水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析
发布时间：2023-04-17 02:37
水松(Glyptostrobus pensilis(Staunt.)Koch)是我国一级保护植物,其分子遗传学研究滞后于其他针叶树种,目前尚未见SSR分子标记方面的研究和报道。本研究通过对水松转录组测序,开发EST-SSR标记位点。利用开发得到的多态性位点,对现存水松所有分布区(中国、越南和老挝)的代表群体进行遗传变异分析,检测其遗传多样性水平和遗传结构,了解其种群进化历史和分化信息。相关研究工作对于掌握水松的濒危机制,开展种群科学保护具有重要意义。(1)水松转录组序列组装后共获得106 901条Unigene,总长度93.240Mb,平均长度872.240bp。利用MISA软件挖掘EST-SSR位点,共筛选出12 279个SSR序列,分布在9 597个Unigene上,平均分布距离为1/7.590kb。水松转录组SSR以三、四核苷酸重复为主。(2)筛选motif大于或等于8的SSR序列,共设计170对引物(其中8对引物由英国爱丁堡皇家植物园提供),其中,130对扩增出清晰条带,扩增效率为76.47%。16个水松样本表明,27个位点具有多态性,多态性比率为20.76%。所选择23个位点...
【文章页数】：105 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
1 绪论
1.1 杉科的起源、演化与分布
1.2 水松概述
1.2.1 水松地理分布
1.2.2 水松的生物学特性
1.2.3 水松的濒危现状
1.3 水松的研究进展
1.3.1 生理生化研究
1.3.2 系统发育地位研究
1.3.3 地理分布研究
1.3.4 引种栽培研究
1.3.5 种群生态学研究
1.3.6 水松的遗传多样性研究
1.4 高通量测序技术的应用
1.4.1 高通量测序技术在全基因组测序中的应用
1.4.2 高通量测序技术在转录组中的应用
1.5 分子标记技术
1.5.1 SSR分子标记开发方法
1.5.2 SSR标记的检测方法
1.5.3 EST-SSR分子标记的应用
1.6 本研究的内容、目的与意义
1.6.1 水松研究存在的问题
1.6.2 研究目的与意义
1.6.3 研究内容
1.7 技术路线
2 基于转录组数据的水松EST-SSR标记开发及筛选
2.1 实验材料、试剂和设备
2.1.1 实验材料
2.1.2 实验试剂及配制
2.1.3 实验仪器
2.2 实验方法
2.2.1 转录组测序
2.2.2 水松转录组序列组装和SSR位点挖掘
2.2.3 EST-SSR引物设计
2.2.4 EST-SSR多态性位点检测
2.2.5 数据统计与分析
2.2.6 多态性位点的有效性评估
2.3 结果与分析
2.3.1 水松转录组序列拼接结果
2.3.2 SSR位点的数量与特征
2.3.3 多态性位点筛选结果
2.3.4 多态性位点的遗传参数
2.3.5 水松多态性位点的有效性验证
2.4 讨论
2.4.1 水松转录组序列
2.4.2 水松SSR位点特征
3 水松群体遗传变异分析
3.1 实验材料、试剂及设备
3.1.1 实验材料
3.1.2 主要试剂及仪器
3.2 实验方法
3.2.1 DNA提取
3.2.2 DNA检测
3.2.3 PCR扩增及基因分型
3.2.4 数据统计及分析
3.3 结果与分析
3.3.1 水松群体的Hardy-Weinberg平衡检验(HWE)
3.3.2 水松群体遗传多样性
3.3.4 水松群体遗传分化分析
3.3.5 水松群体遗传结构分析
3.3.6 Mantel检验
3.3.7 瓶颈效应
3.3.8 群体进化历史
3.4 讨论
3.4.1 水松群体遗传多样性水平
3.4.2 水松群体遗传结构
3.4.3 群体进化历史
4 水松群体保护策略
