梨品种SSR特征指纹数据表构建与应用

发布时间：2020-11-09 05:17

　　 梨是蔷薇科(Rosaceae),梨亚科(Romoideae),梨属(Pyrus)多年生落叶乔木。我国是梨的主要起源中心,种质资源非常丰富。传统的鉴定方法对品种进行鉴别已不能满足需求,利用分子标记技术从DNA水平对品种进行鉴别更为便捷、可靠。SSR标记呈共显性遗传、多态性高、重复性好。筛选带型清晰、多态性高、重复性好的SSR核心引物,建立一套简便、快速、可靠的梨品种鉴定技术体系应用于梨品种鉴定,也有利于进行品种权利保护,维护育种者和生产者的利益,保障果树产业健康发展。本试验利用来源于不同梨系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物及本课题组根据梨基因组数据开发的534对SSR引物进行筛选,并利用筛选到的核心引物对125份主要的梨种质资源进行遗传多样性分析和聚类分析,验证结果。本研究的主要内容和结果如下:1.梨SSR-PCR反应体系的优化结果:20μL PCR反应体系中各成分浓度10×PCR Buffer(Mg~(2+))保持1倍浓度、dNTPs 0.2mmol/L,引物0.5μmol/L,模板DNA 2.5 ng/μL、Taq酶0.025 U/μL。2.筛选到25对清晰、稳定、多态性高的引物,并在48份梨种质资源中进行验证,共检测到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,平均值0.85。聚类分析结果与种质亲缘关系吻合,表明这25对SSR引物可以作为梨品种鉴定的核心引物。3.构建了124个梨栽培品种SSR特征指纹图谱与分子身份证:25对SSR核心引物可以区分124个梨品种中除4组共9个品种以外的115个梨品种,共扩增出了21个~69个基因型,按25个引物扩增的基因型数目从多到少对SSR位点进行排序,并利用Excel对供试品种进行排序区分和数据背景颜色标示,生成124份品种的SSR特征指纹数据表。对124个品种SSR特征指纹数据表前10个SSR位点的基因型从00向99赋值编号,并依据各SSR位点在表中的顺序将编号串联生成各品种的分子身份证号码。4.对125份梨种质资源进行了遗传多样性分析:25对SSR引物在125份梨种质材料中共检测到453个等位基因,平均每个位点扩增到18.12个等位基因。供试SSR引物检测到基因型数目从21个~72个不等,平均每个SSR引物检测到46.52个基因型。引物多态信息含量PIC值最小0.71,最大0.92,平均为0.85。聚类分析结果表明,125份梨品种资源总体上被分为东方梨和西洋梨2个类群。东方梨中白梨品种、砂梨品种、秋子梨品种和新疆梨品种及野生种杜梨聚在一起;西洋梨品种和来源于新疆的梨品种‘杜霞西’聚在一起,与种质资源的亲缘关系吻合,进一步验证了核心引物鉴定的高效性。
【学位单位】：中国农业科学院
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2017
【中图分类】：S661.2
【部分图文】：

2.2.22 PCR 扩增图 2Fi增结果直观分2. 1 部分梨品种igure 2.1 DNA分析种的基因组 DNelectrophoretogNA 琼脂糖凝胶gram of some sa胶电泳图amples

2.2.3利3 不同循环数利用上述确定Figure 2数对 SSR-P定的最佳组合图 2. 2 梨 SSR2.2 ElectrophorPCR 扩增结合，进行循环R-PCR 正交优化resis results of S结果的影响环数梯度试验化试验凝胶电泳SSR-PCR ortho响验，如图 2.3，泳图oronal designa、b、c、d分别为 25、30、35、

同退火温温度对 SSRFigR-PCR 扩增图 2. 3 不同gure 2.3 Effects增结果的影同循环数对 SSRs of cycle numb影响R-PCR 反应体系ber different on系的影响SSR-PCR ampplification
【参考文献】

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本文编号：2875946