宽皮柑橘种质资源的多样性研究及重要农艺性状的全基因组关联分析
发布时间：2020-12-16 09:27
柑橘（Citrus L.）是世界上重要的经济作物之一,也是全球第三大贸易农产品,具有重要的营养价值、药用价值和生态价值。宽皮柑橘原产于我国,在世界柑橘业中宽皮柑橘的地位仅次于甜橙,我国的宽皮柑橘品种繁多,目前正处于品种更新和结构调整时期,培育出外观美、品质优、产量高、易栽培一直是柑橘育种的目标。基于RAPD[1,2]AFLP[3-5]、SSR[6,7]等分子标记对柑橘性状关联分析的研究已有很多报道,但是基于全基因范围内SNP多态位点的全基因关联分析（GWAS）的研究近几年才显有报道。本研究利用240份宽皮柑橘的自然群体,基于GBS简化基因组测序技术,共获取遍布于整个柑橘基因组的112,768个高质量SNPs位点,对240份宽皮柑橘的10个重要性状（单果重、纵径、果皮厚度、果皮光滑度、可溶性固形物含量、可滴定酸含量、种子胚型、花药颜色、囊瓣数、果形指数）进行连续两年的表型鉴定,并利用表型数据及SNP标记进行遗传多样性和群体结构分析,将目标性状的表型多样性与基因的多态性结合起来分析,从而鉴定出与表型变异显著相关的基因位点,并...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
40份宽皮柑橘基于18个性状的聚类图
图 2 240 份宽皮柑橘的主成分分析图Fig. 2 The principal component analysis of 240 mandarins为对宽皮柑橘进行性状的综合评价，根据特征向量矩阵及标准化的表型数据得到主成分得分计算公式，第一主成分得分线性方程如下所示：F1=0.39x1+0.39x2+0.41x3+0.23x4-0.16x5+0.27x6+0.14x7-0.09x8+0.32x9+
图 3-1 GBS 实验流程Fig.3-1 GBS experiment procedure.1.4 测序数据统计与质量分析测序得到的原始图像数据经 base calling 转化为序列数据，称之为 raw read
【参考文献】：
期刊论文
[1]宽皮柑橘种质资源表型多样性分析及综合评价[J]. 孙珍珠,李秋月,王小柯,赵婉彤,薛杨,冯锦英,刘小丰,刘梦雨,江东. 中国农业科学. 2017(22)
[2]利用GBS技术研究240份宽皮柑橘的系统演化[J]. 王小柯,江东,孙珍珠. 中国农业科学. 2017(09)
[3]271份豌豆种质资源农艺性状遗传多样性分析[J]. 万述伟,宋凤景,郝俊杰,张晓艳,李红卫,邵阳,赵爱鸿. 植物遗传资源学报. 2017(01)
[4]我国柑橘十二五生产现状和十三五生产发展趋势及对策[J]. 沈兆敏. 科学种养. 2016(12)
[5]陆地棉核心种质表型性状遗传多样性分析及综合评价[J]. 代攀虹,孙君灵,何守朴,王立如,贾银华,潘兆娥,庞保印,杜雄明,王谧. 中国农业科学. 2016(19)
[6]果实酸度调控的遗传、分子与系统生物学研究进展[J]. 乔梁,曹明浩,郑剑,郑志亮. 中国南方果树. 2016(04)
[7]45份宽皮柑桔野生和地方资源遗传多样性分析[J]. 高恒锦,储春荣,王小柯,陈绍彬,晏承泉,闫树堂,孙珍珠,江东. 中国南方果树. 2016(02)
[8]谷子核心种质表型遗传多样性分析及综合评价[J]. 王海岗,贾冠清,智慧,温琪汾,董俊丽,陈凌,王君杰,曹晓宁,刘思辰,王纶,乔治军,刁现民. 作物学报. 2016(01)
[9]20份山西糜子种质资源抗旱性综合评价[J]. 王海岗,陈凌,王君杰,曹晓宁,董俊丽,王纶,杨天育,乔治军. 中国农学通报. 2014(36)
[10]西瓜种质资源表型多样性及聚类分析[J]. 潘存祥,许勇,纪海波,李玉明,陈年来. 植物遗传资源学报. 2015(01)
博士论文
[1]马铃薯种质资源遗传多样性研究及块茎性状的全基因组关联分析[D]. 王舰.中国农业大学 2017
[2]柑桔无核机理及无核性状分子标记研究[D]. 肖金平.浙江大学 2007
[3]‘无核瓯柑’、温州蜜柑无核的细胞及分子机理研究[D]. 胡志勇.华中农业大学 2007
[4]宽皮柑橘（Citrus reticulate Blanco）的遗传多样性及系统发育研究[D]. 李映志.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]干旱胁迫对温州蜜柑果实品质及柠檬酸代谢相关基因表达的影响[D]. 肖玉明.湖南农业大学 2014
