长牡蛎SNP标记开发及其在家系分析和物种鉴定中的应用

发布时间：2025-03-20 04:28

　　长牡蛎又称太平洋牡蛎，属软体动物门、瓣鳃纲、珍珠贝目、牡蛎科、巨蛎属，广泛分布于中国，韩国和日本的沿海，是一种广温、广盐性的内湾贝类。它是世界上最重要的海水养殖贝类之一，也是我国目前重要的海水养殖主导种类。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)是当前最具潜力的分子遗传标记，遍布整个基因组，具有密度高，共显性，能稳定遗传且易自动化检测的优点,是研究遗传学和基因组学的理想分子标记。目前，利用EST数据库来进行突变位点的筛查是开发SNP标记的重要途径。高分辨率熔解曲线(Highresolution melting, HRM)是一种高效的突变筛查与基因分型技术，具有简单、精确及低成本等特点。本研究利用HRM技术开发长牡蛎EST-SNP标记，并对SNP在家系分析和物种鉴定中的应用进行了探讨，为今后牡蛎的高密度遗传图谱构建，种群结构分析，生物多样性保护和分子标记辅助育种等遗传学研究提供了基础资料。 1.长牡蛎SNP标记的开发 通过检索EST序列库，经过进一步的人工比对筛选，得到5781个EST簇和48796个候选SNP位点。随机挑选150个...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2-1PCR反应程序Figure2-1TheprotocolofPCR

引物用于下一步的HRM分析。反应采用10μl体系，具体见表2-1，PCR反应程序如下图2-1。表2-1PCR反应体系Table2-1ThestockforPCR成分体积（μl）10×PCRbuffer1MgCl20.6dNTP0.8Taq....

图2-2HRM反应程序Figure2-2TheprotocolofHRM

19图2-2HRM反应程序Figure2-2TheprotocolofHRM扩增结束后，程序自动运行高分辨率熔解曲线程序，设定软件收集60℃—95℃之间的数据，每升高1℃采集荧光25次，升温速率设定为0.1℃/S，以满足对单碱基差异的区分。采集数据在L....

图2蓝色2-3.SNP位点色曲线代表纯点jy06（T/A纯合体，表示）经对数转换示该扩增序列

图2蓝色Fig2jy02-3.SNP位点色曲线代表纯2-3Normaliz06showingtwnoSNP;red点jy06（T/A纯合体，表示zedandshiftewodifferentpcurvesrepre）经对数转换示该扩增序列增序edh....

图2蓝色2-4SNP位点色和绿色曲线

图2蓝色Fig2jy02-3.SNP位点色曲线代表纯2-3Normaliz06showingtwnoSNP;red点jy06（T/A纯合体，表示zedandshiftewodifferentpcurvesrepre）经对数转换示该扩增序列增序edh....

本文编号：4037386