不同品系中华鳖线粒体基因组部分序列SNP分析和种质鉴别
发布时间:2023-02-20 20:05
本研究以浙江省主要养殖的四个品系中华鳖(太湖品系、台湾品系、黄河品系和日本品系)为研究对象,通过对线粒体DNA部分序列进行PCR扩增并对产物进行测序,对测序结果进行比对分析,计算不同品系的遗传多样性参数以及系统发生关系,并筛选各个品系的特异性SNP位点,通过对这些特异性位点进行分类,用不同的SNP分型方法进行分型,以期达到准确鉴别中华鳖种质的目的。具体结果如下: (1)中华鳖遗传多样性和进化关系分析 对不同品系中华鳖(每个品系各20只)的16S rRNA全长基因约1608bp左右的片段进行了测序比较分析,结果表明:遗传多样性由高到低依次为太湖品系(0.863)>台湾品系(0.484)>黄河品系(0.195)>日本品系(0.100);共发现18种单倍型,不同品系之间间均无共享单倍型,表明通过线粒体鉴别不同品系中华鳖具有可行性;MP进化树和遗传距离分析均显示日本品系和黄河品系的亲缘关系较近,台湾品系和太湖品系的亲缘关系较近,分别聚为一支,推测最初引进日本的中华鳖可能起源于黄河流域。 (2)不同品系中华鳖线粒体特异性SNP的筛选 通过对不同品系中华鳖(每个品系15个个体)线...
【文章页数】:58 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
论文摘要
Abstract of Thesis
引言
1 文献综述
1.1 中华鳖分类地位及基础生物学特征
1.1.1 中华鳖分类地位
1.1.2 中华鳖的生物学特性
1.2 中华鳖种质资源现状
1.2.1 中华鳖种群分布
1.2.2 野生资源现状
1.2.3 我国中华鳖主要养殖品系及特征
1.2.4 中华鳖养殖业的发展
1.3 主要的遗传标记技术以及在水生动物研究中的应用
1.3.1 形态学标记
1.3.2 细胞学标记
1.3.3 生化标记
1.3.4 分子标记
1.4 本研究背景、目的和意义
1.4.1 研究背景
1.4.2 研究目的及意义
2 中华鳖不同养殖品系遗传多样性分析
2.1 实验材料
2.2 实验方法
2.2.1 基因组 DNA 的提取
2.2.2 引物设计、PCR 扩增和测序
2.2.3 数据分析
2.3 结果
2.3.1 基因组 DNA 的提取和 PCR 扩增
2.3.2 DNA 序列分析
2.3.3 遗传多样性分析
2.3.4 单倍型遗传距离分析
2.3.5 系统进化分析
2.4 讨论
2.5 本章小结
3 不同品系中华鳖特异性 SNP 分析
3.1 实验材料
3.2 实验方法
3.2.1 PCR 扩增及 SNP 的初步筛选
3.2.2 SNP 位点分类
3.2.3 SNP 分型
3.2.4 种质鉴别和盲测
3.3 结果
3.3.1 SNP 的初步筛选
3.3.2 SNP 分型和种质鉴别
3.3.3 盲测验证
3.4 讨论
3.5 本章小结
4 结论
参考文献
在学研究成果
致谢
本文编号:3747230
【文章页数】:58 页
【学位级别】:硕士
【文章目录】:
论文摘要
Abstract of Thesis
引言
1 文献综述
1.1 中华鳖分类地位及基础生物学特征
1.1.1 中华鳖分类地位
1.1.2 中华鳖的生物学特性
1.2 中华鳖种质资源现状
1.2.1 中华鳖种群分布
1.2.2 野生资源现状
1.2.3 我国中华鳖主要养殖品系及特征
1.2.4 中华鳖养殖业的发展
1.3 主要的遗传标记技术以及在水生动物研究中的应用
1.3.1 形态学标记
1.3.2 细胞学标记
1.3.3 生化标记
1.3.4 分子标记
1.4 本研究背景、目的和意义
1.4.1 研究背景
1.4.2 研究目的及意义
2 中华鳖不同养殖品系遗传多样性分析
2.1 实验材料
2.2 实验方法
2.2.1 基因组 DNA 的提取
2.2.2 引物设计、PCR 扩增和测序
2.2.3 数据分析
2.3 结果
2.3.1 基因组 DNA 的提取和 PCR 扩增
2.3.2 DNA 序列分析
2.3.3 遗传多样性分析
2.3.4 单倍型遗传距离分析
2.3.5 系统进化分析
2.4 讨论
2.5 本章小结
3 不同品系中华鳖特异性 SNP 分析
3.1 实验材料
3.2 实验方法
3.2.1 PCR 扩增及 SNP 的初步筛选
3.2.2 SNP 位点分类
3.2.3 SNP 分型
3.2.4 种质鉴别和盲测
3.3 结果
3.3.1 SNP 的初步筛选
3.3.2 SNP 分型和种质鉴别
3.3.3 盲测验证
3.4 讨论
3.5 本章小结
4 结论
参考文献
在学研究成果
致谢
本文编号:3747230
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