两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析及GLT1基因的克隆与表达

发布时间：2023-04-24 23:08

　　皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)是我国重要的海水养殖经济贝类,主要分布于山东、辽宁、福建等地,因其肉质鲜美,营养丰富,深受消费者喜爱。然而,近年来由于人工苗种的累代养殖、近亲繁殖和养殖海区环境的恶化等问题,皱纹盘鲍种质退化严重,有害基因彰显,养殖群体遗传多样性不断下降,子代出现了生长慢、抗逆性差、死亡率高等问题,迫切需要开发养殖新品种。皱纹盘鲍雌性个体的卵色十分丰富,研究发现其卵色可能与生长、抗逆等经济性状相关,这为皱纹盘鲍的选育提供了新的思路。本文的研究内容主要包括以下两个部分:利用RNA-seq技术对皱纹盘鲍绿卵和灰卵个体的性腺组织进行转录组测序,通过GO和KEGG富集分析后,筛选与卵色形成相关的差异基因和代谢通路;对卵色相关基因GLT1进行c DNA末端的快速扩增实验,得到基因全长序列后进行相关分析,然后采用荧光定量PCR方法对GLT1基因在皱纹盘鲍不同月份不同组织中的表达模式进行分析。研究结果一方面为深入了解皱纹盘鲍卵色的遗传机制提供理论基础,另一方面能够挖掘卵色相关基因,为探究卵色相关基因的功能及调控机理提供基础数据。主要研究结果如下:1两种卵色皱纹盘...

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
引言
    1 皱纹盘鲍生物学概述
    2 国内外卵色研究进展
        2.1 家蚕卵色的研究
        2.2 水产动物卵色的研究
        2.3 其他物种卵色的研究
    3 转录组学技术研究进展
        3.1 转录组学技术简介
        3.2 转录组学技术在水产动物研究中的应用
        3.3 转录组学技术在皱纹盘鲍研究中的应用
    4 谷氨酸合酶概述
    5 本研究的主要目的及意义
第一章 两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
            1.2.1 皱纹盘鲍性腺组织RNA的提取
            1.2.2 转录组文库构建及测序
            1.2.3 RNA-seq数据分析
                1.2.3.1 测序数据质量评估
                1.2.3.2 转录本拼接
                1.2.3.3 基因功能注释
                1.2.3.4 基因表达水平分析
                1.2.3.5 差异基因分析
                1.2.3.6 筛选目的基因
            1.2.4 qRT-PCR验证分析
                1.2.4.1 cDNA的合成
                1.2.4.2 引物的设计和检测
                1.2.4.3 qRT-PCR反应
    2 实验结果
        2.1 测序数据质控结果
            2.1.1 碱基错误率检查
            2.1.2 AT/GC含量分布
            2.1.3 测序数据过滤结果
            2.1.4 RNA-seq数据总结
        2.2 转录本拼接
        2.3 基因功能注释
            2.3.1 NR注释结果
            2.3.2 GO注释结果
            2.3.3 KOG注释结果
            2.3.4 KEGG注释结果
        2.4 基因表达水平分析
        2.5 差异基因分析
            2.5.1 差异基因火山图分析
            2.5.2 差异基因表达水平聚类分析
            2.5.3 差异基因GO富集分析
            2.5.4 差异基因KEGG富集分析
        2.6 筛选目的基因
        2.7 qRT-PCR验证
            2.7.1 总RNA检测结果
            2.7.2 引物验证结果
            2.7.3 qRT-PCR结果
    3 讨论
第二章 谷氨酸合酶基因(GLT1)的克隆及表达分析
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 实验样品
            1.1.2 实验主要引物
        1.2 实验方法
            1.2.1 GLT1基因全长cDNA的克隆
                1.2.1.1 总RNA提取
                1.2.1.2 核心片段验证
                1.2.1.3 生成RACE-Ready cDNA
                1.2.1.4 cDNA末端快速扩增实验(RACE)
                1.2.1.5 RACE产物的回收
                1.2.1.6 RACE产物的克隆及测序
            1.2.2 GLT1全长序列分析
            1.2.3 皱纹盘鲍不同月份不同组织GLT1基因mRNA的表达分析
                1.2.3.1 总RNA的提取
                1.2.3.2 cDNA的合成
                1.2.3.3 引物的设计和检测
                1.2.3.4 qRT-PCR反应
    2 实验结果
        2.1 GLT1基因全长cDNA的特征
        2.2 GLT1基因的同源性分析
        2.3 GLT1基因的系统进化分析
        2.4 GLT1基因的mRNA在皱纹盘鲍不同月份性腺组织中的表达规律
        2.5 GLT1基因的mRNA在皱纹盘鲍不同组织中的表达分布情况
    3 讨论
小结
参考文献
已完成文章
致谢



本文编号：3800204