新疆野扁桃TP-M13-SSR引物开发及遗传多样性应用研究
发布时间：2020-07-19 10:09
【摘要】：新疆野扁桃(Prunus tenella Batsch.syn Amygdalus nana L.or Amygdalus ledebouriana Schlecht.),又被称为矮扁桃,蔷薇科桃属灌木,是极为珍贵的野生植物资源。本试验以研究新疆野扁桃的遗传多样性为目的,利用其全基因组数据设计引物,通过TP-M13-SSR技术和毛细管荧光电泳检测分析其多态性和遗传多样性,为该珍稀植物的保育工作提供理论依据。主要研究结果如下:(1)本试验充分利用新疆野扁桃全基因组序列,开发出新疆野扁桃TP-M13-SSR引物库,引物库中包含23627条序列,分为二、三、四、五、六核苷酸共5类重复类型,其中二核苷酸类型数量最多,五、六核苷酸数量极少。该引物库中的引物PCR产物以100-349 bp居多,而二核苷酸的PCR产物最大,六核苷酸的最小。(2)从引物库中筛选出12对多态性较好的TP-M13-SSR引物以供后续研究使用。经数据分析后发现,以上引物的PCR产物大小在100-300 bp之间,所选引物多为二碱基重复,仅有引物PT-2为三碱基重复。(3)在毛细管电泳荧光检测中,共选用4种荧光引物,其中荧光引物FAM峰型最为正常且特异峰清晰,不常发生非特异性峰。与之相反,荧光引物ROX所显示出的非特异峰种类数量最多,且特异峰不易辨认。在6种异常情况中,N+1峰出现次数最多,高低峰出现次数最少。(4)将12对引物与96份新疆野扁桃样品扩增后,可得出以上引物的等位基因数(No.of allele)均为2个,有效等位基因数(Ne)的范围为3.5310-9,观测杂合度(Ho)的范围为0-0.6667,期望杂合度(He)的范围为0.72-0.89,固定指数(F)的范围为0.25-1,香农指数(I)的范围为1.48-2.44,特异等位基因(Na)的范围为8-18,多态性信息含量(PIC)的范围为0.6690-0.8790,标记指数(MI)的范围为5.35-15.82,Nei's多样性指数的范围为0.2195-0.4308,遗传相似性系数(Gst)的范围为0.0020-.00426,基因流(Nm)的范围为34.7560-252.1964。(5)在对居群的遗传多样性分析后,发现塔城地区的新疆野扁桃多态性与遗传多样性水平在5个居群中处于最高水平,托里居群处于最低水平。经UPGMA聚类后发现,托里与裕民的新疆野扁桃亲缘关系为最近,布尔津、哈巴河、塔城的新疆野扁桃均被单独聚为一类。
【学位授予单位】：新疆农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S662.9
【图文】：
三核苷酸的出现总次数远远低于二核苷酸，但仍高于其他核21398 次位居第二，占总数的 9.37%。四、五、六核苷酸的出现频率出现特点见表 2-5。表 2-5 重复单元的分布特点Table 2-5 The distribution characteristics of repeat motifs酸数量 所占比例（%）出现频率（%）主要重复单元 19664 93.43 89.49 AC、AG、AT 3464 6.01 9.37AAC、AAG、AAT、ACC、AAGG、ATC、CCG 380 0.44 0.87AAAC、AAAT、AACC、AATACAG、ACAT、ACTC、 66 0.06 0.16 AAAAG、AAGCC 53 0.06 0.12 ACAGAG、ACATC
M13-SSR 引物开发及遗传多样性应用研究扁桃引物库中 SSR 的特征酸重复类型的 PCR 产物大小平均值为 241.43 bp，大小介于 90大小多集中于 100-349 bp 之间，大小在 300-349 bp 以内的引物低于 100 bp 或高于 349 bp 的引物数目非常少，二者共占总数苷酸的 PCR 产物平均大小分别为：278.46 bp、229.63 bp、230bp，其中，二核苷酸的 PCR 产物为最大，六核苷酸的为最小。
