西伯利亚杏主要经济性状SSR关联位点挖掘及其表达分析

发布时间：2020-08-13 15:22

【摘要】：西伯利亚杏是北方半干旱地区重要的生态经济型树种,产量低而不稳的问题为制约产业发展的主要瓶颈,良种选育已成为当务之急。本文以32个西伯利亚杏优选无性系为研究对象,开展了主要经济性状与SSR标记的关联分析,研究了关联位点等位基因的表型效应,在此基础上进行了关联位点基因的表达分析,主要研究结果如下:(1)从合成的600对SSR引物中筛选出155对扩增条带清晰的引物用以进行关联分析,每个位点平均等位基因数(N_A)为5.858,平均有效等位基因数(N_E)为3.412,多态性信息含量(PIC)平均值为0.622,多态性较高。32个供试无性系间遗传相似系数变幅在0.620~0.907之间,平均为0.731,遗传差异较小,亲缘关系较近。(2)利用Structure分析软件将32个西伯利亚杏无性系划分为3个亚群。通过155对SSR引物与13个经济性状间的关联分析,得到了统计学意义上的与经济性状显著关联的49个SSR位点。其中,同一性状与多个位点相关联的性状有12个,表明这些性状由多个基因位点共同调控;同一位点与多个性状相关联的情况有22组,表明这些性状可能存在连锁遗传。(3)分析了49个SSR关联位点等位基因的表型效应,初步明确了西伯利亚杏13个经济性状对应的增效与减效表型效应最大的等位基因,确定了携带果实产量关联位点优异等位基因的典型载体材料为1号、28号和39号无性系,果性状的典型载体材料为81号无性系,核性状的典型载体材料为43号无性系,仁性状的典型载体材料为21号无性系。(4)通过序列比对、PCR扩增检测,共筛选出19个关联位点基因用以进行实时荧光定量PCR;从4个候选内参基因中筛选出18SrRNA作为西伯利亚杏实时荧光定量PCR的最佳内参基因;将实时荧光定量PCR的反应程序由原来的两步反应法改进为三步反应法。(5)关联位点基因表达分析表明,在果实发育过程中19个关联位点基因表达情况可划分为3种类型:总体呈上升趋势,总体呈下降趋势,无规律类型;在不同无性系果、核、仁中检测到的关联位点基因表达量变化规律不同,体现在不同无性系中与果、核、仁大小呈明显正相关、负相关及相关性不明显的位点不同。对于3个无性系,均有在果、核、仁中同时被检测到的相关性明显的关联位点基因,其中X72在3个无性系的果、核、仁中均被检测到。本文初步筛选了19个与果、核、仁性状相关联的位点,为该领域的深入研究奠定了一定基础,也为西伯利亚杏分子标记辅助选择育种提供了借鉴和参考。
【学位授予单位】：沈阳农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S662.2
【图文】：

沈阳农业大学硕士学位论文表 2-3 155 个 SSR 位点的遗传多样性信息（续表）Table 2-3 Genetic diversity information of 155 SSR loci（Continued）平均等位基因数目NA有效等位基因数目NE多态性信息含量PIC引物Primer平均等位基因数目NA有效等位基因数目NE5 3.298 0.64 X40 5 1.546 7 3.156 0.637 L47 5 1.391 6 3.156 0.636 X61 2 1.133 6 3.156 0.636平均 5.858 3.412 亚杏经济性状与 SSR 标记关联分析西伯利亚杏无性系群体结构分析ructure 2.3 软件对 32 个无性系进行群体结构划分，首先建立 K图 2-1。当 K=3 时， K 达到第一个拐点，该拐点附近所对应的群数的个数范围，所以将西伯利亚杏无性系亚群体数量确定为

第二章 西伯利亚杏主要经济性状与 SSR 标记关联分析表 2-4 32 个西伯利亚杏无性系 Q 值矩阵（K=3）Table 2-4 The Q matrice of 32 Armeniaca sibirica clones（K=3）无性系Clone亚群 1Q1亚群 2Q2亚群 3Q3无性系Clone亚群 1Q1亚群 2Q2亚群 3Q31 0.019 0.003 0.978 31 0.001 0 0.9992 0.991 0.008 0.001 32 0.001 0 0.9986 0.998 0.002 0.001 33 0.001 0.001 0.9988 0.996 0.002 0.002 35 0.002 0.001 0.99810 0.999 0.001 0.001 39 0.009 0.005 0.98611 0.016 0.001 0.983 41 0.001 0.001 0.99813 0.993 0.006 0.001 43 0.001 0.001 0.99718 0.001 0 0.999 46 0.001 0.003 0.99619 0.001 0.001 0.999 48 0.333 0.665 0.00220 0.027 0.004 0.969 53 0.001 0.004 0.99521 0.001 0.001 0.997 55 0.95 0.049 0.00122 0.001 0 0.999 62 0.001 0.074 0.92523 0.993 0.006 0.001 72 0.867 0.132 0.00125 0.019 0.002 0.979 81 0.95 0.049 0.00127 0.004 0.002 0.994 87 0.037 0.963 0.00128 0.001 0 0.999 89 0.005 0.994 0

℃变性 10 s，56 ℃退火 20s，72 ℃延伸 30 s，共 4表 4-1 4 对内参引物基本信息Table 4-1 Information of 4 pairs of reference primers正向引物序列Sequence of forward primers(5’—3’)反向引Sequence of reverGTTATTCTTCATCGTCGTCTTCG CTTCACCATTCCAAGTTCTCTTCCAACCATCAC CAGTAATCTCGGAAAAGTGCAGAGAGACACG TACAGTGTCTGAAACGGCTACCACATCCA CACCAGACTNA 为内参，每个样品第一个时期为对照组，检测不同时期的表达情况。根据实时荧光定量 PCR 扩目标基因与内参基因的 Ct 值，采用 2- CT方法进行en，2001）。型性状变化过程

【参考文献】

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7 李爽;董胜君;吴月亮;余海滨;刘明国;;西伯利亚杏SRAP-PCR反应体系的优化研究[J];辽宁林业科技;2014年04期

8 张焕欣;翁建峰;张晓聪;刘昌林;雍洪军;郝转芳;李新海;;玉米穗行数全基因组关联分析[J];作物学报;2014年01期

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10 范虎;文自翔;王春娥;王芳;邢光南;赵团结;盖钧镒;;中国野生大豆群体农艺加工性状与SSR关联分析和特异材料的遗传构成[J];作物学报;2013年05期

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6 白锦军;杏种质资源ISSR标记的遗传多样性分析[D];西北农林科技大学;2010年

7 王磊;利用AFLP分子标记分析山杏的遗传多样性[D];河北农业大学;2008年

本文编号：2792179