温度胁迫下稀杯盔形珊瑚转录组测序及分析

发布时间：2021-03-09 00:57

　　全球气候变化导致的珊瑚白化和死亡现象,严重影响了海洋生态系统的平衡,已经成为世界最广泛关注的问题之一,如若情况继续恶化,将会给人类带来不可估量的损失和灾难。珊瑚礁生态系统在海洋生态系统中起着重要的作用,但到目前为止,人们对珊瑚白化的机制和机理知之尚少。为了更好的了解珊瑚在温度胁迫下表达调控规律和分子机制,本研究以广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区较为常见的盔形珊瑚属（GalaxeaOken）中的稀杯盔形珊瑚（Galaxea astreata）为研究对象,应用Illumina HiSeqTM2000高通量测序技术对不同温度胁迫下的稀杯盔形珊瑚进行转录组测序,并利用生物信息学知识对其进行相关的分析,结果如下:1稀杯盔形珊瑚在温度胁迫12h后发现,对照组即正常温度组的（27℃）珊瑚触手全部伸展且生活状况良好;高温组（35℃）和低温组（14℃）珊瑚的触手都已全部完全缩回,部分珊瑚出现很明显的变白现象,有些甚至已经死亡。2通过Illumina HiSeq TM2000测序,三个样本总共获得135,781,662条reads（短序列）,经过组装共获得94,002条基因。通过功能注释共得到42,240条... 

【文章来源】：广东海洋大学广东省

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 前言
    1.1 珊瑚及珊瑚礁
        1.1.1 珊瑚
        1.1.2 珊瑚礁
    1.2 珊瑚的研究进展
        1.2.1 珊瑚白化的研究
        1.2.2 珊瑚在功能基因方面的研究
        1.2.3 珊瑚转录组和基因组的研究
    1.3 转录组测序技术的研究进展
        1.3.1 转录组的含义
        1.3.2 转录组测序的发展
        1.3.3 转录组测序的应用
    1.4 本研究的目的及意义
2 材料、设备与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 样品采集及处理
        2.1.2 试剂
    2.2 仪器及设备
    2.3 实验方法
        2.3.1 温度胁迫
        2.3.2 珊瑚RNA的提取
        2.3.3 转录组测序及生物信息学分析
        2.3.4 基因克隆
        2.3.5 荧光定量验证
3 实验结果与分析
    3.1 珊瑚温度胁迫
    3.2 转录组测序结果与分析
        3.2.1 样品质检
        3.2.2 转录组测序结果分析
    3.3 基因克隆结果与分析
        3.3.0 RNA提取
        3.3.1 稀杯盔形珊瑚Hsp70基因克隆结果
        3.3.2 稀杯盔形珊瑚Hsp40基因克隆结果
    3.4 实时荧光定量结果与分析
4 讨论
    4.1 温度胁迫的研究
    4.2 转录组分析
        4.2.1 Unigene功能注释及分析
        4.2.2 Unigene富集分析
    4.3 基因克隆与分析
        4.3.1 基因比对与分析
        4.3.2 Hsp40与Hsp70基因分析
    4.4 荧光定量PCR分析与验证
5 结论
参考文献
致谢
作者简介
导师简介


【参考文献】：
期刊论文
[1]澄黄滨珊瑚ferritin基因部分cDNA序列的获得及分析[J]. 许昌有,黄晖,练健生,尤丰,袁涛,周国伟.  科学通报. 2013(17)
[2]四种环境因子对澄黄滨珊瑚和斯氏角孔珊瑚胁迫作用研究[J]. 刘丽,李泽鹏,申玉春,杨小东.  热带海洋学报. 2013(03)
[3]广东徐闻地区滨珊瑚遗传多样性和系统发生关系[J]. 刘丽,李文娟,刘楚吾.  海洋与湖沼. 2013(02)
[4]基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究[J]. 刘丽,李晓娜,陈育盛,刘楚吾.  海洋与湖沼. 2012(04)
[5]徐闻珊瑚礁保护区鱼类种类组成初步研究[J]. 杨国欢,侯秀琼,陈春亮,孙省利.  水产科学. 2008(10)
[6]徐闻珊瑚礁的现状与保护性开发[J]. 刘金祥.  湛江师范学院学报. 2006(03)
[7]珊瑚礁区的生物多样性及其生态功能[J]. 赵美霞,余克服,张乔民.  生态学报. 2006(01)
[8]人类活动对徐闻灯楼角珊瑚礁生态系统的影响[J]. 王丽荣,赵焕庭,宋朝景.  海洋开发与管理. 2006(01)
[9]温度、缺氧、氨氮和硝氮对3种珊瑚白化的影响[J]. 朱葆华,王广策,黄勃,曾呈奎.  科学通报. 2004(17)
[10]High-frequency climatic oscillations recorded in a Holocene coral reef at Leizhou Peninsula,South China Sea[J]. 余克服,沈承德,钟晋梁,宋朝景,赵焕庭,赵建新,刘东生,陈特固.  Science in China（Series D:Earth Sciences）. 2002(12)

硕士论文
[1]盔形珊瑚属HSP90、Ferritin、CuZnSOD基因的克隆与表达分析[D]. 徐秀菊.广东海洋大学 2015



本文编号：3071965