4.1 水松群体现状
4.2 水松濒危原因分析
4.2.1 种群个体数量稀少,更新困难
4.2.2 遗传多样性水平低,强烈遗传分化
4.3 水松的保护策略
4.3.1 加强残存种群的就地保护
4.3.2 适当的干扰促进种群自然更新
4.3.3 开展人工繁殖技术与种群回归自然研究
5 结论与创新点
5.1 结论
5.1.1 水松目前现状
5.1.2 EST-SSR位点开发
5.1.3 群体遗传变异分析
5.2 创新点
参考文献
附录A
附录B
附录C
附录D
附录E
附录F
致谢
本文编号：3792393
【文章页数】：105 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
1 绪论
1.1 杉科的起源、演化与分布
1.2 水松概述
1.2.1 水松地理分布
1.2.2 水松的生物学特性
1.2.3 水松的濒危现状
1.3 水松的研究进展
1.3.1 生理生化研究
1.3.2 系统发育地位研究
1.3.3 地理分布研究
1.3.4 引种栽培研究
1.3.5 种群生态学研究
1.3.6 水松的遗传多样性研究
1.4 高通量测序技术的应用
1.4.1 高通量测序技术在全基因组测序中的应用
1.4.2 高通量测序技术在转录组中的应用
1.5 分子标记技术
1.5.1 SSR分子标记开发方法
1.5.2 SSR标记的检测方法
1.5.3 EST-SSR分子标记的应用
1.6 本研究的内容、目的与意义
1.6.1 水松研究存在的问题
1.6.2 研究目的与意义
1.6.3 研究内容
1.7 技术路线
2 基于转录组数据的水松EST-SSR标记开发及筛选
2.1 实验材料、试剂和设备
2.1.1 实验材料
2.1.2 实验试剂及配制
2.1.3 实验仪器
2.2 实验方法
2.2.1 转录组测序
2.2.2 水松转录组序列组装和SSR位点挖掘
2.2.3 EST-SSR引物设计
2.2.4 EST-SSR多态性位点检测
2.2.5 数据统计与分析
2.2.6 多态性位点的有效性评估
2.3 结果与分析
2.3.1 水松转录组序列拼接结果
2.3.2 SSR位点的数量与特征
2.3.3 多态性位点筛选结果
2.3.4 多态性位点的遗传参数
2.3.5 水松多态性位点的有效性验证
2.4 讨论
2.4.1 水松转录组序列
2.4.2 水松SSR位点特征
3 水松群体遗传变异分析
3.1 实验材料、试剂及设备
3.1.1 实验材料
3.1.2 主要试剂及仪器
3.2 实验方法
3.2.1 DNA提取
3.2.2 DNA检测
3.2.3 PCR扩增及基因分型
3.2.4 数据统计及分析
3.3 结果与分析
3.3.1 水松群体的Hardy-Weinberg平衡检验(HWE)
3.3.2 水松群体遗传多样性
3.3.4 水松群体遗传分化分析
3.3.5 水松群体遗传结构分析
3.3.6 Mantel检验
3.3.7 瓶颈效应
3.3.8 群体进化历史
3.4 讨论
3.4.1 水松群体遗传多样性水平
3.4.2 水松群体遗传结构
3.4.3 群体进化历史
4 水松群体保护策略
4.1 水松群体现状
4.2 水松濒危原因分析
4.2.1 种群个体数量稀少,更新困难
4.2.2 遗传多样性水平低,强烈遗传分化
4.3 水松的保护策略
4.3.1 加强残存种群的就地保护
4.3.2 适当的干扰促进种群自然更新
4.3.3 开展人工繁殖技术与种群回归自然研究
5 结论与创新点
5.1 结论
5.1.1 水松目前现状
5.1.2 EST-SSR位点开发
5.1.3 群体遗传变异分析
5.2 创新点
参考文献
附录A
附录B
附录C
附录D
附录E
附录F
致谢
本文编号：3792393
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/lylw/3792393.html