[2]中国野生宽皮柑橘酚类物质的检测及其抗氧化活性研究[D]. 张元梅.西南大学 2013
[3]暗柳橙及其突变体红暗柳橙果实发育过程中糖酸组分的变化[D]. 顾建芹.华中农业大学 2007
[4]红江橙嵌合特性的分子标记和无核性状的细胞遗传学研究[D]. 张青闪.中国农业科学院 2006
本文编号：2919932
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
40份宽皮柑橘基于18个性状的聚类图
图 2 240 份宽皮柑橘的主成分分析图Fig. 2 The principal component analysis of 240 mandarins为对宽皮柑橘进行性状的综合评价，根据特征向量矩阵及标准化的表型数据得到主成分得分计算公式，第一主成分得分线性方程如下所示：F1=0.39x1+0.39x2+0.41x3+0.23x4-0.16x5+0.27x6+0.14x7-0.09x8+0.32x9+
图 3-1 GBS 实验流程Fig.3-1 GBS experiment procedure.1.4 测序数据统计与质量分析测序得到的原始图像数据经 base calling 转化为序列数据，称之为 raw read
【参考文献】：
期刊论文
[1]宽皮柑橘种质资源表型多样性分析及综合评价[J]. 孙珍珠,李秋月,王小柯,赵婉彤,薛杨,冯锦英,刘小丰,刘梦雨,江东. 中国农业科学. 2017(22)
[2]利用GBS技术研究240份宽皮柑橘的系统演化[J]. 王小柯,江东,孙珍珠. 中国农业科学. 2017(09)
[3]271份豌豆种质资源农艺性状遗传多样性分析[J]. 万述伟,宋凤景,郝俊杰,张晓艳,李红卫,邵阳,赵爱鸿. 植物遗传资源学报. 2017(01)
[4]我国柑橘十二五生产现状和十三五生产发展趋势及对策[J]. 沈兆敏. 科学种养. 2016(12)
[5]陆地棉核心种质表型性状遗传多样性分析及综合评价[J]. 代攀虹,孙君灵,何守朴,王立如,贾银华,潘兆娥,庞保印,杜雄明,王谧. 中国农业科学. 2016(19)
[6]果实酸度调控的遗传、分子与系统生物学研究进展[J]. 乔梁,曹明浩,郑剑,郑志亮. 中国南方果树. 2016(04)
[7]45份宽皮柑桔野生和地方资源遗传多样性分析[J]. 高恒锦,储春荣,王小柯,陈绍彬,晏承泉,闫树堂,孙珍珠,江东. 中国南方果树. 2016(02)
[8]谷子核心种质表型遗传多样性分析及综合评价[J]. 王海岗,贾冠清,智慧,温琪汾,董俊丽,陈凌,王君杰,曹晓宁,刘思辰,王纶,乔治军,刁现民. 作物学报. 2016(01)
[9]20份山西糜子种质资源抗旱性综合评价[J]. 王海岗,陈凌,王君杰,曹晓宁,董俊丽,王纶,杨天育,乔治军. 中国农学通报. 2014(36)
[10]西瓜种质资源表型多样性及聚类分析[J]. 潘存祥,许勇,纪海波,李玉明,陈年来. 植物遗传资源学报. 2015(01)
博士论文
[1]马铃薯种质资源遗传多样性研究及块茎性状的全基因组关联分析[D]. 王舰.中国农业大学 2017
[2]柑桔无核机理及无核性状分子标记研究[D]. 肖金平.浙江大学 2007
[3]‘无核瓯柑’、温州蜜柑无核的细胞及分子机理研究[D]. 胡志勇.华中农业大学 2007
[4]宽皮柑橘（Citrus reticulate Blanco）的遗传多样性及系统发育研究[D]. 李映志.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]干旱胁迫对温州蜜柑果实品质及柠檬酸代谢相关基因表达的影响[D]. 肖玉明.湖南农业大学 2014
[2]中国野生宽皮柑橘酚类物质的检测及其抗氧化活性研究[D]. 张元梅.西南大学 2013
[3]暗柳橙及其突变体红暗柳橙果实发育过程中糖酸组分的变化[D]. 顾建芹.华中农业大学 2007
[4]红江橙嵌合特性的分子标记和无核性状的细胞遗传学研究[D]. 张青闪.中国农业科学院 2006
本文编号：2919932
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