福建内陆山区棘胸蛙遗传多样性分析

发布时间：2025-01-15 09:40

　　 以基于酶切的简化基因组测序技术(GBS),测定了福建省南平市、三明市和龙岩市地区野生棘胸蛙Rana spinosa子一代3龄蛙群体66份样本的全基因组DNA,依据SNP的基因分型结果,采用邻近法构建系统演化树和主成分分析,以探究福建内陆山区棘胸蛙群体的遗传多样性。共获得66.79 Gb的测序数据,平均每个样本测序数据为1.01 Gb,经过筛选条件过滤,最后共获得8 615个高质量的SNP位点,其中以龙岩群体的SNP最多,为3 589个,南平群体的SNP最少,为2 153个,说明不同地区棘胸蛙群体SNP数存在较大差异。利用系统发生树分析结果表明,在3个棘胸蛙群体中,南平群体能聚为一类,三明和龙岩群体未能明确分类。主成分分析结果表明,3个群体的区分度不明显,虽然在聚类时呈现一定程度的分化,但未形成一定的地理隔离。福建棘胸蛙群体之间存在大量的SNP。该研究可为棘胸蛙的识别和进化提供依据,为更好地保护与利用棘胸蛙种质资源提供参考。

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【部分图文】：

图2 三个棘胸蛙群体NJ系统进化树

根据个体水平的遗传距离对3个棘胸蛙群体进行主成分分析（图3）。由图3可知，3个地区的棘胸蛙群体区分度不明显，群体遗传差异不显著。图3三个棘胸蛙群体的PCA分析

图1 棘胸蛙部分样本提取的DNA凝胶检测

2.3比对与SNP检测以非洲爪蟾为参考基因组，应用BWA软件将所有的测序数据比对到参考基因组上。其基因组大小为2734636505bp，有效基因组大小为2408724787bp（参考序列中不含N），参考基因组GC含量为34.34%。所有样本的比对率介于58.40....

图3 三个棘胸蛙群体的PCA分析

图2三个棘胸蛙群体NJ系统进化树3讨论

本文编号：4027217