龙须菜四分孢子体发育过程的WGCNA分析

发布时间：2024-06-27 23:14

　　龙须菜是一种重要的产琼胶海藻,对其繁殖发育的研究将有助于了解龙须菜的生长,有助于育种。本研究对龙须菜不同育性品系(981和鲁龙1号)在不同发育阶段的表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建基因共表达网络,共获得32个模块。其中,模块最大基因数量为2 577个,最小基因数为66个。经过筛选发现与品系相关的模块(以0.7为阈值)共5个,涉及基因共2 301个,对模块基因进行GO功能富集分析,结果表明主要富集以下功能上:信号转导、转运、细胞分化、翻译、细胞稳态、生物合成过程等。981品系与鲁龙1号品系的富集结果对比表明981品系在孢子放散过程中生物活性不高,生物合成水平较低,内环境稳态较差。经过KEGG富集,筛选到21个与981品系II期四分孢子形成相关的备选基因,主要富集到DNA复制和染色体形态变化等与细胞周期相关的功能上,表明981品系在孢子形成时期的细胞分裂可能出现异常。本文结果为进一步深入揭示龙须菜四分孢子体发育分子调控机制提供思路和导向。

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【部分图文】：

图1龙须菜转录本KEGG代谢通路注释(A)与GO注释(B)二级分类统计

对18个样品的差异表达基因的表达矩阵进行提取后聚类。初步聚类分析后,为确保分析结果的严谨和可靠性,确定采纳具有较高相关性的样品,去除皮尔逊相关系数小于0.95的样品,每个取样阶段保留2个生物学平行。对样品之间相关性进行统计见图2,除981.IV组样品,相关性为0.89。其他样品相....

图1龙须菜转录本KEGG代谢通路注释(A)与GO注释(B)二级分类统计

图1龙须菜转录本KEGG代谢通路注释(A)与GO注释(B)二级分类统计将构建好的样品FPKM表达矩阵导入WGCNA软件包,进行gsg数据过滤,共去除857个数据不良的基因,剩余12569个基因进行后续分析。

图26组龙须菜样品相关性分析

将构建好的样品FPKM表达矩阵导入WGCNA软件包,进行gsg数据过滤,共去除857个数据不良的基因,剩余12569个基因进行后续分析。2.2基因共表达网络构建

图3WGCNA基因层次聚类树和模块构建（A）及模块与特征相关性分析（B)

将3个模块内的基因进行KEGG代谢通路富集(见图8)。3个模块中均有富集到CellularProcesses相关的代谢通路,如Magenta模块富集到溶酶体(Lysosome)(ko04142,P=0.006899873)和干细胞全能型调节信号通路(Signalingpa....

本文编号：3996082