TGF-β信号通路成员生物信息学分析及其在尼罗罗非鱼中的表达研究
发布时间：2023-06-01 23:15
转化生长因子-β(Transforming growth factorβ,TGF-β)信号通路是一个包含众多成员的大家族,主要由膜外的配体、膜上的受体以及胞内的SMADs蛋白组成。该信号参与介导了多种生物学过程,尤其在胚胎、组织和器官的发育与形成等方面发挥着重要作用。目前的研究报道都局限于单个TGF-β信号通路成员或者单个亚家族成员在某些组织或者某个发育时期的表达或功能研究,且研究对象大多为人类、小鼠和斑马鱼等模式动物,而大部分TGF-β信号通路成员在真骨鱼类中的表达模式和功能仍不清楚。此外,TGF-β信号通路被认为是动物基因组进化过程的良好标记,但TGF-β信号通路成员在多数动物类群中没有被全面鉴定过,其演化还不清晰。近年来,研究表明TGF-β信号通路在真骨鱼类性别决定、分化和性腺发育中也具有非常重要的作用,有多个成员被证实为鱼类的性别决定基因,还有很多成员也参与了鱼类的性别分化。本研究从全基因组水平鉴定了包括尼罗罗非鱼在内的24种代表性动物的TGF-β信号通路成员,分析了该信号通路在无脊椎动物进化过程中以及脊椎动物4次基因组复制过程中的系统演化。基于尼罗罗非鱼成鱼的8个不同组织转录...
【文章页数】：109 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 文献综述
1 生物信息学概述
1.1 生物信息学的定义
1.2 生物信息学的发展历程
2 复制基因研究概况
2.1 复制基因定义
2.2 基因家族
2.3 全基因组复制
3 TGF-β信号通路的研究
3.1 TGF-β信号通路的概况
3.2 TGF-β信号通路成员
3.2.1 配体
3.2.2 受体
3.2.3 SMADs
3.3 TGF-β信号的识别及作用方式
3.4 TGF-β信号介导的生物学功能
3.4.1 在发育中的作用
3.4.1.1 在胚胎发育中的作用
3.4.1.2 在骨骼发育中的作用
3.4.1.3 在肿瘤发生中的作用
3.4.2 在生殖中的作用
3.4.3 在鱼类性别决定与分化中的作用
3.4.3.1 脊椎动物性别决定基因的研究
3.4.3.2 TGF-β信号参与鱼类的性别决定与分化
3.4.3.3 TGF-β信号参与鱼类性别决定与分化的可能机制
4 科学问题的提出和本研究的目的意义
第2章 TGF-β信号的起源和演化
1 引言
2 材料和方法
2.1 数据库本地Blast的构建
2.2 TGF-β信号通路成员序列的分离
2.3 配体系统发育分析
2.4 受体系统发育分析
2.5 SMADs系统发育分析
2.6 TGF-β信号通路成员在基因组上的定位
3 结果
3.1 TGF-β信号通路成员在动物界中的分离鉴定
3.2 配体的系统发育分析
3.3 受体的系统发育分析
3.4 SMADs的系统发育分析
3.5 TGF-β信号通路成员的基因组定位分析
4 讨论
4.1 TGF-β信号通路的起源与演化
4.2 TGF-β信号通路成员的扩张与基因组进化的关系
4.3 TGF-β信号通路成员的共线性
第3章 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼中的表达研究
1 引言
2 材料和方法
2.1 实验鱼
2.2 引物合成
2.3 主要试剂
2.4 实验方法
2.5 主要仪器
2.6 TGF-β信号通路成员的时空表达模式
2.7 TGF-β信号通路成员表达模式的验证
3 结果
3.1 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼8 个组织中的表达模式
3.2 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼各时期性腺转录组中的表达
3.3 实验验证TGF-β信号通路成员的表达模式
4 讨论
4.1 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼8 个组织中的表达及其可能作用
4.2 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼各时期性腺中的表达及其可能作用
4.3 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼性腺表达的实验验证与结果分析
第4章 结论
本研究的主要创新点
本研究的不足与展望
参考文献
致谢
在读期间发表论文
在读期间参加科研情况
附表
本文编号：3827211
【文章页数】：109 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 文献综述
1 生物信息学概述
1.1 生物信息学的定义
1.2 生物信息学的发展历程
2 复制基因研究概况
2.1 复制基因定义
2.2 基因家族
2.3 全基因组复制
3 TGF-β信号通路的研究
3.1 TGF-β信号通路的概况
3.2 TGF-β信号通路成员
3.2.1 配体
3.2.2 受体
3.2.3 SMADs
3.3 TGF-β信号的识别及作用方式
3.4 TGF-β信号介导的生物学功能
3.4.1 在发育中的作用
3.4.1.1 在胚胎发育中的作用
3.4.1.2 在骨骼发育中的作用
3.4.1.3 在肿瘤发生中的作用
3.4.2 在生殖中的作用
3.4.3 在鱼类性别决定与分化中的作用
3.4.3.1 脊椎动物性别决定基因的研究
3.4.3.2 TGF-β信号参与鱼类的性别决定与分化
3.4.3.3 TGF-β信号参与鱼类性别决定与分化的可能机制
4 科学问题的提出和本研究的目的意义
第2章 TGF-β信号的起源和演化
1 引言
2 材料和方法
2.1 数据库本地Blast的构建
2.2 TGF-β信号通路成员序列的分离
2.3 配体系统发育分析
2.4 受体系统发育分析
2.5 SMADs系统发育分析
2.6 TGF-β信号通路成员在基因组上的定位
3 结果
3.1 TGF-β信号通路成员在动物界中的分离鉴定
3.2 配体的系统发育分析
3.3 受体的系统发育分析
3.4 SMADs的系统发育分析
3.5 TGF-β信号通路成员的基因组定位分析
4 讨论
4.1 TGF-β信号通路的起源与演化
4.2 TGF-β信号通路成员的扩张与基因组进化的关系
4.3 TGF-β信号通路成员的共线性
第3章 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼中的表达研究
1 引言
2 材料和方法
2.1 实验鱼
2.2 引物合成
2.3 主要试剂
2.4 实验方法
2.5 主要仪器
2.6 TGF-β信号通路成员的时空表达模式
2.7 TGF-β信号通路成员表达模式的验证
3 结果
3.1 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼8 个组织中的表达模式
3.2 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼各时期性腺转录组中的表达
3.3 实验验证TGF-β信号通路成员的表达模式
4 讨论
4.1 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼8 个组织中的表达及其可能作用
4.2 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼各时期性腺中的表达及其可能作用
4.3 TGF-β信号通路成员在尼罗罗非鱼性腺表达的实验验证与结果分析
第4章 结论
本研究的主要创新点
本研究的不足与展望
参考文献
致谢
在读期间发表论文
在读期间参加科研情况
附表
本文编号：3827211
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3827211.html
