罗非鱼SDR超家族基因的生物信息学分析及其在性腺发育过程中的作用研究

发布时间：2023-10-30 20:23

　　短链脱氢还原酶(short-chain dehydrogenases/reductases,SDR)超家族包含了视黄醛脱氢酶、羟基类固醇脱氢酶、羰基还原酶、15羟基前列腺素脱氢酶、UDP-葡萄4-糖异构酶以及GDP甘露糖4,6-脱水酶等。SDR家族成员表达于各种组织、器官,参与个体生长、发育、生殖等各个生物学过程。根据隐马尔可夫模型,在人类基因组中已经鉴定了47个SDR亚家族,76个SDR基因。在植物中,如拟南芥、大豆、葡萄等植物中鉴定了49个SDR亚家族,对应着68-315个SDR基因,而在其他物种中还没有进一步的报道。同时关于SDR超家族在生殖过程中的功能研究仅见于一些哺乳动物中,而鱼类中几乎未见报道。为了系统深入的研究SDR超家族成员在鱼类性腺发育及性别决定与分化过程中的潜在作用,我们从基因组水平以及转录组水平对尼罗罗非鱼的SDR家族成员进行了系统分析,并对其部分家族成员在性腺发育中的可能作用进行了探讨。通过同源比对搜索以及转录组数据分析,本研究从尼罗罗非鱼基因组中共分离到119个SDR超家族成员。除此之外,我们还从人类,鸡,非洲爪蟾,斑马鱼,青鳉,腔棘鱼,象鲨,斑点雀鳝,红鳍东...

【文章页数】：85 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第1章 文献综述
    1.1 SDR超家族基因的一般结构
    1.2 SDR超超家族基因的分类
    1.3 SDR超家族基因的历史背景以及进化
    1.4 SDR超家族基因功能
        1.4.1 羟基类固醇脱氢酶(HSDs)
        1.4.2 视黄醇脱氢酶（RDHs）
        1.4.3 其他类型的SDR
    1.5 SDR超家族基因在鱼类中的研究状况
    1.6 关键科学问题的提出和本研究的目的意义
第2章 尼罗罗非鱼SDR超家族成员的分离及生物信息学分析
    2.1 前言
    2.2 实验材料与方法
        2.2.1 实验动物
        2.2.2 尼罗罗非鱼SDR超家族成员的鉴定
        2.2.3 SDR超家族的系统发育分析以及基因定位
        2.2.4 SDR在尼罗罗非鱼中的时空表达模式分析
        2.2.5 SDR基因表达模式的验证
    2.3 实验结果
        2.3.1 尼罗罗非鱼及其他鱼类中SDR超家族基因的分离鉴定
        2.3.2 SDR基因的家族分类及系统进化分析
        2.3.3 SDR超家族的共线性分析及基因的串联型复制。
        2.3.4 SDR在尼罗罗非鱼成鱼8个组织中的表达模式分析
        2.3.5 SDR在尼罗罗非鱼不同发育时期性腺转录组的表达模式分析
        2.3.6 SDR表达模式的验证
    2.4 讨论
        2.4.1 SDR成员的分离、分类及系统发生分析
        2.4.2 SDR基因在8个成鱼组织中的表达及其意义
        2.4.3 SDR基因在不同发育时期性腺中的表达及其意义
        2.4.4 转录组中SDR基因表达模式的实验验证
第3章 尼罗罗非鱼hsd3βs功能的初步研究
    3.1 前言
    3.2 实验材料和仪器
        3.2.1 实验动物
        3.2.2 实验试剂和仪器
        3.2.3 有关试剂的配制
        3.2.4 实验方法
    3.3 结果
        3.3.1 敲除序列的选择以及突变检测
        3.3.2 hsd3β1 突变检测
    3.4 讨论
第4章 结论
参考文献
致谢
在读期间发表论文情况
在读期间参与科研情况



本文编号：3859126