大麦HD-Zip基因家族密码子偏好性分析

发布时间：2024-07-02 22:00

　　同源异型域-亮氨酸拉链(homeodomain-leucine zipper,HD-Zip)蛋白在植物生长发育和适应性抗逆过程中发挥着至关重要的调控作用,而密码子偏好性分析是大麦HD-Zip转录因子家族分子进化及功能研究的重要补充。为探究大麦HD-Zip转录因子家族密码子偏好性特征,利用CUSP、CHIPS及CodonW等软件(程序)对32个大麦HD-Zip基因进行了分析。结果显示,大麦HD-Zip家族基因偏好以C或G结尾的密码子,使用频率最高的密码子是CUG,最优密码子为AUC和AGG。该家族基因GC3值分布较分散(0.48～0.98),有62.5%的基因ENC值小于35;GC12与GC3的相关性较强,大多数ENC值频数处于0.03～0.11的范围内,实际ENC值与预期ENC值相近,证明大麦HD-Zip家族基因密码子偏好性较弱,且在进化过程中主要受突变压力的影响。聚类分析表明,基于相对同义密码子使用度的HD-Zip基因聚类与物种进化关系没有必然相关性。对大麦HD-Zip家族代表基因 HD-Zip IV 5进行最适受体分析发现,大肠杆菌更适合作为其异源表达受体,遗传转化模式植物中水稻更...

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

图1大麦HD-Zip家族基因GC12与GC3、ENC与GC3的相关性

表3各参数相关性Table3CorrelationofparametersS项目ItemGC1GC2GC3ENCGC1—GC20.3022*—GC30.6745**0.2881*—ENC-0.6628**-0.2896*-....

图2不同物种HD-Zip基因聚类分析

在物种适应性进化过程中,密码子形成了一定的偏好使用模式且这种偏好性具有物种和基因差异。已有研究表明,密码子偏性现象以非随机的方式广泛存在于生物体中,这种现象反映了细胞在适应环境期间的进化事件[31]。密码子偏性分析是分子进化及基因功能研究的重要补充。本研究通过密码子偏性特征分析发....

图4.2不同物种HD-Zip基因聚类分析

青海大学硕士学位论文第4章大麦HD-Zip基因家族密码子偏好性分析38图4.2不同物种HD-Zip基因聚类分析Fig.4.2ClusteranalysisofHD-Zipgenesfromdifferentspecies2.4HvHD-ZipIV5最适受体系统分析密码子使用频率是....

本文编号：4000076