基于转录组学的半滑舌鳎抗哈维氏弧菌相关基因的筛选及表达分析

发布时间：2023-02-25 22:21

　　哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)弧菌病的主要病原之一,严重影响了半滑舌鳎工厂化养殖的发展。本论文利用高通量测序技术,对抗病家系和易感家系半滑舌鳎以及哈维氏弧菌胁迫后的抗病家系和易感家系半滑舌鳎进行转录组测序,旨在获得与抗哈维氏弧菌免疫应答过程的免疫基因,为了解半滑舌鳎哈维氏弧菌胁迫下免疫应答的生物学过程提供理论基础,筛选出与抗病性状相关的基因和分子标记,为抗病品系半滑舌鳎的选育提供可靠的资源。(1)使用Illumina HiSeq测序技术对4组半滑舌鳎的12个样品进行测序,获得高质量的双端150 bp测序数据。在12个RNA-seq文库中共获得合计10.95亿条clean reads,使用TopHat2与半滑舌鳎参考基因组比对,71.32%的reads成功比对到基因组上,共注释了23,088个基因,平均长度为2,485 bp。使用Cufflinks和ASprofiling,共获得57,521个可变剪切事件,其中注释的差异可变剪切24个,位于12个基因,并预测了805个新转录本。对转录组数据进一步挖掘,共获得495,...

【文章页数】：115 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 引言
    1.1 转录组学
    1.2 测序技术发展概况
        1.2.1 Roche 454 焦磷酸测序平台
        1.2.2 Illumina测序平台
        1.2.3 ABI的 SOLiD测序平台
    1.3 高通量测序在转录组学中的应用
        1.3.1 编码蛋白质基因注释
        1.3.2 基因表达谱
        1.3.3 分子标记的开发
        1.3.4 非编码RNA的检测
        1.3.5 转录本重排
        1.3.6 单细胞测序
    1.4 高通量测序在鱼类研究中的应用
    1.5 鱼类免疫相关基因的研究进展
        1.5.1 鱼类抗病免疫基因
        1.5.2 半滑舌鳎抗病免疫相关基因
    1.6 本研究的目的和意义
    1.7 技术路线及设计思路
第二章 半滑舌鳎转录组的初步分析
    2.1 引言
    2.2 材料与方法
        2.2.1 实验用鱼
        2.2.2哈维氏弧菌感染实验
        2.2.3 样品的采集与保存
        2.2.4 RNA提取和质量检测
        2.2.5 文库构建
        2.2.6 测序数据质量评估和过滤
        2.2.7 序列的比对分析
        2.2.8 新转录本预测和可变剪切分析
        2.2.9 SNP和 InDel分析
        2.2.10 基因表达水平分析
        2.2.11 RNA-Seq整理质量检测
    2.3 结果与分析
        2.3.1 RNA提取
        2.3.2 原始数据质量评估与初步分析
        2.3.3 参考序列比对分析
        2.3.4 可变剪切分析和新基因的预测
        2.3.5 SNP和 InDel分析
        2.3.6 基因表达水平分析
    2.4 讨论
第三章 半滑舌鳎转录组比较分析
    3.1 引言
    3.2 材料与方法
        3.2.1 实验数据
        3.2.2 样本相关性分析
        3.2.3 差异表达基因的分析
        3.2.4 差异基因GO富集分析
        3.2.5 差异基因KEGG富集分析
        3.2.6 差异表达基因的qPCR验证
    3.3 结果与分析
        3.3.1 RNA-seq相关性检测
        3.3.2 不同实验组基因表达水平对比
        3.3.3 差异表达分析
        3.3.4 差异表达基因的GO富集分析
        3.3.5 差异表达基因的KEGG富集分析
        3.3.6 Real-time qPCR验证差异表达基因
    3.4 讨论
第四章 转录组中长非编码RNA的识别和分析
    4.1 引言
    4.2 材料与方法
        4.2.1 数据来源
        4.2.2 LncRNA的识别
        4.2.3 差异表达lncRNA的分析
        4.2.4 Real-time qPCR验证
    4.3 结果与分析
        4.3.1 半滑舌鳎lncRNA识别
        4.3.2 lncRNA差异表达分析
        4.3.3 差异表达lncRNA的验证
    4.4 讨论
第五章 IL-6Rα和 GP130 基因的克隆与表达分析
    5.1 引言
    5.2 材料和方法
        5.2.1 实验材料
        5.2.2 主要试剂
        5.2.3 引物
        5.2.4 实验方法
    5.3 结果与分析
        5.3.1 il-6rα和 gp130 基因全长的克隆
        5.3.2 半滑舌鳎IL-6Rα和 GP130 系统发育学分析
        5.3.3 il-6rα和 gp130 基因组织表达分布
        5.3.4 哈维氏弧菌感染后il-6rα和 gp130 基因的表达变化
        5.3.5 il-6rα和 gp130 基因在抗病家系和易感家系中的表达差异
    5.4 讨论
第六章 结论、创新点与展望
参考文献
科研成果
致谢



本文编号：3749304