马氏珠母贝外套膜和珍珠囊的转录组测序及矿化基因的表达研究

发布时间：2023-03-28 11:05

　　马氏珠母贝是培育海水珍珠的重要双壳贝类,也是探索生物矿化机理的十分理想的生物。本研究采用454焦磷酸测序技术对外套膜和珍珠囊这两个马氏珠母贝参与生物矿化的组织进行了转录组测序,筛选生物矿化相关基因；并以构建的8个家系为材料,比较分析了4个生物矿化基因的表达水平及其与马氏珠母贝表型性状之间的相关性；结果显示： 1.外套膜贮备细胞小片部位的转录组测序共获得了220824个高质量read,共组装了23732个unique transcripts,筛选鉴定出146个unique transcripts与49个生物矿化相关基因具有序列相似性,包括磷酸结合酶蛋白、无定型的CaCO3结合蛋白Ⅰ型、钙调蛋白、类钙调蛋白、碳脱水酶、多甘氨酸贝壳基质蛋白、多赖氨酸基质蛋白、外套膜基因和蛋白质,Nacrein, Pearlin, Pif, Regucalcin, Shematrin;同时从转录组中查找到10285个单核苷酸多态性(SNP)位点和7836个插入缺失位点(Indel)。 2.珍珠囊的转录组测序共获取了186158个高质量read,组装得到了21729个unique transcripts,从中筛...

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
目录
第一章 文献综述
    1 自然界生物矿化的研究进展
        1.1 贝壳的生物矿化
        1.2 鱼耳石生物生物矿化
        1.3 骨的生物矿化
        1.4 牙齿的生物矿化
        1.5 病理结石的生物矿化
    2 实时定量PCR技术的应用
        2.1 病原菌检测
        2.2 病毒检测
        2.3 检测基因突变及临床应用
        2.4 基因表达检测和流行病学中的应用
    3. 本研究的目的与意义
第二章 马氏珠母贝外套膜的转录组测序与分析
    1 材料与方法
        1.1. 实验材料
            1.1.1 样品来源
            1.1.2 主要实验试剂及配制方法
            1.1.3 主要实验仪器
        1.2 实验方法
            1.2.1 RNA的提取和cDNA文库的准备
            1.2.2 焦磷酸测序
            1.2.3 序列加工和组装
            1.2.4 序列注释
            1.2.5 生物矿化相关的转录的鉴别
            1.2.6 鉴别SNPs、缺失多态性、SSR标记
    2 结果
        2.1 454焦磷酸测序生成表达序列数据
        2.2 测序数据的组装
        2.3 基因注释
        2.4 高水平表达基因
        2.5 生物矿化相关的转录
        2.6 分子标记
    3 讨论
第三章 马氏珠母贝珍珠囊转录组测序及分析
    1 实验材料
        1.1 样品来源
        1.2 主要实验试剂及配制方法
        1.3 主要实验仪器
    2 实验方法
        2.1 RNA提取和焦磷酸测序
        2.2 序列装配和注释
        2.3 鉴别潜在的分子标记序列
        2.4 生物矿化相关转录的鉴定
    3 结果
        3.1 序列组装
        3.2 基因注释
        3.3 高表达水平基因
        3.4 生物矿化相关转录及其表达特性分析
        3.5 分子标记
    4 讨论
第四章 不同家系马氏珠母贝中矿化基因的表达比较
    1 材料与方法
        1.1 材料
            1.1.1 样品来源
            1.1.2 实验仪器设备
            1.1.3 试剂与耗材
        1.2. 实验方法
            1.2.1 RNA提取
            1.2.2 RNA浓度和质量检测
            1.2.3 纯化mRNA与cDNA合成
            1.2.4 实时荧光定量PCR
            1.2.5 熔解曲线分析
            1.2.6 数据分析
    2. 结果
        2.1 四个矿化基因表达水平与家系、发育时期和外套膜不同部位的相关性
        2.2 矿化基因在家系间表达水平的差异性
        2.3 矿化基因在马氏珠母贝外套膜不同部位表达水平的差异性
        2.4 不同取材时期矿化基因在马氏珠母贝外套膜中的表达水平差异性
        2.5 四个矿化基因间表达水平的相关性
        2.6 四个矿化基因表达水平与家系表型性状之间的相关性
    3 讨论
参考文献
在校期间科研成果
资助项目
致谢



本文编号：3772849