团头鲂EST-SSR的开发及在育种中的应用

发布时间：2024-12-03 22:22

　　团头鲂(Megahbrama amblycephala Yih),俗称武昌鱼,属硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、鲌亚科。自然分布区域狭窄,原产仅在长江中游的一些通江湖泊,如湖北省的梁子湖、淤泥湖和江西的鄱阳湖等。由于其独特的文化元素以及具有草食性、成活率高、生长较快、抗病力强、含肉率高及营养价值较高等优点,在20世纪60年代己确认为一种优良养殖鱼类。目前已经推广到全国各地饲养,成为我国池塘和网箱养殖的主要或者混养鱼类之一。由于人工繁殖的成功突破和养殖驯化水平的不断提高,在2010年团头鲂在我国的养殖产量已经达到652,215t(CAFS,2010)。然而,随着养殖驯化过程中的近亲繁殖、野生资源的过度捕捞以及生存环境的破坏,团头鲂的种质资源己经受到了严重的威胁。团头鲂的养殖群体逐渐出现了生长减缓、体型变长变薄、抗病力差和性成熟个体变小等问题。 目前团头鲂分子遗传基础薄弱、基因序列和分子标记资源匮乏、遗传育种理论尚不成熟,严重影响团头鲂遗传育种计划的开展。为了更加有效地开展团头鲂先进的育种计划,尽快培育出优良品种,本论文从团头鲂转录组高通量测序入手,开发微卫星标记,构建亲子鉴定技术平台,并在此...

【文章页数】：155 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
縮略语表
第一章 文献综述
    1 转录组高通量测序技术
        1.1 转录组
        1.2 转录组高通量测序技术
    2 水产动物育种技术
        2.1 传统育种技术
        2.2 分子标记辅助育种
    3 微卫星标记及其在水产动物育种中的应用
        3.1 群体遗传学研究
        3.2 亲缘关系鉴定和谱系分析
        3.3 构建遗传连锁图谱和QTL定位
    4 数量遗传学及在水产育种中的应用
        4.1 数量性状
        4.2 遗传力(heritability)和遗传相关(genetic correlation)
        4.3 育种值(breeding value)
        4.4 杂交优势(heterosis)与配合力(combining ability)
    5 团头鲂遗传育种研究进展
    6 本研究的主要内容、目的和意义
第二章 基于454 GS FLX高通量测序的团头鲂转录组学研究
    1 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 主要试剂
        1.3 主要仪器
        1.4 RNA的提取和质量检测
        1.5 cDNA合成和扩增
        1.6 cDNA文库均一化
        1.7 样品准备与高通量测序
        1.8 序列拼接
        1.9 功能注释、基因分类和代谢途径分析
        1.10 微卫星序列(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)查找和分析
    2 结果
        2.1 高质量RNA的提取和454转录组文库的构建
        2.2 454焦磷酸测序
        2.3 拼接
        2.4 开放阅读框(ORF)查找
        2.5 基因鉴定和注释
        2.6 比较分析
        2.7 微卫星(SSR)分布特征
        2.8 单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定
    3 讨论
    小结
第三章 团头鲂EST-SSR的开发及多重PCR的构建
    1 实验材料与方法
        1.1 实验材料
        1.2 主要试剂
        1.3 主要仪器
        1.4 团头鲂基因组DNA的制备
        1.5 团头鲂微卫星引物设计
        1.6 PCR扩增
        1.7 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)
        1.8 数据处理和分析
        1.9 团头鲂微卫星多重PCR体系的筛选
        1.10 淤泥湖群体遗传多样性分析
    2 实验结果
        2.1 基因组DNA的提取结果
        2.2 微卫星引物筛选结果
        2.3 微卫星多重PCR体系构建
        2.4 淤泥湖野生群体遗传多样性分析
    3 讨论
    小结
第四章 团头鲂微卫星亲子鉴定平台构建
    1 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 主要实验仪器和试剂
        1.3 样品采集
        1.4 DNA提取
        1.5 微卫星PCR扩增
        1.6 微卫星基因型分型
        1.7 计算机模拟分析
        1.8 分养家系的亲子鉴定分析
        1.9 混合家系的亲子鉴定分析
    2 实验结果
        2.1 亲本和子代的基因型分析
        2.2 计算机模拟分析
        2.3 单养家系的亲子鉴定
        2.4 混养家系的亲子鉴定
    3 讨论
    小结
第五章 团头鲂不同地理群体间杂交优势和配合力分析
    1 材料和方法
        1.1 团头鲂野生群体亲本收集
        1.2 人工繁殖
        1.3 团头鲂子代饲养和数据测量
        1.4 微卫星基因型分型
        1.5 杂交优势和配合力分析
    2 实验结果
        2.1 团头鲂F₁代亲缘关系鉴定
        2.2 团头鲂亲本群体遗传多样性分析
        2.3 团头鲂F₁代优良家系筛选
        2.4 团头鲂群体杂交优势分析
        2.5 3个群体生长性状配合力分析
        2.6 团头鲂不同地里群体间的杂交优势分析
    3 讨论
    小结
第六章 团头鲂F₁代20月龄生长性状的遗传参数
    1 材料与方法
        1.1 家系的构建
        1.2 子代培育与生长性状数据测量与分析
        1.3 微卫星基因型分型和亲子鉴定
        1.4 遗传参数估计
        1.5 单性状育种值估计
        1.6 综合育种值估计
    2 实验结果
        2.1 亲子鉴定结果与子代生长
        2.2 遗传参数估计
        2.3 育种值估计
        2.4 综合育种值估计
    3 讨论
    小结
第七章 亲本对子代生长快和生长慢群体的贡献
    1 材料与方法
        1.1 繁殖策略和子代饲养
        1.2 样品采集和数据测量
        1.3 微卫星亲子鉴定
        1.4 数据分析
        1.5 有效群体数量(Ne)
        1.6 亲本对子代生长快和慢群体的贡献
        1.7 亲本育种值估计
    2 实验结果
        2.1 亲子鉴定结果
        2.2 生长快和生长慢群体的生长表现和遗传特征
        2.3 有效群体数量
        2.4 亲本对生长快和慢群体的贡献及优良亲本的选择
        2.5 中选亲本育种值分析
    3 讨论
    小结
本论文的主要研究结果及创新点
参考文献
附录一 实验室常用试剂、缓冲液的配制方法
附录二 团头鲂454高通量测序数据储存列表
附录三 团头鲂92个多态性微卫星标记详细信息
附录四 攻读博士学位期间发表论文和授权专利
附录五 攻读博士学位期间所获得奖励与荣誉
致谢



本文编号：4014236