苦瓜全雌性连锁标记筛选及转录组分析
发布时间：2020-12-08 10:06
苦瓜（Momordica charantia L.）属于葫芦科苦瓜属一年生蔓性草本植物,因为其含有罗汉果苷和苦瓜素等成分而呈苦味,是一种重要的食药兼用园艺作物,具有重要经济价值。苦瓜具有连续开花结果特性,提高植株雌雄花比率有利于实现高产。而苦瓜全雌系植株在整个生长过程中只开雌花,用其作为杂交母本可以降低制种成本,简化制种过程,还可以增加杂交后代植株雌雄花比率,是实现苦瓜高产育种目标以及简化杂交制种程序的理想材料。本课题旨在利用全雌性单基因分离群体,采用第二代高通量测序技术筛选可能与苦瓜全雌性连锁的位点并进行验证,以期获得苦瓜全雌性连锁标记以及定位苦瓜全雌基因,为苦瓜雌性系育种者提供快速、准确的筛选方法,促进苦瓜育种的发展;基于苦瓜全雌性状进行差异表达分析,以期获得可能与全雌性有关的转录本,为全雌基因克隆和全雌机理解析奠定基础。主要研究结果如下:1.以苦瓜强雌系材料‘Z-1-4’中分离的全雌株为母本,以具有雄花的姊妹株（雌雄异花同株）为父本进行杂交获得F1代种子,杂种F1植株单株自交后获得F2分离群体,将F2
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
利用CAPS标记（BDCS01000329.1-44729）扫描部分单株
图 3 利用 dCAPS 标记（BDCS01000329.1-5762）扫描部分单株Fig.3 Scan the part of the individual plant with the dCAPS marker (BDCS01000329.1-5注：M 为 100bp marker，1-4 为 PCR 产物，6、12、15、19、22、24 为全雌株，5、7、8、9、10、1116、17、18、20、21、23 为雌雄异花同株植株。Note: M is a 100bp marker, 1-4 is a PCR product, 6, 12, 15, 19, 22, 24 are gynecious plants, 5, 7, 8, 9, 10, 11,17, 18, 20, 21, 23 are monoecious plants.3.3 转录组差异表达分析及全雌性状机理解析3.3.1 序列比对分析项目获得了两份全雌池和两份雌雄异花同株池的转录组测序数据，将测的数据与苦瓜参考基因组比对，全雌池 Gy1 和 Gy2 在参考序列上有唯一比对
华中农业大学 2018 届硕士研究生学位论文3.3.2 转录本功能注释及分类将本次转录组测序获得的 32916 个转录本与 GO 和 KEGG 数据库比对，同时利用 GO 和 KEGG 数据数据库对分析得到的转录本进行功能注释，根据转录本参与的生物学过程，对这些转录本进行功能分类。注释到 GO 库的苦瓜转录本有 7919 个，占测序所得总转录本数目的 24.06％。利用 GO 数据库将苦瓜转录本从生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）3 个方面进行功能分类。发现这些转录本在生物过程分类中，参与代谢过程的最多，其次为细胞过程和单一生物过程，生物调节和生物过程的调控等所包含的转录本也占有一定的比例；在细胞组分分类中，参与细胞部分、细胞、细胞器、细胞膜和大分子复合物等途径的转录本所占比例较大；在分子功能分类中，起催化活性和结合作用的转录本占绝大部分，起转运蛋白活性和结构分子活性的转录本也占有一定的比例（图 4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于SLAF-seq技术的苦瓜白粉病SNP分子标记开发[J]. 冯诚诚,黄如葵,黄熊娟,陈小凤,黄玉辉,梁家作,刘杏连,王齐旭. 热带作物学报. 2018(01)
[2]基于SNP标记桃抗蚜性状的基因定位[J]. 张南南,鲁振华,崔国朝,潘磊,曾文芳,牛良,王志强. 中国农业科学. 2017(23)
[3]利用SNP芯片和BSA分析规模化定位小麦抗白粉病基因[J]. 吴秋红,陈永兴,李丹,王振忠,张艳,袁成国,王西成,赵虹,曹廷杰,刘志勇. 作物学报. 2018(01)
[4]苦瓜的应用价值与开发利用研究进展[J]. 罗嘉,张军. 食品工业. 2016(10)
[5]DNA分子标记技术及其在植物育种中的应用[J]. 王洪振,王姝,邝盼盼,林政发,程军,赵永斌,李长有,于长春. 吉林师范大学学报(自然科学版). 2016(01)
[6]被子植物雌全同株性系统:系统演化、性表达与进化意义[J]. 吉乃提汗·马木提,谭敦炎. 植物生态学报. 2014(01)
[7]苦瓜新品种‘华碧玉’[J]. 杨静,孔秋生,余中伟,汪自松,向长萍. 园艺学报. 2013(04)
