菲律宾蛤仔与壳色相关microRNA的发掘和初步验证
发布时间：2020-12-07 03:18
菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）的壳色和壳面花纹丰富,并且表现出复杂的多态性。研究表明,不同壳色蛤仔的生长和抗逆性状差异显著,并且壳色可以稳定的遗传给后代。因此,通过对壳色分子机制相关性的研究,阐明壳色形成机理,一方面能够为解释贝类壳色形成机制这一科学问题提供有利证据,另一方面也为蛤仔壳色定向选育提供重要理论依据。通过高通量测序方法构建了菲律宾蛤仔白蛤、橙蛤和斑马蛤壳色品系的microRNA数据库,获得14,488,888和24,471,865（白蛤）,18,993,694、14,545,366（橙蛤）和25,453,550、9,519,203（斑马蛤）三个样品的clean reads,通过与参考基因组和各个数据库进行比对后,分别获得特有序列1,614,570、1,849,627（白蛤）,2,208,239、1,125,993（橙蛤）,1,923,361、891,058（斑马蛤）。通过与Rfam库、GeneBank库、miRBase库、RepBase库和外显子、内含子进行比对和分类注释,得到数据库中已有的1058种microRNA。利用mireap软件预测了...
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 综述
1.1 贝类壳色的研究进展
1.1.1 贝壳色素的分类
1.1.2 壳色多态性
1.1.3 壳色和纹路的影响因素及其功能
1.1.4 壳色的遗传控制和生化途径
1.2 microRNA的研究进展
1.2.1 microRNA的研究概况
1.2.2 与体色相关的microRNA
1.2.3 miR-137 对黑色素的调控
1.3 贝类酚氧化酶的研究进展
1.3.1 酚氧化酶的研究进展
1.3.2 酚氧化酶与免疫能力的相关性
1.4 研究内容及目的意义
第二章 菲律宾蛤仔与壳色相关的microRNA的筛选与验证
2.1 实验材料
2.1.1 实验样本
2.1.2 实验试剂
2.1.3 实验仪器
2.2 实验方法
2.2.1 与壳色相关microRNA的筛选
2.2.2 与壳色相关microRNA的序列验证
2.3 实验结果
2.3.1 miRNAs序列长度分析
2.3.2 miRNA的差异表达分析
2.3.3 差异表达miRNA靶基因的KEGG pathway分析
2.3.4 差异表达miRNA靶基因GO功能注释
2.3.5 miRNA与靶基因的互作关系
2.3.6 保守rp-miRNAs的鉴定
2.3.7 新rp-miRNAs的鉴定
2.3.8 茎环qRT-PCR验证rp-miRNA
2.4 讨论
第三章 菲律宾蛤仔miRNA-137 对黑色素形成途径的影响研究
3.1 实验材料
3.1.1 实验样本
3.1.2 实验试剂
3.1.3 实验仪器
3.2 实验方法
3.2.1 人工合成miRNA激动剂拮抗剂及其各自对阴性照组
3.2.2 过表达处理蛤仔及样品的提取
3.2.3 总RNA提取
3.2.4 反转录
3.2.5 数据分析
3.3 实验结果
3.3.1 miRNA-137 激动剂的过表达和拮抗剂的抑制效果
3.4 讨论
第四章 MITF基因的克隆
4.1 实验材料
4.1.1 实验样本
4.1.2 实验试剂
4.1.3 实验仪器
4.2 实验方法
4.2.1 蛤仔总RNA提取
4.2.2 第一链cDNA合成
4.2.3 3 ’末端片段的扩增
4.2.4 凝胶回收
4.2.5 目的片段连接和转化
4.2.6 菌落PCR鉴定
4.2.7 数据分析
4.3 实验结果
4.3.1 RNAhybrid分析MITF基因3’端与miRNA的互作关系
4.4 讨论
第五章 LPS、PGN刺激下菲律宾蛤仔酚氧化酶活性研究
5.1 实验材料
5.1.1 实验样本
5.1.2 实验试剂
5.1.3 实验仪器
5.2 实验方法
5.2.1 蛤仔处理及取样
5.2.2 样品的裂解
5.2.3 酚氧化酶的测定
5.2.4 蛋白含量的测定
5.2.5 数据处理
5.3 实验结果
5.4 讨论
结论
参考文献
攻读学位期间发表的论文目录
致谢
本文编号：2902518
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 综述
1.1 贝类壳色的研究进展
1.1.1 贝壳色素的分类
1.1.2 壳色多态性
1.1.3 壳色和纹路的影响因素及其功能
1.1.4 壳色的遗传控制和生化途径
1.2 microRNA的研究进展
1.2.1 microRNA的研究概况
1.2.2 与体色相关的microRNA
1.2.3 miR-137 对黑色素的调控
1.3 贝类酚氧化酶的研究进展
1.3.1 酚氧化酶的研究进展
1.3.2 酚氧化酶与免疫能力的相关性
1.4 研究内容及目的意义
第二章 菲律宾蛤仔与壳色相关的microRNA的筛选与验证
2.1 实验材料
2.1.1 实验样本
2.1.2 实验试剂
2.1.3 实验仪器
2.2 实验方法
2.2.1 与壳色相关microRNA的筛选
2.2.2 与壳色相关microRNA的序列验证
2.3 实验结果
2.3.1 miRNAs序列长度分析
2.3.2 miRNA的差异表达分析
2.3.3 差异表达miRNA靶基因的KEGG pathway分析
2.3.4 差异表达miRNA靶基因GO功能注释
2.3.5 miRNA与靶基因的互作关系
2.3.6 保守rp-miRNAs的鉴定
2.3.7 新rp-miRNAs的鉴定
2.3.8 茎环qRT-PCR验证rp-miRNA
2.4 讨论
第三章 菲律宾蛤仔miRNA-137 对黑色素形成途径的影响研究
3.1 实验材料
3.1.1 实验样本
3.1.2 实验试剂
3.1.3 实验仪器
3.2 实验方法
3.2.1 人工合成miRNA激动剂拮抗剂及其各自对阴性照组
3.2.2 过表达处理蛤仔及样品的提取
3.2.3 总RNA提取
3.2.4 反转录
3.2.5 数据分析
3.3 实验结果
3.3.1 miRNA-137 激动剂的过表达和拮抗剂的抑制效果
3.4 讨论
第四章 MITF基因的克隆
4.1 实验材料
4.1.1 实验样本
4.1.2 实验试剂
4.1.3 实验仪器
4.2 实验方法
4.2.1 蛤仔总RNA提取
4.2.2 第一链cDNA合成
4.2.3 3 ’末端片段的扩增
4.2.4 凝胶回收
4.2.5 目的片段连接和转化
4.2.6 菌落PCR鉴定
4.2.7 数据分析
4.3 实验结果
4.3.1 RNAhybrid分析MITF基因3’端与miRNA的互作关系
4.4 讨论
第五章 LPS、PGN刺激下菲律宾蛤仔酚氧化酶活性研究
5.1 实验材料
5.1.1 实验样本
5.1.2 实验试剂
5.1.3 实验仪器
5.2 实验方法
5.2.1 蛤仔处理及取样
5.2.2 样品的裂解
5.2.3 酚氧化酶的测定
5.2.4 蛋白含量的测定
5.2.5 数据处理
5.3 实验结果
5.4 讨论
结论
参考文献
攻读学位期间发表的论文目录
致谢
本文编号：2902518
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