基于高通量测序技术的竹?鱼微卫星标记开发与评价

发布时间：2023-10-30 18:10

　　通过对竹?鱼(Trachurus japonicus)基因组进行RAD-seq高通量测序,共获得19 920条微卫星序列,其中2、3核苷酸重复微卫星序列最多(82.11%)。选取89条2、3核苷酸重复的微卫星序列设计引物,经筛选后,共获得27个具有多态性的微卫星标记。利用一个竹?鱼群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。结果显示,27对引物扩增的序列中21个位点为2核苷酸重复,重复次数10～13次,6个位点为3核苷酸重复,重复次数为7～9次,等位基因数为3～19(平均9.8),表观杂合度(H_o)为0.344～0.938(平均0.654),期望杂合度(H_e)为0.336～0.880(平均0.729),多态信息含量(PIC)为0.318～0.882(平均0.707),表明开发的微卫星位点具有较高的遗传多样性。"哈迪-温伯格"平衡(HWE)检测结果显示,25个标记等位基因频率符合HWE。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。研究开发的27个微卫星标记可为竹?鱼种群遗传学研究提供基础。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 样品采集与基因组DNA提取
    1.2 高通量测序与引物合成
    1.3 引物筛选与分型检测
    1.4 群体遗传学评价
2 结果与分析
    2.1 高通量测序结果与微卫星位点分析
    2.2 PCR引物设计和筛选
    2.3 微卫星标记的种群遗传学评价使用采集于湛江东部海域的竹鱼群体对筛选合格的微卫星标记进行种群遗传学评价。如表3,所有27个标记在测试群体中共检测到265个等位基因,等位基因数分布范围为3～19,表观杂合度分布范围为0.344～0.938,平均为0.654;期望杂合度分布范围为0.336 ～0.880,平均为0.729。多态信息含量(PIC)分布范围为0.318～0.882 ,平均为0.707,表明开发的微卫星位点具有较高的杂合度。除2个标记外,其他标记等位基因频率均符合“哈迪-温伯格”平衡(HWE)。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。
3 讨论
    3.1 高通量测序发掘微卫星序列的技术优势
    3.2 不同核苷酸重复微卫星位点比较
    3.3 微卫星标记的种群遗传学特征



本文编号：3858940