植物学报. 2012(06)
[9]利用DNA条形码技术识别植物物种[J]. 裴男才. 应用生态学报. 2012(05)
[10]正交设计优化柿属植物SSR-PCR反应体系[J]. 梁玉琴,李芳东,傅建敏,乌云塔娜,吴硕. 经济林研究. 2011(04)
博士论文
[1]中国广义蓼属植物及其近缘类群的分子系统学研究[D]. 闵运江.安徽大学 2013
[2]鹅掌楸属群体遗传结构及分子系统地理学研究[D]. 李康琴.南京林业大学 2013
[3]东亚特有濒危植物黄山梅的亲缘地理学与群体遗传学研究[D]. 孙逸.浙江大学 2012
[4]马褂木遗传多样性及系统地理学研究[D]. 惠利省.南京林业大学 2010
[5]杏属植物（Armeniaca Mill.）种质资源分子系统学研究[D]. 苑兆和.山东农业大学 2007
[6]罗汉松科、山茶科和红豆杉科植物内生拟盘多毛孢的多样性及拟盘多毛孢属分子系统学研究[D]. 韦继光.浙江大学 2004
硕士论文
[1]濒危植物太行菊属谱系地理学研究[D]. 韩夏.山西师范大学 2013
[2]中国野生秋子梨群体遗传学及形态变异研究[D]. 许靖诗.中南林业科技大学 2013
[3]基于Agt1序列及nSSR的黄精叶钩吻属亲缘地理学研究[D]. 方明.南昌大学 2012
[4]美丽桐属的分子系统学研究[D]. 刘国丽.华东师范大学 2011
本文编号：3644104
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