传染性造血器官坏死病毒Sn1203株全基因组序列及系统进化分析

发布时间：2024-02-28 19:27

　　本课题组于2012年从中国东部的虹鳟鱼养殖场分离得到了严重威胁我国鲑鳟鱼养殖的传染性造血器官坏死病毒(IHNV)IHNV-Sn1203病毒株。根据GenBank中收录的IHNV病毒株的序列设计引物,将IHNV-Sn1203基因组序列分成5个片段进行RT-PCR克隆,最终得到完整的IHNV-Sn1203基因组序列。利用Lasergene和MEGA 5.0软件分析了IHNV-Sn1203株的全基因组序列、基因组编码蛋白、基因组末端和未翻译序列、以及病毒基因同源性和系统发育。结果发现,IHNV-Sn1203基因组全长11131nts,共编码6个病毒蛋白,大小分别为核蛋白(N)1176nts、磷蛋白(P)693nts、基质蛋白(M)588nts、表面糖蛋白(G)1527nts、聚合酶蛋白(L)5961nts和非结构蛋白(NV)336nts。IHNV-Sn1203株各基因间均具有保守的基因终止序列(Gene end,GE)、基因间序列(Intergenic regions,IG)、基因起始序列(Gene star,GS)及Kozak序列,以确保病毒基因的转录和翻译效率。系统进化分析发现,IHNV...

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【部分图文】：

图1IHNV-Sn1203株的基因组分布及分段克隆策略

IHNV-Sn1203株的基因组全长11131nts，共编码6个病毒蛋白，依次为核蛋白（N）、磷蛋白（P）、基质蛋白（M）、表面糖蛋白（G）、非结构蛋白（NV）和聚合酶蛋白（L），其基因组结构与已经发表的弹状病毒及IHNV病毒基因组结构组成相似。表2列出了IHNV-Sn1203....

图2IHNV-Sn1203基因组基因连接区序列及基因组末端序列互补性分析

为了实现病毒蛋白的最佳翻译，弹状病毒的开放阅读框之间都含有非常保守的非翻译区域。这些区域通常以一个假定的转录停止/聚腺苷酸化基序[UCUA/GUCU7]开始，通过U序列的重复复制向mRNA加入poly(A）尾巴。这一序列后紧连着一个非转录的基因间二核苷酸AC或GC和一个保守的假....

图3IHNV-Sn1203基因组各编码序列前Kozak序列分析

已有报道表明，Kozak序列对保证真核生物基因的转录和翻译效率至关重要，特别是起始密码前-3位的A碱基[18]。本文分析了IHNV-Sn1203基因组中的Kozak序列（图3）。结果发现：IHNV-Sn1203株6个病毒基因的起始密码子前面均含有严格的Kozak序列，其-3位碱基....

图4IHNV-Sn1203株全基因组序列系统进化分析

本研究首先分析了IHNV同其他弹状病毒全基因组的进化关系，结果显示IHNV与HIRRV(Hiramerhabdovirus,HIRRV）进化关系最近，其次为SHRV(Snakeheadrhabdovirus,SHRV）、VHSV(Viralhemorrhagicsepti....

本文编号：3913913