北方须鳅线粒体基因组序列测定及鳅科鱼类系统发育分析

发布时间：2024-06-14 21:06

　　线粒体是真核生物所不可或缺的双层膜结构的细胞器,动物线粒体DNA (mitochondrial DNA)具有进化速度快,严格母系遗传,不存在基因重组等特征,因此是基因功能研究和物种遗传进化研究的好材料。 北方须鳅(Barbatula toni)隶属于鲤形目、鳅科、条鳅亚科、须鳅属,本研究通过参考北方须鳅的近缘物种须鳅的线粒体基因组全序列,共计设计了26对引物,采用温度梯度PCR技术扩增出了北方须鳅线粒体基因组的全序列,然后运用相关软件对其进行分析研究,结合NCBI中已公布的鳅科鱼类的线粒体基因组信息,构建鳅科鱼类系统发育树,研究结论如下： 1.北方须鳅线粒体基因组全长16619bp,其中4721个碱基A,占28.4%,2978个碱基G,占17.9%,4399个碱基T,占26.5%,4521个碱基C,占27.2%,A+T含量为54.9%,明显大于G+C含量,其中D-loop区A+T的含量最高,达到67.3%。 2.北方须鳅线粒体基因组总共编码37个基因,即13个蛋白质编码基因(PCGs),2个rRNA基因,22个tRNA基因与1个控制区序列。其中Gln、 Pro、 Ala、 Cys、 A...

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摘要
Abstract
缩略语表
第一章 前言
    1.1 线粒体概述
        1.1.1 线粒体简介
        1.1.2 线粒体基因组的大小和组成
    1.2 线粒体基因组的特征
        1.2.1 线粒体基因组的结构特征
        1.2.2 线粒体基因组的遗传特征
        1.2.3 线粒体基因组的进化特征
    1.3 线粒体基因组的研究方法
        1.3.1 线粒体DNA的提取和扩增
        1.3.2 线粒体DNA的序列测定
        1.3.3 线粒体DNA的拼接和注释
    1.4 鱼类线粒体基因组研究进展
        1.4.1 线粒体DNA多态性在鱼类分子遗传学中的研究进展
        1.4.2 线粒体DNA在鱼类分子系统学上的研究进展
    1.5 研究的目的与意义
        1.5.1 鳅科简介及分类概况
        1.5.2 研究物种介绍
        1.5.3 本研究的目的与意义
第二章 材料和方法
    2.1 实验材料及用具
        2.1.1 生物样品的采集与鉴定
        2.1.2 实验仪器
        2.1.3 实验试剂
        2.1.4 生物信息学分析软件
    2.2 实验方法
        2.2.1 总DNA的提取
        2.2.2 总DNA的检测
        2.2.3 PCR的引物设计
        2.2.4 PCR的扩增和检测
        2.2.5 PCR产物测序
    2.3 数据处理和分析
        2.3.1 线粒体基因组序列的拼接和注释
        2.3.2 线粒体基因组分析
    2.4 鳅科鱼类的系统发育分析
        2.4.1 数据的收集
        2.4.2 系统进化树的建立
第三章 实验结果与讨论
    3.1 总DNA提取结果
    3.2 PCR扩增结果
    3.3 北方须鳅线粒体基因组全序列结果分析
        3.3.1 北方须鳅线粒体基因组结构
        3.3.2 北方须鳅核苷酸组成
        3.3.3 北方须鳅线粒体基因组蛋白质编码基因分析
        3.3.4 北方须鳅线粒体基因组tRNA基因和rRNA基因的结构分析
        3.3.5 北方须鳅线粒体基因组控制区(D-loop区)
    3.4 鳅科鱼类系统发育分析
        3.4.1 根据12SrRNA和16SrRNA基因的鳅科鱼类系统发育分析
第四章 讨论
    4.1 PCR实验条件优化
    4.2 北方须鳅线粒体基因组和其他鱼类线粒体基因组比较
    4.3 鳅科鱼类的系统发育
参考文献
附录
致谢



本文编号：3994421