疆野扁桃 TP-M13-SSR 引物开发及遗传多样性应用研究上可直观的看到扩增片段的大小，不必像聚丙烯酰胺凝胶电泳、琼脂糖电泳等方法靠眼估算扩增片段大小。由于多方面因素共同作用，导致峰的形态丰富多样，这为实验员在识别和读取峰值方面增加不少难度。根据以往的研究可以得知，扩增产物在正常况下常呈现单峰或双峰的形态，单峰和双峰分别代表纯合子和杂合子。而毛细管电泳结果受多因素干扰，会出现各种异常现象，这些现象很容易干扰到对具有良好峰型的标片段的取值，为避免遗漏和取值错误等情况的发生，王凤格等人[105]和顾丽华等人[10对此进行深入研究，并统计峰的类型和发生情况。一般将主峰峰型较为圆润、面积较宽周边无小突起峰的峰称为非特异性峰，相反，主峰峰型较为尖锐、面积较窄、旁边有突起峰的峰称为特异峰，二者区别见图 2-3。在图 2-3 中，A 图显示的峰为典型的特异峰，B、C、D 图显示的为不同类型的非特异性峰。相对 A 图而言，其余 3 张图中显示的部分峰均呈现出非特异性峰的部分特点。
本文编号：2762275
【学位授予单位】：新疆农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S662.9
【图文】：
三核苷酸的出现总次数远远低于二核苷酸，但仍高于其他核21398 次位居第二，占总数的 9.37%。四、五、六核苷酸的出现频率出现特点见表 2-5。表 2-5 重复单元的分布特点Table 2-5 The distribution characteristics of repeat motifs酸数量 所占比例（%）出现频率（%）主要重复单元 19664 93.43 89.49 AC、AG、AT 3464 6.01 9.37AAC、AAG、AAT、ACC、AAGG、ATC、CCG 380 0.44 0.87AAAC、AAAT、AACC、AATACAG、ACAT、ACTC、 66 0.06 0.16 AAAAG、AAGCC 53 0.06 0.12 ACAGAG、ACATC
M13-SSR 引物开发及遗传多样性应用研究扁桃引物库中 SSR 的特征酸重复类型的 PCR 产物大小平均值为 241.43 bp，大小介于 90大小多集中于 100-349 bp 之间，大小在 300-349 bp 以内的引物低于 100 bp 或高于 349 bp 的引物数目非常少，二者共占总数苷酸的 PCR 产物平均大小分别为：278.46 bp、229.63 bp、230bp，其中，二核苷酸的 PCR 产物为最大，六核苷酸的为最小。
疆野扁桃 TP-M13-SSR 引物开发及遗传多样性应用研究上可直观的看到扩增片段的大小，不必像聚丙烯酰胺凝胶电泳、琼脂糖电泳等方法靠眼估算扩增片段大小。由于多方面因素共同作用，导致峰的形态丰富多样，这为实验员在识别和读取峰值方面增加不少难度。根据以往的研究可以得知，扩增产物在正常况下常呈现单峰或双峰的形态，单峰和双峰分别代表纯合子和杂合子。而毛细管电泳结果受多因素干扰，会出现各种异常现象，这些现象很容易干扰到对具有良好峰型的标片段的取值，为避免遗漏和取值错误等情况的发生，王凤格等人[105]和顾丽华等人[10对此进行深入研究，并统计峰的类型和发生情况。一般将主峰峰型较为圆润、面积较宽周边无小突起峰的峰称为非特异性峰，相反，主峰峰型较为尖锐、面积较窄、旁边有突起峰的峰称为特异峰，二者区别见图 2-3。在图 2-3 中，A 图显示的峰为典型的特异峰，B、C、D 图显示的为不同类型的非特异性峰。相对 A 图而言，其余 3 张图中显示的部分峰均呈现出非特异性峰的部分特点。
【相似文献】
相关期刊论文 前1条
1 刘梦雯;曾斌;王波;王建友;;新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的多态性分析[J];北方园艺;2018年02期
相关硕士学位论文 前1条
1 刘梦雯;新疆野扁桃TP-M13-SSR引物开发及遗传多样性应用研究[D];新疆农业大学;2017年
本文编号：2762275
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/2762275.html
