湖南地区南瓜主要病毒检测及其外壳蛋白基因分子进化分析

发布时间：2020-04-18 00:49

【摘要】：南瓜(Cucurbita spp.)起源地被认为是美洲大陆,是人类最早栽培的古老作物之一。病毒病是南瓜的一种重要的病害,由于南瓜的种植面积不断扩大,南瓜上的病害每年加重,导致南瓜的产量与品质急剧下降,同时造成较大的经济损失,故南瓜病毒病已经引起人们的关注。本论文引述的病毒病侵染南瓜后的4种表型为:皱缩型、花叶型、黄化型和褪绿型。1.根据全基因组序列设计特异性引物,检测采自湖南长沙、岳阳、益阳和常德具有明显症状的224份病毒的南瓜叶片样品,检出的病毒有ZYMV、CCYV、WMV、CMV、PVY和PMMoV,阳性率分别为36.2%、7.6%、6.7%、2.7%、1.3%和0.9%。南瓜病毒病以单病毒感染为主,ZYMV、CCYV、WMV、CMV的单病毒侵染率分别为31.7%、6.3%、3.1%和1.8%;双病毒感染率为4.4%,其中ZYMV与WMV比较容易发生复合侵染,侵染率为2.7%;三双病毒感染率为0.4%。2.通过克隆、测序、拼接得到ZYMV、WMV以及CCYV湖南分离物的外壳蛋白全序列,利用NCBI上登录的序列数据进行分子进化分析。3.三个病毒CP基因都没有明显的重组,重组不是其分子进化的显著作用力。ZYMV可以明显地按照地理来源划分出3个主要谱系;WMV可以划分3个主要谱系;CCVY可以划分4个主要谱系。突变和负选择作用是驱动ZYMV、WMV以及CCYV进化的主要作用力,大部分分离物种群间的遗传变异显著,受到遗传漂变的影响,种群结构相对稳定都处于扩张的趋势中,基因变异程度低。
【图文】：

南瓜,叶片

第二章湖南南瓜主要病毒的分子鉴定于分子生物学检测技术有较好的重复性、检测时间短、灵敏度高章采用病毒相对保守的外壳蛋白基因设计特异性引物，成功建R 检测技术。料品采集及处理究所用样品均是于2016年9月在湖南省各地区采集224份南瓜样样品均有明显的病毒症状，如斑驳、花叶、皱缩、矮化、畸形、图 2-1）。为更好地保存更好的 RNA，采集样品时将样品置于自袋的保温箱中进行低温处理，再移至超低温冰箱中保存。

质量检测,覆盖度,总长,完整性

ucurbit chlorotic yellows virus RNA 2 15.92 hamonda virus segment S 13.93 atermelon mosaic virus 13.53 ucurbit chlorotic yellows virus RNA 1 9.60 epper mild mottle virus 1.77 oybean mosaic virus 1.48 ucumber mosaic virus RNA 3 1.25 am bean mosaic virus 1.19 elosma mosaic virus 1.02 coverage（X）:sRNA 对该病毒序列的平均覆盖度，，用比对到该病毒的 reads 总长 sRNA:比对到该病毒的 reads 数。erage（X）:sRNA on the viral population of the average coverage, with the ratio of the vided by the length of the virus sequence；mapped sRNA:Compare the number of readsA 质量检测有的总 RNA 采用 1.0%琼脂糖凝胶电泳检测 RNA 的完整性（
【学位授予单位】：湖南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S436.429

【参考文献】