[8]苦瓜保健功能的研究进展[J]. 陈敬鑫,张子沛,罗金凤,王健,丁晓雯. 食品科学. 2012(01)
[9]应用乙烯利促进南瓜雌花分化试验研究[J]. 张淑平. 现代农村科技. 2010(20)
[10]全雌系苦瓜两性花分化的化学调控[J]. 王日升,张曼,方锋学,刘文君,杨丽涛,李杨瑞. 中国蔬菜. 2010(14)
博士论文
[1]黄瓜果实苦味基因遗传分析及精细定位[D]. 张圣平.中国农业科学院 2011
本文编号：2904911
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
利用CAPS标记（BDCS01000329.1-44729）扫描部分单株
图 3 利用 dCAPS 标记（BDCS01000329.1-5762）扫描部分单株Fig.3 Scan the part of the individual plant with the dCAPS marker (BDCS01000329.1-5注：M 为 100bp marker，1-4 为 PCR 产物，6、12、15、19、22、24 为全雌株，5、7、8、9、10、1116、17、18、20、21、23 为雌雄异花同株植株。Note: M is a 100bp marker, 1-4 is a PCR product, 6, 12, 15, 19, 22, 24 are gynecious plants, 5, 7, 8, 9, 10, 11,17, 18, 20, 21, 23 are monoecious plants.3.3 转录组差异表达分析及全雌性状机理解析3.3.1 序列比对分析项目获得了两份全雌池和两份雌雄异花同株池的转录组测序数据，将测的数据与苦瓜参考基因组比对，全雌池 Gy1 和 Gy2 在参考序列上有唯一比对
华中农业大学 2018 届硕士研究生学位论文3.3.2 转录本功能注释及分类将本次转录组测序获得的 32916 个转录本与 GO 和 KEGG 数据库比对，同时利用 GO 和 KEGG 数据数据库对分析得到的转录本进行功能注释，根据转录本参与的生物学过程，对这些转录本进行功能分类。注释到 GO 库的苦瓜转录本有 7919 个，占测序所得总转录本数目的 24.06％。利用 GO 数据库将苦瓜转录本从生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）3 个方面进行功能分类。发现这些转录本在生物过程分类中，参与代谢过程的最多，其次为细胞过程和单一生物过程，生物调节和生物过程的调控等所包含的转录本也占有一定的比例；在细胞组分分类中，参与细胞部分、细胞、细胞器、细胞膜和大分子复合物等途径的转录本所占比例较大；在分子功能分类中，起催化活性和结合作用的转录本占绝大部分，起转运蛋白活性和结构分子活性的转录本也占有一定的比例（图 4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于SLAF-seq技术的苦瓜白粉病SNP分子标记开发[J]. 冯诚诚,黄如葵,黄熊娟,陈小凤,黄玉辉,梁家作,刘杏连,王齐旭. 热带作物学报. 2018(01)
[2]基于SNP标记桃抗蚜性状的基因定位[J]. 张南南,鲁振华,崔国朝,潘磊,曾文芳,牛良,王志强. 中国农业科学. 2017(23)
[3]利用SNP芯片和BSA分析规模化定位小麦抗白粉病基因[J]. 吴秋红,陈永兴,李丹,王振忠,张艳,袁成国,王西成,赵虹,曹廷杰,刘志勇. 作物学报. 2018(01)
[4]苦瓜的应用价值与开发利用研究进展[J]. 罗嘉,张军. 食品工业. 2016(10)
[5]DNA分子标记技术及其在植物育种中的应用[J]. 王洪振,王姝,邝盼盼,林政发,程军,赵永斌,李长有,于长春. 吉林师范大学学报(自然科学版). 2016(01)
[6]被子植物雌全同株性系统:系统演化、性表达与进化意义[J]. 吉乃提汗·马木提,谭敦炎. 植物生态学报. 2014(01)
[7]苦瓜新品种‘华碧玉’[J]. 杨静,孔秋生,余中伟,汪自松,向长萍. 园艺学报. 2013(04)
[8]苦瓜保健功能的研究进展[J]. 陈敬鑫,张子沛,罗金凤,王健,丁晓雯. 食品科学. 2012(01)
[9]应用乙烯利促进南瓜雌花分化试验研究[J]. 张淑平. 现代农村科技. 2010(20)
[10]全雌系苦瓜两性花分化的化学调控[J]. 王日升,张曼,方锋学,刘文君,杨丽涛,李杨瑞. 中国蔬菜. 2010(14)
博士论文
[1]黄瓜果实苦味基因遗传分析及精细定位[D]. 张圣平.中国农业科学院 2011
本文编号：2904911
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/yylw/2904911.html
